PDB-8qce: Dispersin from Lactiplantibacillus paraplantarum DispLp

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qce

タイトル

Dispersin from Lactiplantibacillus paraplantarum DispLp

要素

N-acetyl-beta-hexosaminidase

キーワード

HYDROLASE / biofilm degradation / GH20 / poly-N-acetylglucosamine / enzyme catalysis

機能・相同性

6-ACETAMIDO-6-DEOXY-CASTANOSPERMINE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / :

機能・相同性情報

生物種

Lactiplantibacillus paraplantarum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.05 Å

データ登録者

Males, A. / Moroz, O.V. / Blagova, E. / Munch, A. / Hansen, G.H. / Johansen, A.H. / Ostergaard, L.H. / Segura, D.R. / Eddenden, A. / Due, A.V. ...

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2025
タイトル: Expansion of the diversity of dispersin scaffolds.
著者: Males, A. / Moroz, O.V. / Blagova, E. / Munch, A. / Hansen, G.H. / Johansen, A.H. / Ostergaard, L.H. / Segura, D.R. / Eddenden, A. / Due, A.V. / Gudmand, M. / Salomon, J. / Sorensen, S.R. / ...

履歴

登録	2023年8月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年3月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年3月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8qce.cif.gz	736.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8qce.ent.gz	457.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8qce.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qc/8qce ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qc/8qce	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8qakC 8qb6C 9htaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: N-acetyl-beta-hexosaminidase

B: N-acetyl-beta-hexosaminidase

ヘテロ分子

75.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: N-acetyl-beta-hexosaminidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
37.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: N-acetyl-beta-hexosaminidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
37.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.902, 82.792, 80.642
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.115, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: -1 - 330 / Label seq-ID: 4 - 335

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	N-acetyl-beta-hexosaminidase 分子量: 37407.102 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lactiplantibacillus paraplantarum (バクテリア) 遺伝子: DQM08_04690 / 発現宿主: Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: A0A370AE65
#2: 化合物	ChemComp-GC2 / 6-ACETAMIDO-6-DEOXY-CASTANOSPERMINE / N-[(1S,6S,7R,8R,8AR)-1,7,8-TRIHYDROXYOCTAHYDROINDOLIZIN-6-YL]ACETAMIDE / ACAS 分子量: 230.261 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₈N₂O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 772 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.75 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M calcium chloride, 0.1 M sodium acetate pH 5.0, 20% PEG 6000 (PACT A10), MMS from Hampton D10

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97625 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.05→38.06 Å / Num. obs: 256432 / % possible obs: 90.5 % / 冗長度: 3.7 % / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.079 / R_pim(I) all: 0.068 / R_rim(I) all: 0.105 / Net I/σ(I): 6.6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
5.75-38.06	3.9	0.063	7023	0.991	0.054	0.084
1.05-1.07	2.2	1.052	12583	0.422	0.93	1.411

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
REFMAC	5.8.0419	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.05→38.057 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.981 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.977 / SU B: 1.672 / SU ML: 0.034 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.03 / ESU R Free: 0.03 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1696	12700	4.954 %
R_work	0.1474	243670	-
all	0.148	-	-
obs	-	256370	90.547 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.86 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.303 Å²	0 Å²	0.098 Å²
2-	-	0.824 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.071 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.05→38.057 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5246	0	51	772	6069

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	5746
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.016	5185
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.734	1.656	7881
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.688	1.579	11919
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.637	5	724
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	9.105	5	22
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.357	10	882
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.104	10	294
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	908
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.002	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	6974
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	1346
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.235	0.2	1118
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.17	0.2	4742
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	2717
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.073	0.2	2922
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.126	0.2	581
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.101	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.174	0.2	81
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.163	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.747	1.332	2848
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.736	1.332	2848
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.239	2.4	3588
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.242	2.4	3589
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	18.057	1.549	2898
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	18.054	1.55	2899
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	16.871	2.751	4293
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	16.871	2.752	4294
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	22.195	18.333	6612
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	22.194	18.333	6613
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	5.912	3	10931
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.091	0.05	11568

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09115	0.05008
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09115	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.05-1.077	0.346	443	0.33	8432	0.331	20908	0.949	0.956	42.4479	0.329
1.077-1.107	0.322	546	0.293	11114	0.295	20347	0.95	0.965	57.3057	0.288
1.107-1.139	0.28	748	0.264	14185	0.265	19806	0.962	0.971	75.3963	0.255
1.139-1.174	0.261	989	0.245	17595	0.246	19226	0.97	0.974	96.6608	0.233
1.174-1.212	0.232	905	0.215	17596	0.216	18579	0.971	0.981	99.5802	0.203
1.212-1.255	0.215	937	0.192	17100	0.193	18088	0.977	0.985	99.718	0.179
1.255-1.302	0.203	876	0.177	16522	0.178	17447	0.979	0.987	99.7191	0.164
1.302-1.355	0.186	775	0.163	15871	0.164	16699	0.984	0.989	99.6826	0.152
1.355-1.415	0.192	785	0.151	15259	0.153	16077	0.98	0.99	99.7947	0.141
1.415-1.484	0.169	747	0.137	14583	0.138	15354	0.986	0.992	99.8437	0.129
1.484-1.565	0.157	730	0.124	13908	0.125	14674	0.988	0.993	99.7547	0.119
1.565-1.659	0.166	679	0.125	13069	0.127	13768	0.985	0.993	99.8547	0.123
1.659-1.774	0.157	605	0.123	12396	0.124	13018	0.987	0.993	99.8694	0.124
1.774-1.915	0.155	592	0.124	11518	0.126	12130	0.985	0.992	99.8351	0.13
1.915-2.098	0.154	581	0.124	10550	0.126	11155	0.987	0.992	99.7849	0.134
2.098-2.344	0.146	533	0.12	9568	0.121	10127	0.988	0.992	99.7433	0.135
2.344-2.705	0.144	379	0.119	8514	0.12	8918	0.988	0.992	99.7197	0.138
2.705-3.309	0.144	413	0.128	7162	0.129	7602	0.988	0.99	99.6448	0.152
3.309-4.662	0.137	284	0.131	5572	0.132	5878	0.989	0.99	99.6257	0.163
4.662-38.057	0.167	152	0.18	3157	0.18	3328	0.984	0.985	99.4291	0.224

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関連情報:EMDBヘッダ

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