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万見
- PDB-8qck: Crystal structure of mycothiol disulfide reductase Mtr from Mycob... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qck
タイトルCrystal structure of mycothiol disulfide reductase Mtr from Mycobacterium smegmatis
要素Pyridine nucleotide-disulfide oxidoreductase dimerization region
キーワードOXIDOREDUCTASE / DISULFIDE REDUCTASE / FLAVOPROTEIN / MYCOTHIONE REDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 含硫化合物に対し酸化酵素として働く; NADHまたはNADPHが電子受容体 / oxidoreductase activity, acting on a sulfur group of donors, NAD(P) as acceptor / flavin adenine dinucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Mycothione reductase / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I, active site / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductases class-I active site. / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / FAD/NAD-linked reductase, dimerisation domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Pyridine nucleotide-disulfide oxidoreductase dimerization region
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.7 Å
データ登録者Gutierrez-Fernandez, J. / Hammerstad, M. / Hersleth, H.-P.
資金援助 ノルウェー, 1件
組織認可番号国
Research Council of Norway144971 ノルウェー
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2024
タイトル: The crystal structure of mycothiol disulfide reductase (Mtr) provides mechanistic insight into the specific low-molecular-weight thiol reductase activity of Actinobacteria.
著者: Gutierrez-Fernandez, J. / Hersleth, H.P. / Hammerstad, M.
履歴
登録2023年8月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyridine nucleotide-disulfide oxidoreductase dimerization region
B: Pyridine nucleotide-disulfide oxidoreductase dimerization region


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,9982
ポリマ－99,9982
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6580 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area36760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.959, 209.563, 241.871
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1chain "B"

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: ens_1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Auth seq-ID: 1 - 461 / Label seq-ID: 1 - 461

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
d_1AA
d_2BB

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.979197738181, -0.00656999600635, 0.202801934641), (0.00495677867763, -0.999951915315, -0.00846152490312), (0.202847775158, -0.00728026174129, 0.979183219782) ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.979197738181, -0.00656999600635, 0.202801934641), (0.00495677867763, -0.999951915315, -0.00846152490312), (0.202847775158, -0.00728026174129, 0.979183219782)
ベクター: 12.1014999829, -127.22916845, -1.90739826155)

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要素

#1: タンパク質 Pyridine nucleotide-disulfide oxidoreductase dimerization region


分子量: 49998.836 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
遺伝子: gorA, MSMEI_2549 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: I7G0D4, 酸化還元酵素; 含硫化合物に対し酸化酵素として働く; NADHまたはNADPHが電子受容体

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.02 M magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M HEPES pH 7.5 and 22% (w/v) poly-(acrylic acid sodium salt) 5,100, and a protein concentration of 12.5 mg/mL.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.7→49.4 Å / Num. obs: 7284 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 55.63 Å2 / CC1/2: 0.942 / Rmerge(I) obs: 0.635 / Rpim(I) all: 0.278 / Rrim(I) all: 0.695 / Net I/σ(I): 3
反射 シェル解像度: 4.7→5.25 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 1.183 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 2015 / CC1/2: 0.847 / Rpim(I) all: 0.514 / Rrim(I) all: 1.292 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8QCJ

8qcj


解像度: 4.7→49.37 Å / SU ML: 0.8538 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 41.1901
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3384 710 9.98 %
Rwork0.2925 6403 -
obs0.2972 7113 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 113.65 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 1.243 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.7→49.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7036 0 0 0 7036
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00337172
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.82619760
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04861118
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00631286
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.03171004
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 1.39684432767 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.7-5.060.38291370.29631206X-RAY DIFFRACTION96.07
5.06-5.570.40071370.32941237X-RAY DIFFRACTION97.1
5.57-6.370.45281310.33471282X-RAY DIFFRACTION97.38
6.38-8.020.34341320.32381304X-RAY DIFFRACTION99.38
8.03-49.370.26061730.23851374X-RAY DIFFRACTION99.61

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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