PDB-8qcj: Crystal structure of mycothiol disulfide reductase Mtr from Rhodo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qcj

タイトル

Crystal structure of mycothiol disulfide reductase Mtr from Rhodococcus erythropolis

要素

Mycothione reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / DISULFIDE REDUCTASE / FAD / FLAVOPROTEIN / MYCOTHIONE REDUCTASE

機能・相同性

機能・相同性情報

mycothione reductase / mycothione reductase [NAD(P)H] activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodococcus erythropolis PR4 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Gutierrez-Fernandez, J. / Hammerstad, M. / Hersleth, H.-P.

資金援助

ノルウェー, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2024
タイトル: The crystal structure of mycothiol disulfide reductase (Mtr) provides mechanistic insight into the specific low-molecular-weight thiol reductase activity of Actinobacteria.
著者: Gutierrez-Fernandez, J. / Hersleth, H.P. / Hammerstad, M.

履歴

登録	2023年8月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年3月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8qcj.cif.gz	362.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8qcj.ent.gz	300.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8qcj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qc/8qcj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qc/8qcj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8qckC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (8) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (8) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Mycothione reductase

B: Mycothione reductase

ヘテロ分子

100 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.965, 92.965, 100.223
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

#1: タンパク質	Mycothione reductase 分子量: 49375.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodococcus erythropolis PR4 (バクテリア) 遺伝子: mtr, RER_26020 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C0ZY75, mycothione reductase
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.07 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 45% (w/v) polypropylene glycol 400 and 4% (v/v) ethanol, and protein concentration of 30 mg/mL

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.87311 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.87311 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→46.48 Å / Num. obs: 21492 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.2 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.209 / R_pim(I) all: 0.069 / R_rim(I) all: 0.22 / Net I/σ(I): 10.1
反射シェル	解像度: 2.9→3.08 Å / 冗長度: 10.3 % / R_merge(I) obs: 1.724 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 3468 / CC_1/2: 0.593 / R_pim(I) all: 0.561 / R_rim(I) all: 1.814 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.9→46.48 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 281.02 / 位相誤差: 24.11 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2234	1031	4.8 %
R_work	0.1766	-	-
obs	0.1797	21470	100 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.505 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→46.48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6944	0	106	0	7050

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	7184
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.752	9780
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.699	998
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	1116
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1268

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.9-3.05	0.298	148	0.278	2917	X-RAY DIFFRACTION	95
3.05-3.24	0.3057	122	0.2655	2957	X-RAY DIFFRACTION	96
3.24-3.49	0.2777	186	0.2268	2877	X-RAY DIFFRACTION	94
3.5-3.85	0.2517	160	0.1962	2919	X-RAY DIFFRACTION	95
3.85-4.4	0.193	173	0.1631	2880	X-RAY DIFFRACTION	94
4.4-5.54	0.1685	128	0.1368	2943	X-RAY DIFFRACTION	96
5.55-46.48	0.2128	114	0.149	2946	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8345	-0.1348	-0.5749	2.8494	-1.1195	2.0419	-0.3703	-0.2319	-0.1402	0.4076	0.3304	-0.2597	0.4221	0.3352	0.109	1.0622	0.1061	-0.1471	0.6801	0.0212	0.5337	-10.9863	38.0361	12.9877
2	3.797	0.8762	-0.7618	2.689	0.1534	3.6166	-0.0851	0.1027	0.1956	-0.0864	-0.1133	-0.2994	0.4434	0.5666	-0.0154	0.7004	0.055	-0.016	0.3162	0.0453	0.5553	-8.4615	48.4203	-9.4895
3	0.7582	0.8227	-0.269	2.6025	-2.2034	2.3349	-0.2503	-0.07	-0.2309	-0.6786	0.1166	-0.3291	1.1805	0.0451	0.2039	1.3357	0.2573	-0.0064	0.6275	-0.0611	0.5765	-12.4066	27.69	0.5462
4	1.6986	-0.4658	-0.54	0.902	0.0859	0.4485	0.1005	0.6831	0.0402	-0.1059	-0.1728	0.2644	0.9564	-0.5072	-0.0172	1.2829	-0.2915	-0.1617	0.5313	-0.0617	0.4198	-35.2929	39.4028	-5.386
5	1.6823	1.0457	0.6993	1.6516	0.1855	1.2853	0.3285	0.0888	0.422	-1.2046	-0.3894	-0.2911	0.0858	-0.8653	-0.2469	0.6273	-0.1328	-0.0354	1.1965	0.0418	0.9163	-63.9778	58.1621	-10.082
6	2.494	-0.698	-0.8773	2.6277	-0.6967	2.542	-0.1203	0.2361	0.7944	-0.0735	0.0655	-0.3811	0.3439	-0.2726	0.2958	0.3512	-0.0059	0.0592	0.3004	0.0201	0.6642	-37.3865	67.5589	-1.4098
7	2.5892	0.4408	1.0562	2.9425	-0.1547	0.5343	-0.1319	0.1186	0.2496	-0.2677	-0.1829	0.336	0.0727	-1.0389	-0.0817	0.5318	-0.1515	-0.0052	1.2114	0.1045	0.5573	-66.0477	66.8221	-1.4346
8	2.1457	-0.2969	-0.2946	1.3727	-0.0906	1.3456	0.1758	-0.1173	-0.0546	0.1885	-0.3759	-0.0337	-0.0094	-0.1775	-0.017	0.5026	0.0249	-0.088	0.5116	0.0717	0.4426	-43.7322	69.1925	14.1837
9	5.0638	-2.7045	-0.4186	4.5811	0.3588	1.3132	0.0581	-0.1782	0.5816	0.5074	-0.0314	-0.9724	0.1509	-0.2142	0.2541	0.6663	-0.0012	-0.0171	0.5903	0.0548	0.4299	-44.0527	70.4606	22.4871
10	1.1861	-0.1942	-0.091	2.5964	1.1325	0.7587	-0.0418	0.2454	-0.1661	0.5401	-0.2666	0.2205	0.4367	-1.0523	0.0719	0.7281	-0.5227	0.0301	0.9816	-0.0516	0.4994	-62.7578	56.8387	6.1943
11	2.8374	-0.1356	-0.6005	1.6152	0.3165	1.4391	0.2384	-0.0266	0.2639	0.2882	-0.2232	0.1594	0.7064	-0.5348	0.0324	0.7639	-0.1568	-0.0563	0.5299	0.0357	0.3498	-43.7634	44.881	12.5168
12	2.7796	-0.1522	0.3879	1.46	1.0112	1.594	-0.3921	0.0418	-0.2831	-0.0368	0.2255	-0.6413	1.3412	0.245	-0.0483	1.0089	-0.1205	-0.0249	0.4202	0.0706	0.4071	-33.1003	36.39	10.8038

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 136 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 137 through 245 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 246 through 325 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 326 through 458 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 1 through 43 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 44 through 100 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 101 through 160 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 161 through 208 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 209 through 245 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 246 through 325 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 326 through 426 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 427 through 458 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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