PDB-8qfb: Crystal structure of human MPP8 C-terminal region (residues 565-860)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qfb

タイトル

Crystal structure of human MPP8 C-terminal region (residues 565-860)

要素

M-phase phosphoprotein 8

キーワード

TRANSCRIPTION / Transcriptional regulation / epigenetic silencing / antiviral response / genome stability / histone H3 lysine 9 methylation (H3K9me3) / transposable element (TE) / long interspersed nuclear element-1 (LINE-1) / RNA-binding protein / Human silencing hub (HUSH) complex

機能・相同性

機能・相同性情報

constitutive heterochromatin formation / transposable element silencing by heterochromatin formation / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / negative regulation of gene expression, epigenetic / heterochromatin / : / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / histone reader activity / nucleosome / chromatin binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.04 Å

データ登録者

Prigozhin, D.M. / Modis, Y.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2024
タイトル: Structure and Methyl-lysine Binding Selectivity of the HUSH Complex Subunit MPP8.
著者: Nikolopoulos, N. / Oda, S.I. / Prigozhin, D.M. / Modis, Y.

履歴

登録	2023年9月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年9月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
改定 1.2	2024年12月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8qfb.cif.gz	1.5 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8qfb.ent.gz	1.1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8qfb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qf/8qfb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qf/8qfb	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.15785/SBGRID/1043 / データの種類: diffraction image data

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#250 - 2020年10月カプサイシン受容体TRPV1 (Capsaicin Receptor TRPV1) 類似性 (1) #223 - 2018年7月ピエゾ1機械受容チャネル (Piezo1 Mechanosensitive Channel) 類似性 (1)

登録構造単位

B: M-phase phosphoprotein 8

A: M-phase phosphoprotein 8

C: M-phase phosphoprotein 8

D: M-phase phosphoprotein 8

E: M-phase phosphoprotein 8

F: M-phase phosphoprotein 8

G: M-phase phosphoprotein 8

H: M-phase phosphoprotein 8

295 kDa, 8 ポリマー
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1

B: M-phase phosphoprotein 8

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Some dimer observed by SEC under non-reducing conditions
36.9 kDa, 1 ポリマー
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2

A: M-phase phosphoprotein 8

登録者が定義した集合体
36.9 kDa, 1 ポリマー
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3

C: M-phase phosphoprotein 8

登録者が定義した集合体
36.9 kDa, 1 ポリマー
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4

D: M-phase phosphoprotein 8

登録者が定義した集合体
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5

E: M-phase phosphoprotein 8

登録者が定義した集合体
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6

F: M-phase phosphoprotein 8

登録者が定義した集合体
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7

G: M-phase phosphoprotein 8

登録者が定義した集合体
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8

H: M-phase phosphoprotein 8

登録者が定義した集合体
36.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	102.556, 179.531, 228.076
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 567 through 570 or (resid 571...
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 567 through 571 or (resid 572...
d_3	ens_1	(chain "C" and (resid 567 through 574 or (resid 575...
d_4	ens_1	(chain "D" and (resid 567 through 570 or (resid 571...
d_5	ens_1	(chain "E" and (resid 567 through 570 or (resid 571...
d_6	ens_1	(chain "F" and (resid 567 through 570 or (resid 571...
d_7	ens_1	(chain "G" and (resid 567 through 570 or (resid 571...
d_8	ens_1	(chain "H" and (resid 567 through 570 or (resid 571...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
d_1	1	SER	SER	ASP	ASP	A	B	567 - 736	43 - 212
d_1	2	PHE	PHE	LEU	LEU	A	B	738 - 859	214 - 335
d_2	1	SER	SER	ASP	ASP	B	A	567 - 736	43 - 212
d_2	2	PHE	PHE	LEU	LEU	B	A	738 - 859	214 - 335
d_3	1	SER	SER	ASP	ASP	C	C	567 - 736	43 - 212
d_3	2	PHE	PHE	LEU	LEU	C	C	738 - 859	214 - 335
d_4	1	SER	SER	ASP	ASP	D	D	567 - 736	43 - 212
d_4	2	PHE	PHE	LEU	LEU	D	D	738 - 859	214 - 335
d_5	1	SER	SER	ASP	ASP	E	E	567 - 736	43 - 212
d_5	2	PHE	PHE	LEU	LEU	E	E	738 - 859	214 - 335
d_6	1	SER	SER	ASP	ASP	F	F	567 - 736	43 - 212
d_6	2	PHE	PHE	LEU	LEU	F	F	738 - 859	214 - 335
d_7	1	SER	SER	ASP	ASP	G	G	567 - 736	43 - 212
d_7	2	PHE	PHE	LEU	LEU	G	G	738 - 859	214 - 335
d_8	1	SER	SER	ASP	ASP	H	H	567 - 736	43 - 212
d_8	2	PHE	PHE	LEU	LEU	H	H	738 - 859	214 - 335

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.5616031734, -0.820683964369, -0.105260183616), (-0.827205498162, 0.559710119578, 0.0495544735884), (0.018246628122, 0.114901752248, -0.993209266918)	-58.2159356212, -29.4182918616, -57.7027656365
2	given	(0.220679673956, 0.694940414445, -0.684367081232), (0.700320035883, -0.601272369367, -0.384738073468), (-0.678861052678, -0.394372106274, -0.619369286412)	-74.0226329233, 63.4571676667, -68.6403352836
3	given	(-0.728614031889, 0.111755286267, 0.675745772111), (0.100870471692, -0.958332685321, 0.267251963857), (0.677456080108, 0.262886325692, 0.686981833303)	-68.8501489585, 62.5855964922, 17.8576271824
4	given	(0.251230573519, -0.492727391129, 0.833128391642), (0.420904530019, -0.719480199655, -0.552437886928), (0.871620660344, 0.489456801297, 0.0266357677958)	-2.78515912715, -0.00261453072001, 58.3895610614
5	given	(0.239730839278, -0.385357315948, -0.891082972424), (0.385067836621, -0.804820771699, 0.451648410427), (-0.891208104709, -0.451401444932, -0.04455165109)	-53.3385107876, 28.3039833151, -6.7005329827
6	given	(0.355571162758, 0.74983984647, 0.557951030881), (0.773209062547, -0.571365440042, 0.275116847033), (0.525087510621, 0.333589176341, -0.782944038625)	15.0232299813, -5.67510988419, -30.8653870574
7	given	(-0.827348390809, 0.181443301463, -0.531575929271), (0.0434265122956, -0.922892498018, -0.382601065253), (-0.560007837673, -0.339628864287, 0.755674173363)	-59.3963804022, -50.3821161492, -24.6895062515

#1: タンパク質	M-phase phosphoprotein 8 / Two hybrid-associated protein 3 with RanBPM / Twa3 分子量: 36920.055 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Human MPP8 residues 546-860 with N-terminal hexahistidine tag 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MPHOSPH8, MPP8 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99549
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.4 % / 解説: Prismatic, needles
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 12.5% (w/v) PEG 4000, 20% (v/v) 1,2,6-hexanetriol, 0.5 mM Morpheus II Oxometalate Mix, 0.1 M Morpheus II GlyGly/AMPD buffer mix pH 8. PH範囲: 7.4 - 9.8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9282 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月19日 / 詳細: torroidal mirror
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9282 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→141.03 Å / Num. obs: 85128 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.2 % / B_iso Wilson estimate: 100.74 Å² / CC_1/2: 0.999 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.081 / R_pim(I) all: 0.023 / R_rim(I) all: 0.085 / Net I/σ(I): 14.8
反射シェル	解像度: 3→3.08 Å / 冗長度: 11.2 % / R_merge(I) obs: 2.36 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 6191 / CC_1/2: 0.744 / R_pim(I) all: 0.725 / R_rim(I) all: 2.47 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
xia2		データ削減
PHASER	1.2	位相決定
Aimless	0.5.27	データスケーリング
Coot	0.9	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.04→93.54 Å / SU ML: 0.6377 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 38.0736
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2947	4134	5.12 %
R_work	0.2555	76617	-
obs	0.2575	80751	98.83 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 130.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.04→93.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17740	0	0	0	17740

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	18051
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8458	24559
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0455	2929
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0069	3215
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.9964	2494

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Asym-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	B	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.630153951603
ens_1	d_3	B	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.660615825346
ens_1	d_4	B	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.700909074283
ens_1	d_5	B	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.745901021617
ens_1	d_6	B	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.712602852852
ens_1	d_7	B	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.62493901332
ens_1	d_8	B	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.686325085697

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.04-3.07	0.5494	137	0.5126	2361	X-RAY DIFFRACTION	95.42
3.07-3.11	0.5408	142	0.5051	2488	X-RAY DIFFRACTION	95.64
3.11-3.15	0.5636	144	0.4885	2461	X-RAY DIFFRACTION	97.27
3.15-3.19	0.5506	132	0.4782	2446	X-RAY DIFFRACTION	96.45
3.19-3.23	0.4492	138	0.4364	2482	X-RAY DIFFRACTION	97.25
3.23-3.27	0.4689	131	0.4241	2507	X-RAY DIFFRACTION	97.81
3.27-3.32	0.4497	129	0.4089	2532	X-RAY DIFFRACTION	98.19
3.32-3.37	0.4125	129	0.388	2489	X-RAY DIFFRACTION	98.46
3.37-3.42	0.4388	162	0.3611	2549	X-RAY DIFFRACTION	98.98
3.42-3.48	0.4023	131	0.3473	2488	X-RAY DIFFRACTION	98.9
3.48-3.54	0.4077	149	0.355	2548	X-RAY DIFFRACTION	98.76
3.54-3.6	0.4146	126	0.3621	2513	X-RAY DIFFRACTION	98.69
3.6-3.67	0.3764	128	0.366	2572	X-RAY DIFFRACTION	99.05
3.67-3.75	0.4109	141	0.3462	2531	X-RAY DIFFRACTION	99.15
3.75-3.83	0.3779	143	0.317	2557	X-RAY DIFFRACTION	99.41
3.83-3.92	0.3236	130	0.2987	2555	X-RAY DIFFRACTION	99.67
3.92-4.02	0.3087	133	0.2841	2558	X-RAY DIFFRACTION	99.67
4.02-4.13	0.3356	140	0.2785	2564	X-RAY DIFFRACTION	99.38
4.13-4.25	0.2867	132	0.2502	2580	X-RAY DIFFRACTION	99.63
4.25-4.38	0.2892	129	0.2481	2579	X-RAY DIFFRACTION	99.63
4.38-4.54	0.264	128	0.2125	2568	X-RAY DIFFRACTION	99.56
4.54-4.72	0.2787	147	0.2076	2593	X-RAY DIFFRACTION	99.67
4.72-4.94	0.2521	143	0.2108	2568	X-RAY DIFFRACTION	99.89
4.94-5.2	0.2199	139	0.2063	2592	X-RAY DIFFRACTION	99.53
5.2-5.52	0.2503	140	0.2003	2580	X-RAY DIFFRACTION	99.82
5.52-5.95	0.264	139	0.2262	2628	X-RAY DIFFRACTION	99.86
5.95-6.55	0.3016	140	0.253	2628	X-RAY DIFFRACTION	99.96
6.55-7.5	0.2844	133	0.236	2644	X-RAY DIFFRACTION	99.96
7.5-9.44	0.2151	145	0.1947	2684	X-RAY DIFFRACTION	99.96
9.45-93.54	0.2099	154	0.1792	2772	X-RAY DIFFRACTION	98.99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
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精密化 TLSグループ

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36	36	chain 'H' and (resid 810 through 823 )	H	H	810 - 823	246 - 259
37	37	chain 'H' and (resid 824 through 860 )	H	H	824 - 860	260 - 296

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見 (Yorodumi)

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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