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- PDB-8qel: PKR kinase domain- eIF2alpha in complex with compound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qel
タイトルPKR kinase domain- eIF2alpha in complex with compound
要素
  • Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit alpha
  • Interferon-induced, double-stranded RNA-activated protein kinase
キーワードRNA BINDING PROTEIN / protein synthesis/transferase / antiproliferative and antiviral effects / interferon
機能・相同性
機能・相同性情報


Inhibition of PKR / regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / Recycling of eIF2:GDP / Cellular response to mitochondrial stress / response to interferon-alpha / ABC-family proteins mediated transport / negative regulation of osteoblast proliferation / eukaryotic translation initiation factor 2 complex / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation ...Inhibition of PKR / regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / Recycling of eIF2:GDP / Cellular response to mitochondrial stress / response to interferon-alpha / ABC-family proteins mediated transport / negative regulation of osteoblast proliferation / eukaryotic translation initiation factor 2 complex / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / positive regulation of stress-activated MAPK cascade / multi-eIF complex / formation of translation preinitiation complex / protein phosphatase regulator activity / eukaryotic 48S preinitiation complex / SUMOylation of immune response proteins / regulation of hematopoietic stem cell proliferation / regulation of hematopoietic stem cell differentiation / regulation of translational initiation / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / negative regulation of viral genome replication / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / endoplasmic reticulum unfolded protein response / positive regulation of chemokine production / translation initiation factor activity / antiviral innate immune response / cellular response to amino acid starvation / positive regulation of cytokine production / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / translational initiation / Evasion by RSV of host interferon responses / non-specific protein-tyrosine kinase / ISG15 antiviral mechanism / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / PKR-mediated signaling / response to virus / Interferon alpha/beta signaling / cytoplasmic stress granule / kinase activity / double-stranded RNA binding / ribosome binding / protein autophosphorylation / defense response to virus / protein phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / positive regulation of MAPK cascade / negative regulation of translation / ribosome / translation / negative regulation of cell population proliferation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
EIF2AK2, first double-stranded RNA binding domain / EIF2AK2, second double-stranded RNA binding domain / Translation initiation factor 2; subunit 1; domain 2 / : / Translation initiation factor 2, alpha subunit / Translation initiation factor 2, alpha subunit, middle domain superfamily / Translation initiation factor 2, alpha subunit, C-terminal / IF2a, S1-like domain / Eukaryotic translation initiation factor 2 alpha subunit / Double-stranded RNA binding motif ...EIF2AK2, first double-stranded RNA binding domain / EIF2AK2, second double-stranded RNA binding domain / Translation initiation factor 2; subunit 1; domain 2 / : / Translation initiation factor 2, alpha subunit / Translation initiation factor 2, alpha subunit, middle domain superfamily / Translation initiation factor 2, alpha subunit, C-terminal / IF2a, S1-like domain / Eukaryotic translation initiation factor 2 alpha subunit / Double-stranded RNA binding motif / Double-stranded RNA binding motif / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / S1 domain profile. / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / Nucleic acid-binding proteins / S1 domain / DNA polymerase; domain 1 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Nucleic acid-binding, OB-fold / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-UH3 / Interferon-induced, double-stranded RNA-activated protein kinase / Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.451 Å
データ登録者Nawrotek, A. / Vuillard, L. / Miallau, L.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: PKR kinase domain- eIF2alpha in complex with compound
著者: Nawrotek, A. / Vuillard, L. / Miallau, L.
履歴
登録2023年8月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit alpha
B: Interferon-induced, double-stranded RNA-activated protein kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,2673
ポリマ－51,9992
非ポリマー2681
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1080 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area21910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.028, 85.028, 168.94
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit alpha / eIF-2-alpha


分子量: 20409.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SUI2, TIF211, YJR007W, J1429 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P20459
#2: タンパク質 Interferon-induced, double-stranded RNA-activated protein kinase / Eukaryotic translation initiation factor 2-alpha kinase 2 / eIF-2A protein kinase 2 / Interferon- ...Eukaryotic translation initiation factor 2-alpha kinase 2 / eIF-2A protein kinase 2 / Interferon-inducible RNA-dependent protein kinase / P1/eIF-2A protein kinase / Protein kinase RNA-activated / PKR / Protein kinase R / Tyrosine-protein kinase EIF2AK2 / p68 kinase


分子量: 31589.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: TPO= phosphoarylated THR,TPO= phosphoarylated THR / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF2AK2, PKR, PRKR / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P19525, non-specific serine/threonine protein kinase, non-specific protein-tyrosine kinase
#3: 化合物 ChemComp-UH3 / (3~{Z})-3-[(4-methyl-1~{H}-imidazol-5-yl)methylidene]-2-oxidanylidene-1~{H}-indole-5-carboxamide


分子量: 268.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H12N4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M MOPS pH 7.5, 10% PEG 8000, 0.2 M magnesium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98011 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98011 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.451→73.6 Å / Num. obs: 234631 / % possible obs: 89.2 % / 冗長度: 12.2 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 17.4
反射 シェル解像度: 2.451→2.658 Å / Num. unique obs: 10241 / CC1/2: 0.673

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.8 (8-JUN-2022)精密化
autoPROCデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.451→73.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU R Cruickshank DPI: 0.534 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.515 / SU Rfree Blow DPI: 0.315 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.323
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.278 942 -RANDOM
Rwork0.2412 ---
obs0.2431 19297 72.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 80.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.3871 Å20 Å20 Å2
2---0.3871 Å20 Å2
3---0.7742 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.41 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.451→73.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3478 0 20 0 3498
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0073561HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.924787HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1304SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes612HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3561HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion458SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2516SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.56
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.12
LS精密化 シェル解像度: 2.451→2.59 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4279 26 -
Rwork0.3127 --
obs--10.59 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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