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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8qbf | |||||||||||||||
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タイトル | Compact state - Pil1 dimer with lipid headgroups fitted in native eisosome lattice bound to plasma membrane microdomain | |||||||||||||||
要素 | Sphingolipid long chain base-responsive protein PIL1 | |||||||||||||||
キーワード | LIPID BINDING PROTEIN / BAR domain / lipid reconstitution / membrane microdomain | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein localization to eisosome filament / eisosome filament / eisosome assembly / eisosome / lipid droplet / cell periphery / protein localization / endocytosis / mitochondrial outer membrane / lipid binding ...protein localization to eisosome filament / eisosome filament / eisosome assembly / eisosome / lipid droplet / cell periphery / protein localization / endocytosis / mitochondrial outer membrane / lipid binding / mitochondrion / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.67 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Kefauver, J.M. / Zou, L. / Desfosses, A. / Loewith, R.J. | |||||||||||||||
資金援助 | European Union, スイス, 4件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: CryoEM architecture of a native stretch-sensitive membrane microdomain 著者: Kefauver, J.M. / Hakala, M. / Zou, L. / Alba, J. / Espadas Moreno, J. / Tettamanti, M.G. / Estrozi, L. / Vanni, S. / Roux, A. / Desfosses, A. / Loewith, R. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2018 タイトル: Real-space refinement in PHENIX for cryo-EM and crystallography. 著者: Pavel V Afonine / Billy K Poon / Randy J Read / Oleg V Sobolev / Thomas C Terwilliger / Alexandre Urzhumtsev / Paul D Adams / 要旨: This article describes the implementation of real-space refinement in the phenix.real_space_refine program from the PHENIX suite. The use of a simplified refinement target function enables very fast ...This article describes the implementation of real-space refinement in the phenix.real_space_refine program from the PHENIX suite. The use of a simplified refinement target function enables very fast calculation, which in turn makes it possible to identify optimal data-restraint weights as part of routine refinements with little runtime cost. Refinement of atomic models against low-resolution data benefits from the inclusion of as much additional information as is available. In addition to standard restraints on covalent geometry, phenix.real_space_refine makes use of extra information such as secondary-structure and rotamer-specific restraints, as well as restraints or constraints on internal molecular symmetry. The re-refinement of 385 cryo-EM-derived models available in the Protein Data Bank at resolutions of 6 Å or better shows significant improvement of the models and of the fit of these models to the target maps. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8qbf.cif.gz | 103.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8qbf.ent.gz | 81.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8qbf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8qbf_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8qbf_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8qbf_validation.xml.gz | 29.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8qbf_validation.cif.gz | 38.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qb/8qbf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qb/8qbf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 18311MC 8qb7C 8qb8C 8qb9C 8qbbC 8qbdC 8qbeC 8qbgC 8r1lC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30496.256 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: TB50 / 参照: UniProt: P53252 #2: 化合物 | #3: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: HELICAL ARRAY / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Helical lattice of native Pil1/Lsp1 protein bound to plasma membrane microdomain タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: TB50 |
緩衝液 | pH: 7 / 詳細: 50mM PIPES pH 7, 300mM NaCl, 1mM CHAPS, 0.5mM DTT |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: EMS Lacey Carbon |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / Cs: 2.7 mm |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.67 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 63118 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | Accession code: P53252 / Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model |