PDB-8qch: Human Adenosine deaminase-like protein in complex with compound AT8001

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qch

タイトル

Human Adenosine deaminase-like protein in complex with compound AT8001

要素

Adenosine deaminase-like protein

キーワード

HYDROLASE / complex

機能・相同性

機能・相同性情報

N6-methyl-AMP deaminase activity / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 環状アミジンに作用 / Abacavir metabolism / inosine biosynthetic process / adenosine catabolic process / adenosine deaminase activity / Purine salvage / nucleotide metabolic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.442 Å

データ登録者

Zimberger, C. / canard, B. / Ferron, F.

資金援助

フランス, 2件

引用

ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2024
タイトル: The activation cascade of the broad-spectrum antiviral bemnifosbuvir characterized at atomic resolution.
著者: Chazot, A. / Zimberger, C. / Feracci, M. / Moussa, A. / Good, S. / Sommadossi, J.P. / Alvarez, K. / Ferron, F. / Canard, B.

履歴

登録	2023年8月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年7月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年9月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8qch.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8qch.ent.gz	919.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8qch.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qc/8qch ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qc/8qch	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8pieC 8ptsC 8pwkC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#151 - 2012年7月ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase) 類似性 (1) #215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Adenosine deaminase-like protein

B: Adenosine deaminase-like protein

C: Adenosine deaminase-like protein

D: Adenosine deaminase-like protein

E: Adenosine deaminase-like protein

F: Adenosine deaminase-like protein

G: Adenosine deaminase-like protein

H: Adenosine deaminase-like protein

ヘテロ分子

328 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Adenosine deaminase-like protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
41.1 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Adenosine deaminase-like protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
41 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Adenosine deaminase-like protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
41 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Adenosine deaminase-like protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
41.2 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Adenosine deaminase-like protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
41.1 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Adenosine deaminase-like protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
41.1 kDa, 1 ポリマー
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7

G: Adenosine deaminase-like protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
41 kDa, 1 ポリマー
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8

H: Adenosine deaminase-like protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
40.9 kDa, 1 ポリマー
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9

A: Adenosine deaminase-like protein

B: Adenosine deaminase-like protein

D: Adenosine deaminase-like protein

ヘテロ分子

C: Adenosine deaminase-like protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
164 kDa, 4 ポリマー
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10

E: Adenosine deaminase-like protein

F: Adenosine deaminase-like protein

ヘテロ分子

G: Adenosine deaminase-like protein

H: Adenosine deaminase-like protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
164 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	142.757, 142.983, 156.399
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質	Adenosine deaminase-like protein / Adenosine deaminase-like protein isoform 1 / N6-mAMP deaminase / HsMAPDA / N6-methyl-AMP aminohydrolase 分子量: 40319.891 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADAL, ADAL1 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q6DHV7, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 環状アミジンに作用

#1: タンパク質

Adenosine deaminase-like protein / Adenosine deaminase-like protein isoform 1 / N6-mAMP deaminase / HsMAPDA / N6-methyl-AMP aminohydrolase

分子量: 40319.891 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADAL, ADAL1
発現宿主:

Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q6DHV7, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 環状アミジンに作用

-
非ポリマー , 6種, 855分子

#2: 化合物	ChemComp-EIF / [(2~{R},3~{R},4~{R},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-1~{H}-purin-9-yl)-4-fluoranyl-4-methyl-3-oxidanyl-oxolan-2-yl]methyl dihydrogen phosphate 分子量: 379.238 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₅FN₅O₇P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#6: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 817 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.58 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 2000 mM Ammonium sulfate 100 mM Sodium cacodylate/HCl 200 mM Sodium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.442→105.752 Å / Num. obs: 119069 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.2 % / CC_1/2: 0.988 / R_merge(I) obs: 0.363 / R_pim(I) all: 0.119 / R_rim(I) all: 0.383 / Net I/σ(I): 7.2
反射シェル	解像度: 2.442→2.484 Å / 冗長度: 10.5 % / R_merge(I) obs: 3.973 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 5876 / CC_1/2: 0.35 / R_pim(I) all: 1.289 / R_rim(I) all: 4.18 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.4	精密化
autoPROC		データ削減
Aimless		データスケーリング
MoRDa		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.442→105.53 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.934 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.919 / SU R Cruickshank DPI: 0.494 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.497 / SU R_free Blow DPI: 0.259 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.262

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2431	5715	-	RANDOM
R_work	0.2143	-	-	-
obs	0.2157	118763	99.7 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.42 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.7456 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.0908 Å²	0 Å²
3-	-	-	7.8364 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.34 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.442→105.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	22068	0	322	817	23207

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.007	22818	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	0.9	30891	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		8159	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		3906	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		22818	HARMONIC	10
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		2997	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		18738	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.7
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	17.55

LS精密化シェル

解像度: 2.442→2.46 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3288	91	-
R_work	0.3175	-	-
obs	-	-	97.82 %

精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1588	-0.0095	-0.0972	0.7731	0.2652	1.1577	0.0065	-0.0738	0.1048	-0.0738	-0.0202	0.0367	0.1048	0.0367	0.0137	0.163	0.0173	-0.0017	-0.0949	0.0184	-0.1143	-32.8661	11.8097	-20.9249
2	0.5163	0.2095	0.0878	0.7642	-0.3609	0.9763	-0.0991	-0.1353	-0.0954	-0.1353	0.0618	0.0062	-0.0954	0.0062	0.0374	0.2148	-0.0138	-0.061	-0.1351	-0.0055	-0.1085	-38.0081	56.0471	-21.3175
3	0.7227	-0.0828	0.2705	0.5186	-0.1444	0.9657	-0.0172	0.0609	-0.0777	0.0609	0.0228	-0.0911	-0.0777	-0.0911	-0.0056	0.0368	0.0237	0.0374	-0.0212	-0.0017	-0.0845	15.3822	47.3365	-16.2103
4	0.7609	0.17	0.2031	0.706	0.0927	0.8109	0	-0.0288	-0.043	-0.0288	-0.0456	0.1407	-0.043	0.1407	0.0456	0.0271	-0.0296	0.0018	0.0033	0.0338	-0.0966	-15.9705	43.662	16.3465
5	0.4085	-0.1553	0.2468	0.9427	-0.2442	1.1731	0.0057	0.0775	0.1644	0.0775	-0.0238	0.0225	0.1644	0.0225	0.0181	0.0594	0.0136	0.0227	-0.0562	-0.0077	-0.0933	-24.8369	19.3037	-60.8298
6	0.2814	-0.4103	0.0958	1.2737	0.1192	1.1431	-0.1341	0.2023	-0.1787	0.2023	0.011	-0.0001	-0.1787	-0.0001	0.1231	0.0759	-0.0016	-0.0359	-0.0741	0.0139	-0.0785	-44.6522	59.0512	-62.5715
7	0.705	-0.283	-0.3789	0.6524	0.3607	1.4354	-0.072	0.039	-0.0726	0.039	-0.1192	-0.0983	-0.0726	-0.0983	0.1912	-0.0643	-0.0168	0.0086	0.0303	-0.0633	-0.06	16.8192	36.8243	-56.6183
8	1.0256	-0.2277	0.1346	0.3385	0.0403	1.7111	-0.0348	-0.0598	0.0346	-0.0598	0.0034	0.3069	0.0346	0.3069	0.0314	-0.1144	-0.001	0.0347	0.1483	0.0711	-0.1122	60.3314	29.7759	-58.517

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }	A	12 - 355
2	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }	A	1009
3	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }	B	12 - 355
4	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }	B	1001
5	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|* }	C	12 - 355
6	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|* }	C	1010
7	X-RAY DIFFRACTION	4	{ D\|* }	D	10 - 355
8	X-RAY DIFFRACTION	4	{ D\|* }	D	401 - 1002
9	X-RAY DIFFRACTION	5	{ E\|* }	E	12 - 355
10	X-RAY DIFFRACTION	5	{ E\|* }	E	401 - 1008
11	X-RAY DIFFRACTION	6	{ F\|* }	F	12 - 355
12	X-RAY DIFFRACTION	6	{ F\|* }	F	1006
13	X-RAY DIFFRACTION	7	{ G\|* }	G	7 - 355
14	X-RAY DIFFRACTION	7	{ G\|* }	G	401 - 1004
15	X-RAY DIFFRACTION	8	{ H\|* }	H	6 - 355
16	X-RAY DIFFRACTION	8	{ H\|* }	H	1007

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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