PDB-8qez: Crystal structure of the AMPA receptor GluA2-L504Y-N775S ligand b...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qez

タイトル

Crystal structure of the AMPA receptor GluA2-L504Y-N775S ligand binding domain in complex with L-glutamate and positive allosteric modulator BPAM395 at 1.55A resolution

要素

Glutamate receptor 2

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / AMPA RECEPTOR LIGAND-BINDING DOMAIN / GLUA2 S1S2J-L504Y-N775S / BPAM395 / POSITIVE ALLOSTERIC MODULATION

機能・相同性

機能・相同性情報

spine synapse / dendritic spine neck / dendritic spine head / Activation of AMPA receptors / perisynaptic space / AMPA glutamate receptor activity / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / response to lithium ion / immunoglobulin binding / AMPA glutamate receptor complex ...spine synapse / dendritic spine neck / dendritic spine head / Activation of AMPA receptors / perisynaptic space / AMPA glutamate receptor activity / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / response to lithium ion / immunoglobulin binding / AMPA glutamate receptor complex / kainate selective glutamate receptor activity / ionotropic glutamate receptor complex / extracellularly glutamate-gated ion channel activity / cellular response to glycine / asymmetric synapse / regulation of receptor recycling / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / glutamate receptor binding / positive regulation of synaptic transmission / glutamate-gated receptor activity / presynaptic active zone membrane / response to fungicide / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / somatodendritic compartment / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / dendrite membrane / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / cytoskeletal protein binding / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / dendrite cytoplasm / SNARE binding / dendritic shaft / synaptic membrane / synaptic transmission, glutamatergic / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / PDZ domain binding / protein tetramerization / postsynaptic density membrane / ionotropic glutamate receptor binding / Schaffer collateral - CA1 synapse / modulation of chemical synaptic transmission / establishment of protein localization / receptor internalization / terminal bouton / cerebral cortex development / synaptic vesicle membrane / synaptic vesicle / presynapse / presynaptic membrane / signaling receptor activity / amyloid-beta binding / growth cone / scaffold protein binding / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / perikaryon / dendritic spine / postsynaptic density / neuron projection / axon / neuronal cell body / glutamatergic synapse / synapse / dendrite / protein-containing complex binding / endoplasmic reticulum membrane / protein kinase binding / cell surface / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Dorosz, J. / Laulumaa, S. / Frydenvang, K. / Kastrup, J.S.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Exploring thienothiadiazine dioxides as isosteric analogues of benzo- and pyridothiadiazine dioxides in the search of new AMPA and kainate receptor positive allosteric modulators.
著者: Francotte, P. / Bay, Y. / Goffin, E. / Colson, T. / Lesenfants, C. / Dorosz, J. / Laulumaa, S. / Fraikin, P. / de Tullio, P. / Beaufour, C. / Botez, I. / Pickering, D.S. / Frydenvang, K. / ...

履歴

登録	2023年9月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年12月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8qez.cif.gz	484.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8qez.ent.gz	409.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8qez.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8qez_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8qez_full_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示
XML形式データ	8qez_validation.xml.gz	39.4 KB	表示
CIF形式データ	8qez_validation.cif.gz	58.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qe/8qez ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qe/8qez	HTTPS FTP

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関連構造データ

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リンク

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#235 - 2019年7月
AMPA受容体 (AMPA Receptor)
類似性 (14)
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鉛の毒 (Lead Poisoning)
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モネリン (Monellin)
類似性 (2)
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クラスリン (Clathrin)
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一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase)
類似性 (1)
#203 - 2016年11月
アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy)
類似性 (1)
#75 - 2006年3月
組織因子 (Tissue Factor)
類似性 (1)
#90 - 2007年6月
脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase)
類似性 (1)
#191 - 2015年11月
グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
類似性 (1)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Glutamate receptor 2

B: Glutamate receptor 2

C: Glutamate receptor 2

ヘテロ分子

90.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glutamate receptor 2

B: Glutamate receptor 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
60.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Glutamate receptor 2

ヘテロ分子

C: Glutamate receptor 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: Chain C forms a dimer with a symmetry related chain C
60.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	114.316, 163.416, 47.466
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-436- HOH

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質	Glutamate receptor 2 / GluR-2 / AMPA-selective glutamate receptor 2 / GluR-B / GluR-K2 / Glutamate receptor ionotropic / ...GluR-2 / AMPA-selective glutamate receptor 2 / GluR-B / GluR-K2 / Glutamate receptor ionotropic / AMPA 2 / GluA2 分子量: 29301.729 Da / 分子数: 3 / 変異: L504Y,N775S / 由来タイプ: 組換発現詳細: NATIVE GLUA2 IS A MEMBRANE PROTEIN. THE PROTEIN CRYSTALLIZED IS THE EXTRACELLULAR LIGAND-BINDING DOMAIN OF GLUA2. TRANSMEMBRANE REGIONS WERE GENETICALLY REMOVED AND REPLACED WITH A GLY-THR ...詳細: NATIVE GLUA2 IS A MEMBRANE PROTEIN. THE PROTEIN CRYSTALLIZED IS THE EXTRACELLULAR LIGAND-BINDING DOMAIN OF GLUA2. TRANSMEMBRANE REGIONS WERE GENETICALLY REMOVED AND REPLACED WITH A GLY-THR LINKER (RESIDUES 118-119). THEREFORE THE SEQUENCE MATCHES DISCONTINUOUSLY WITH THE REFERENCE DATABASE (UNP RESIDUES 413- 527 AND 653-796, NUMBERING WITH SIGNAL PEPTIDE OF 21 AMINO ACIDS) THE TWO FIRST RESIDUES (GLY, ALA) ARE CLONING REMNANTS. Engineered mutations: L504Y, N775S.,NATIVE GLUA2 IS A MEMBRANE PROTEIN. THE PROTEIN CRYSTALLIZED IS THE EXTRACELLULAR LIGAND-BINDING DOMAIN OF GLUA2. TRANSMEMBRANE REGIONS WERE GENETICALLY REMOVED AND REPLACED WITH A GLY-THR LINKER (RESIDUES 118-119). THEREFORE THE SEQUENCE MATCHES DISCONTINUOUSLY WITH THE REFERENCE DATABASE (UNP RESIDUES 413- 527 AND 653-796, NUMBERING WITH SIGNAL PEPTIDE OF 21 AMINO ACIDS) THE TWO FIRST RESIDUES (GLY, ALA) ARE CLONING REMNANTS. Engineered mutations: L504Y, N775S. 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Gria2, Glur2 / プラスミド: PET-22B(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami B (DE3) / 参照: UniProt: P19491

#1: タンパク質

Glutamate receptor 2 / GluR-2 / AMPA-selective glutamate receptor 2 / GluR-B / GluR-K2 / Glutamate receptor ionotropic / ...

分子量: 29301.729 Da / 分子数: 3 / 変異: L504Y,N775S / 由来タイプ: 組換発現
詳細: NATIVE GLUA2 IS A MEMBRANE PROTEIN. THE PROTEIN CRYSTALLIZED IS THE EXTRACELLULAR LIGAND-BINDING DOMAIN OF GLUA2. TRANSMEMBRANE REGIONS WERE GENETICALLY REMOVED AND REPLACED WITH A GLY-THR ...
由来: (組換発現)

Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Gria2, Glur2 / プラスミド: PET-22B(+) / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami B (DE3) / 参照: UniProt: P19491

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非ポリマー , 8種, 818分子

#2: 化合物	ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉NO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 化合物	ChemComp-UF5 / 6-chloranyl-4-cyclopropyl-2,3-dihydrothieno[3,2-e][1,2,4]thiadiazine 1,1-dioxide 分子量: 264.752 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₉ClN₂O₂S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#8: 化合物	ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン分子量: 136.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆AsO₂
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 789 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.23 %
結晶化	温度: 279 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 15.2% PEG4000, 0.1M Zn Acetate, 0.1M Cacodylate pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→49.17 Å / Num. obs: 129920 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.071 / R_pim(I) all: 0.029 / R_rim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 13.1 / Num. measured all: 864426
反射シェル	解像度: 1.55→1.63 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.879 / Num. measured all: 124663 / Num. unique obs: 18786 / R_pim(I) all: 0.367 / R_rim(I) all: 0.953 / Net I/σ(I) obs: 2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20_4459: ???)	精密化
SCALA		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.55→49.17 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.04 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1952	6588	5.07 %
R_work	0.1676	-	-
obs	0.169	129822	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→49.17 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6156	0	146	789	7091

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	6603
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.885	8922
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.084	2539
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	966
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1127

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.55-1.57	0.2677	231	0.2615	4035	X-RAY DIFFRACTION	100
1.57-1.59	0.2819	257	0.2547	4037	X-RAY DIFFRACTION	100
1.59-1.61	0.2702	235	0.2416	4012	X-RAY DIFFRACTION	100
1.61-1.63	0.2681	223	0.2311	4062	X-RAY DIFFRACTION	100
1.63-1.65	0.2555	241	0.2349	4050	X-RAY DIFFRACTION	100
1.65-1.67	0.2532	191	0.2338	4061	X-RAY DIFFRACTION	100
1.67-1.69	0.2864	213	0.2577	4133	X-RAY DIFFRACTION	100
1.69-1.72	0.2805	189	0.2438	4041	X-RAY DIFFRACTION	100
1.72-1.75	0.2603	230	0.2307	4038	X-RAY DIFFRACTION	100
1.75-1.77	0.2489	207	0.2213	4083	X-RAY DIFFRACTION	100
1.77-1.8	0.2625	207	0.2034	4056	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8-1.84	0.216	218	0.1904	4095	X-RAY DIFFRACTION	100
1.84-1.87	0.2086	233	0.1698	4075	X-RAY DIFFRACTION	100
1.87-1.91	0.1956	212	0.167	4110	X-RAY DIFFRACTION	100
1.91-1.95	0.1987	198	0.1674	4080	X-RAY DIFFRACTION	100
1.95-2	0.2022	225	0.1725	4071	X-RAY DIFFRACTION	100
2-2.05	0.2109	246	0.1702	4059	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.1	0.2036	227	0.1792	4090	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.17	0.2	216	0.1599	4099	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.24	0.1562	192	0.1476	4107	X-RAY DIFFRACTION	100
2.24-2.32	0.1754	221	0.1456	4092	X-RAY DIFFRACTION	100
2.32-2.41	0.1902	205	0.1543	4142	X-RAY DIFFRACTION	100
2.41-2.52	0.1983	227	0.1531	4119	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.65	0.1807	210	0.155	4152	X-RAY DIFFRACTION	100
2.65-2.82	0.1912	203	0.1546	4148	X-RAY DIFFRACTION	100
2.82-3.03	0.1693	239	0.1607	4125	X-RAY DIFFRACTION	100
3.03-3.34	0.1866	229	0.1516	4162	X-RAY DIFFRACTION	100
3.34-3.82	0.1912	219	0.1489	4193	X-RAY DIFFRACTION	100
3.82-4.81	0.1431	217	0.1333	4268	X-RAY DIFFRACTION	100
4.81-49.17	0.2035	227	0.1904	4439	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.2109	-0.3776	0.5444	3.0788	-0.1951	3.9887	0.0432	-0.0193	-0.3023	-0.0117	-0.0436	-0.1011	0.1081	0.1217	-0.0089	0.1523	0.0111	-0.0062	0.0959	0.0197	0.1745	-47.0923	8.443	-24.0267
2	4.9767	3.0279	0.5876	5.4327	-0.2019	2.9979	-0.0331	0.1669	0.2214	0.0025	-0.0695	-0.2918	-0.1738	0.3429	0.0651	0.0909	0.0159	-0.0049	0.1698	0.0176	0.159	-42.4064	22.5932	-30.4314
3	1.4017	0.5825	0.0527	0.5534	0.1501	2.9365	-0.0256	-0.0624	0.0902	0.0862	-0.0097	-0.0021	-0.0902	0.1254	0.0321	0.1395	0.0253	-0.0179	0.1046	0.0243	0.1374	-49.9683	26.4719	-19.9685
4	3.9029	0.9758	-0.0227	5.0849	-0.9363	5.1487	0.0208	-0.1192	0.5363	-0.0962	-0.1192	-0.1341	-0.5462	0.6258	0.0865	0.2156	-0.0691	0.0344	0.2525	0.0108	0.3176	-39.9268	35.0404	-10.5371
5	4.3075	-0.7425	2.9684	3.2043	-2.3594	5.6715	0.0035	-0.4431	-0.1347	-0.0413	0.0264	0.0566	0.1364	0.0001	-0.0319	0.1613	0.0292	0.0271	0.2001	0.0118	0.1289	-47.4374	23.5469	-6.2838
6	5.4419	-0.0075	-1.9713	1.9429	1.3697	6.0379	-0.1527	0.4429	-0.2098	-0.0772	0.0352	0.1892	0.0423	-0.2643	0.0977	0.1355	0.028	-0.0325	0.0968	0.0337	0.1504	-59.3322	18.968	-29.1752
7	7.3684	-1.0193	6.6329	3.3314	-1.704	7.6319	0.1869	-0.712	-0.2514	0.3747	-0.0296	0.1115	0.2939	-0.4583	-0.1935	0.3299	0.0231	0.0628	0.2756	0.0823	0.244	-55.8672	11.5989	-9.7461
8	2.1845	0.4449	-0.2632	2.4593	0.0005	2.2136	-0.0371	0.0493	0.0345	-0.0755	0.0121	0.2983	-0.0427	-0.2875	0.0146	0.1165	0.012	-0.0112	0.1444	-0.0057	0.1331	-77.8375	37.5476	-27.2767
9	1.4342	0.6864	-0.9265	1.1929	-0.4322	1.7994	-0.0275	-0.0574	-0.1062	0.0674	-0.0873	0.0251	0.0832	-0.1635	0.1102	0.1408	-0.0048	-0.0131	0.1484	-0.0177	0.154	-75.508	25.5119	-13.1964
10	2.202	-0.0127	-0.5144	2.4467	-0.1557	2.161	0.1035	0.094	-0.0863	-0.0873	0.0138	0.1115	0.1018	-0.3365	-0.0305	0.1025	-0.0112	0.011	0.1645	0.0009	0.1233	-76.378	73.1787	-35.5454
11	2.8415	0.3989	-0.5921	2.9508	-0.7918	2.2759	-0.048	0.0409	-0.0777	0.0105	0.1062	0.3809	0.119	-0.3566	-0.045	0.1002	0.0047	0.0043	0.2144	-0.0011	0.159	-81.5013	76.8094	-33.0909
12	2.7862	-1.5066	0.2198	6.4504	-0.932	3.7156	-0.0415	0.0823	-0.286	-0.0514	0.0326	-0.1831	0.4107	0.0639	-0.0071	0.1233	-0.0426	-0.0021	0.1092	-0.028	0.1149	-68.3024	65.5098	-40.404
13	0.1845	-0.188	0.2329	0.8287	-0.4098	2.3643	-0.0055	0.0194	-0.0005	-0.0032	-0.0184	-0.0649	0.0774	-0.022	0.0231	0.1113	-0.0172	0.0132	0.1409	-0.0038	0.1457	-61.7267	71.055	-30.1864
14	4.634	-0.7489	-0.8186	3.2299	-1.5427	7.5306	-0.095	0.083	-0.1229	-0.1796	-0.1191	-0.5628	0.3466	0.1113	0.1642	0.1637	0.0009	0.043	0.048	-0.0322	0.26	-54.1784	60.5142	-21.5447
15	3.7971	1.5481	0.8339	5.5854	0.545	2.9478	-0.0363	-0.0231	-0.1144	-0.158	-0.0164	-0.6331	0.2071	0.0606	0.0527	0.1657	0.01	0.0518	0.1133	-0.0195	0.2023	-55.6729	55.5047	-22.2869
16	7.2875	-1.738	3.9404	1.8682	-0.8265	7.6927	0.0334	-0.2852	-0.5153	0.1441	-0.0803	0.2438	0.5607	-0.4408	-0.0185	0.2143	-0.054	0.0521	0.1229	-0.0383	0.2294	-68.7087	58.3019	-14.1172
17	7.3211	-2.4197	-1.6118	6.4962	-4.6057	5.4463	0.062	0.0815	0.1219	-0.0129	0.068	-0.0281	0.0301	-0.1808	-0.1266	0.109	-0.0352	-0.0298	0.1142	-0.0273	0.0641	-65.9465	68.8519	-18.1406
18	7.2578	3.6445	-6.0229	1.94	-3.0416	7.0215	0.1742	-0.0928	0.1752	0.2579	-0.1238	0.0945	-0.2088	-0.0863	-0.0367	0.1727	0.0008	0.0095	0.1036	-0.0222	0.1525	-64.5073	70.3971	-13.9222
19	2.3789	0.1268	1.4737	4.8239	1.4049	3.9401	-0.0203	0.1533	0.1644	-0.4578	-0.0913	-0.0037	-0.184	0.0803	0.1014	0.0767	-0.0132	0.0274	0.1321	0.0195	0.1025	-64.6755	82.1314	-39.3886
20	4.7916	3.6622	-4.1475	6.2607	-4.8938	4.4066	0.0617	-0.3334	0.0678	0.7419	0.0395	0.1282	-0.4403	-0.0038	-0.0985	0.2346	0.0262	0.0174	0.2553	-0.0512	0.207	-73.0113	82.29	-19.766

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 47 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 48 through 79 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 80 through 123 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 124 through 187 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 188 through 217 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 218 through 243 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 244 through 264 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 1 through 93 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 94 through 264 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 1 through 20 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 21 through 47 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 48 through 79 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 80 through 123 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 124 through 152 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 153 through 173 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 174 through 187 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 188 through 202 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 203 through 217 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 218 through 243 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 244 through 264 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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