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- PDB-8qeg: Crystal structure of the G11 protein heterotrimer bound to YM-254... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qeg
タイトルCrystal structure of the G11 protein heterotrimer bound to YM-254890 inhibitor
要素(Guanine nucleotide-binding protein ...) x 3
キーワードSIGNALING PROTEIN / G protein / YM-254890 / cell signaling / GNA11 / GNB1 / GNG2 / G alpha 11
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of melanocyte differentiation / phospholipase C-activating G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / Fatty Acids bound to GPR40 (FFAR1) regulate insulin secretion / Acetylcholine regulates insulin secretion / endothelin receptor signaling pathway / phospholipase C-activating dopamine receptor signaling pathway / developmental pigmentation / cellular response to pH / PLC beta mediated events / entrainment of circadian clock ...regulation of melanocyte differentiation / phospholipase C-activating G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / Fatty Acids bound to GPR40 (FFAR1) regulate insulin secretion / Acetylcholine regulates insulin secretion / endothelin receptor signaling pathway / phospholipase C-activating dopamine receptor signaling pathway / developmental pigmentation / cellular response to pH / PLC beta mediated events / entrainment of circadian clock / cranial skeletal system development / ligand-gated ion channel signaling pathway / action potential / phototransduction, visible light / photoreceptor outer segment / enzyme regulator activity / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / skeletal system development / G protein-coupled receptor binding / positive regulation of insulin secretion / regulation of blood pressure / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G-protein activation / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through CDC42 / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / photoreceptor disc membrane / Glucagon-type ligand receptors / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G alpha (z) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / cellular response to catecholamine stimulus / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / GPER1 signaling / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / cellular response to prostaglandin E stimulus / G-protein beta-subunit binding / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / sensory perception of taste / extracellular vesicle / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / retina development in camera-type eye / G protein activity / heart development / GTPase binding / Ca2+ pathway / fibroblast proliferation / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / G alpha (i) signalling events / G alpha (s) signalling events / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / G alpha (q) signalling events / Ras protein signal transduction / Extra-nuclear estrogen signaling / cell population proliferation / G protein-coupled receptor signaling pathway / lysosomal membrane / GTPase activity / synapse / GTP binding / protein-containing complex binding / signal transduction / extracellular exosome / metal ion binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
G-protein alpha subunit, group Q / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily ...G-protein alpha subunit, group Q / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / G protein beta WD-40 repeat protein / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETYL GROUP / ALANINE / N-METHYL-ALPHA-BETA-DEHYDROALANINE / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / (2R)-2-hydroxy-3-phenylpropanoic acid / (2S,3R)-2-amino-3-hydroxy-4-methylpentanoic acid / N-methyl-L-alanine / N,O-dimethyl-L-threonine / N-METHYLCARBONYLTHREONINE / Guanine nucleotide-binding protein subunit alpha-11 ...ACETYL GROUP / ALANINE / N-METHYL-ALPHA-BETA-DEHYDROALANINE / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / (2R)-2-hydroxy-3-phenylpropanoic acid / (2S,3R)-2-amino-3-hydroxy-4-methylpentanoic acid / N-methyl-L-alanine / N,O-dimethyl-L-threonine / N-METHYLCARBONYLTHREONINE / Guanine nucleotide-binding protein subunit alpha-11 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Muehle, J. / Rodrigues, M.J. / Guixa-Gonzalez, R. / Deupi, X. / Schertler, G.F.X.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)273251628 ドイツ
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2025
タイトル: Cyclic peptide inhibitors function as molecular glues to stabilize Gq/11 heterotrimers.
著者: Muhle, J. / Alenfelder, J. / Rodrigues, M.J. / Jurgenliemke, L. / Guixa-Gonzalez, R. / Gratz, L. / Andres, F. / Bacchin, A. / Hennig, M. / Schihada, H. / Crusemann, M. / Konig, G.M. / ...著者: Muhle, J. / Alenfelder, J. / Rodrigues, M.J. / Jurgenliemke, L. / Guixa-Gonzalez, R. / Gratz, L. / Andres, F. / Bacchin, A. / Hennig, M. / Schihada, H. / Crusemann, M. / Konig, G.M. / Schertler, G. / Kostenis, E. / Deupi, X.
履歴
登録2023年8月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年5月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Guanine nucleotide-binding protein subunit alpha-11
B: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
G: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,70221
ポリマ－86,6563
非ポリマー2,04618
水14,448802
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)72.604, 102.533, 154.002
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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Guanine nucleotide-binding protein ... , 3種, 3分子 ABG

#1: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein subunit alpha-11 / G alpha-11 / G-protein subunit alpha-11 / Guanine nucleotide-binding protein G(y) subunit alpha


分子量: 41139.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNA11, GA11 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P29992
#2: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1


分子量: 37671.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNB1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P62873
#3: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / G gamma-I


分子量: 7845.078 Da / 分子数: 1 / Mutation: C68S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNG2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P59768

-
非ポリマー , 11種, 820分子

#4: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-DAM / N-METHYL-ALPHA-BETA-DEHYDROALANINE / N-メチルデヒドロアラニン


タイプ: peptide linking / 分子量: 101.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H7NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-HF2 / (2R)-2-hydroxy-3-phenylpropanoic acid / 3-フェニル-D-乳酸


タイプ: peptide-like / 分子量: 166.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H10O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物 ChemComp-THC / N-METHYLCARBONYLTHREONINE / N-アセチル-L-トレオニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 161.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H11NO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 化合物 ChemComp-OTH / N,O-dimethyl-L-threonine


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 化合物 ChemComp-HL2 / (2S,3R)-2-amino-3-hydroxy-4-methylpentanoic acid / BETA-HYDROXYLEUCINE / (3R)-3-ヒドロキシ-L-ロイシン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 化合物 ChemComp-MAA / N-methyl-L-alanine / N-メチルアラニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 103.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H9NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#12: 化合物 ChemComp-ALA / ALANINE / アラニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 89.093 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#13: 化合物 ChemComp-ACE / ACETYL GROUP / アセトアルデヒド


分子量: 44.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H4O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#14: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 802 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.54 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.09 M Na Acetate pH 4.5, 2.7 % PEG Smears Medium, 6.3 % MPD, 0.5 n-octyl-beta-D-Glucoside and 3% D-Trehalose

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→85.35 Å / Num. obs: 126840 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.7 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 22.4
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 14.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 6244 / CC1/2: 0.796 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0403精密化
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→59.253 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / WRfactor Rfree: 0.18 / WRfactor Rwork: 0.153 / SU B: 3.698 / SU ML: 0.06 / Average fsc free: 0.9713 / Average fsc work: 0.9787 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.078 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1881 6216 4.904 %RANDOM
Rwork0.1604 120532 --
all0.162 ---
obs-126748 99.956 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 32.934 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.018 Å2-0 Å20 Å2
2--0.009 Å20 Å2
3---0.009 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→59.253 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5697 0 128 802 6627
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0126282
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0165887
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5981.658538
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5541.57313514
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5755799
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg11.067557
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_other_2_deg0.58452
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.735101057
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg17.03210291
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2960
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr_other0.1230.22
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.027590
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021532
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2840.21248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1950.25658
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1780.23176
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0820.23458
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1780.2609
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2110.224
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.140.243
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1660.226
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3022.2593113
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.3022.2583113
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1164.0473931
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.1164.0473932
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.8322.5953169
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.8322.5953170
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.5464.6094603
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.5464.6094604
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it7.39725.5967470
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other7.24124.4357223
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.7-1.7440.3124840.27288080.27492940.9310.94899.97850.236
1.744-1.7920.2644450.2585710.25190160.9520.9591000.21
1.792-1.8440.2584200.22383510.22587730.9610.96899.97720.182
1.844-1.90.2184280.19881490.19985810.9690.97599.95340.162
1.9-1.9630.214240.17878900.17983140.9710.981000.144
1.963-2.0320.2084090.17175730.17379820.9730.9811000.142
2.032-2.1080.1853490.15973990.1677670.9780.98499.75540.135
2.108-2.1940.2013750.15570970.15774750.9750.98599.95990.134
2.194-2.2920.1823680.14367860.14471540.9780.9871000.124
2.292-2.4030.1793250.14465790.14669040.980.9871000.127
2.403-2.5330.1633330.14261940.14365270.9840.9881000.126
2.533-2.6860.1813220.14858990.14962210.980.9871000.134
2.686-2.8710.1752430.14655790.14758220.980.9871000.136
2.871-3.1010.1752470.1552100.15154570.9790.9871000.144
3.101-3.3960.1932350.16348070.16550420.980.9861000.161
3.396-3.7950.1982280.17543490.17645770.980.9851000.177
3.795-4.3790.1561910.13638490.13740610.9860.98999.48290.146
4.379-5.3560.1491850.1332870.13134720.9890.9911000.144
5.356-7.5440.2441340.18826050.19127390.9770.9851000.198
7.544-59.2530.185710.18215500.18216220.9790.97299.93830.199
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4950.1764-0.05851.42290.05510.5960.041-0.02270.0159-0.06640.0221-0.01740.07340.1182-0.06320.020.01-0.00510.0824-0.02970.0119-6.1856-14.74414.6866
21.55860.0771-0.18081.07130.0691.7629-0.0435-0.1298-0.219-0.0103-0.0174-0.08920.19620.21070.06090.03330.02180.00610.04140.03010.04312.2399-50.73513.2732
34.8352-2.6091.1657.6074-2.51073.0795-0.0678-0.307-0.1480.45820.07550.30120.0346-0.2064-0.00770.069-0.03720.01650.05310.00680.0192-13.444-24.98522.5873
46.60990.76210.68392.48230.41052.31410.0433-0.1695-0.4750.2352-0.0548-0.09630.47830.3080.01150.18590.13410.07620.1620.12820.140110.0381-60.964314.3374
精密化 TLSグループSelection: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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