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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8qfs | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of SidH from Legionella pneumophila | ||||||
要素 |
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キーワード | RNA BINDING PROTEIN / SidH / Legionella / tRNA-binding / EF-Tu-binding | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 guanosine tetraphosphate binding / translation elongation factor activity / GTPase activity / GTP binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli 'BL21-GoldpLysS AG' | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Sharma, R. / Weis, F. / Bhogaraju, S. | ||||||
資金援助 | フランス, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Structural basis for the toxicity of Legionella pneumophila effector SidH. 著者: Rahul Sharma / Michael Adams / Simonne Griffith-Jones / Tobias Sahr / Laura Gomez-Valero / Felix Weis / Michael Hons / Sarah Gharbi / Rayene Berkane / Alexandra Stolz / Carmen Buchrieser / Sagar Bhogaraju / 要旨: Legionella pneumophila (LP) secretes more than 300 effectors into the host cytosol to facilitate intracellular replication. One of these effectors, SidH, 253 kDa in size with no sequence similarity ...Legionella pneumophila (LP) secretes more than 300 effectors into the host cytosol to facilitate intracellular replication. One of these effectors, SidH, 253 kDa in size with no sequence similarity to proteins of known function is toxic when overexpressed in host cells. SidH is regulated by the LP metaeffector LubX which targets SidH for degradation in a temporal manner during LP infection. The mechanism underlying the toxicity of SidH and its role in LP infection are unknown. Here, we determined the cryo-EM structure of SidH at 2.7 Å revealing a unique alpha helical arrangement with no overall similarity to known protein structures. Surprisingly, purified SidH came bound to a E. coli EF-Tu/t-RNA/GTP ternary complex which could be modeled into the cryo-EM density. Mutation of residues disrupting the SidH-tRNA interface and SidH-EF-Tu interface abolish the toxicity of overexpressed SidH in human cells, a phenotype confirmed in infection of Acanthamoeba castellani. We also present the cryo-EM structure of SidH in complex with a U-box domain containing ubiquitin ligase LubX delineating the mechanism of regulation of SidH. Our data provide the basis for the toxicity of SidH and into its regulation by the metaeffector LubX. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8qfs.cif.gz | 455.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8qfs.ent.gz | 275.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8qfs.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8qfs_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8qfs_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8qfs_validation.xml.gz | 64.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8qfs_validation.cif.gz | 97.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qf/8qfs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qf/8qfs | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 18383MC 8qhcC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43370.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: E2QJ06 |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 24620.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) |
#3: タンパク質 | 分子量: 255821.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 遺伝子: C3927_14265 / 発現宿主: Legionella pneumophila (バクテリア) / 参照: UniProt: Q6RCQ4 |
#4: 化合物 | ChemComp-MG / |
#5: 化合物 | ChemComp-GTP / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Ternary complex of SidH with E.coli tRNA and EF-Tu / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Legionella pneumophila (バクテリア) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 41.93 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 367741 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 79.09 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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