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- PDB-8qbd: Helical reconstruction of yeast eisosome protein Pil1 bound to me... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qbd
タイトルHelical reconstruction of yeast eisosome protein Pil1 bound to membrane composed of lipid mixture +PIP2/+sterol (DOPC, DOPE, DOPS, cholesterol, PI(4,5)P2 35:20:20:15:10)
要素Sphingolipid long chain base-responsive protein PIL1
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / BAR domain / lipid reconstitution / membrane microdomain
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to eisosome filament / eisosome filament / eisosome assembly / eisosome / lipid droplet / cell periphery / endocytosis / protein localization / mitochondrial outer membrane / lipid binding ...protein localization to eisosome filament / eisosome filament / eisosome assembly / eisosome / lipid droplet / cell periphery / endocytosis / protein localization / mitochondrial outer membrane / lipid binding / mitochondrion / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Eisosome component PIL1/LSP1 / Eisosome component PIL1 / AH/BAR domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
D-MYO-INOSITOL-1,4,5-TRIPHOSPHATE / Chem-P5S / Sphingolipid long chain base-responsive protein PIL1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.61 Å
データ登録者Kefauver, J.M. / Zou, L. / Desfosses, A. / Loewith, R.J.
資金援助European Union, スイス, 4件
組織認可番号国
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission101026765European Union
European Research Council (ERC)AdG TENDOEuropean Union
Swiss National Science FoundationCRSII5_189996 スイス
Swiss National Science Foundation310030_207754 スイス
引用
ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: Cryo-EM architecture of a near-native stretch-sensitive membrane microdomain.
著者: Jennifer M Kefauver / Markku Hakala / Luoming Zou / Josephine Alba / Javier Espadas / Maria G Tettamanti / Jelena Gajić / Caroline Gabus / Pablo Campomanes / Leandro F Estrozi / Nesli E Sen ...著者: Jennifer M Kefauver / Markku Hakala / Luoming Zou / Josephine Alba / Javier Espadas / Maria G Tettamanti / Jelena Gajić / Caroline Gabus / Pablo Campomanes / Leandro F Estrozi / Nesli E Sen / Stefano Vanni / Aurélien Roux / Ambroise Desfosses / Robbie Loewith /
要旨: Biological membranes are partitioned into functional zones termed membrane microdomains, which contain specific lipids and proteins. The composition and organization of membrane microdomains remain ...Biological membranes are partitioned into functional zones termed membrane microdomains, which contain specific lipids and proteins. The composition and organization of membrane microdomains remain controversial because few techniques are available that allow the visualization of lipids in situ without disrupting their native behaviour. The yeast eisosome, composed of the BAR-domain proteins Pil1 and Lsp1 (hereafter, Pil1/Lsp1), scaffolds a membrane compartment that senses and responds to mechanical stress by flattening and releasing sequestered factors. Here we isolated near-native eisosomes as helical tubules made up of a lattice of Pil1/Lsp1 bound to plasma membrane lipids, and solved their structures by helical reconstruction. Our structures reveal a striking organization of membrane lipids, and, using in vitro reconstitutions and molecular dynamics simulations, we confirmed the positioning of individual PI(4,5)P, phosphatidylserine and sterol molecules sequestered beneath the Pil1/Lsp1 coat. Three-dimensional variability analysis of the native-source eisosomes revealed a dynamic stretching of the Pil1/Lsp1 lattice that affects the sequestration of these lipids. Collectively, our results support a mechanism in which stretching of the Pil1/Lsp1 lattice liberates lipids that would otherwise be anchored by the Pil1/Lsp1 coat, and thus provide mechanistic insight into how eisosome BAR-domain proteins create a mechanosensitive membrane microdomain.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2018
タイトル: Real-space refinement in PHENIX for cryo-EM and crystallography.
著者: Pavel V Afonine / Billy K Poon / Randy J Read / Oleg V Sobolev / Thomas C Terwilliger / Alexandre Urzhumtsev / Paul D Adams /
要旨: This article describes the implementation of real-space refinement in the phenix.real_space_refine program from the PHENIX suite. The use of a simplified refinement target function enables very fast ...This article describes the implementation of real-space refinement in the phenix.real_space_refine program from the PHENIX suite. The use of a simplified refinement target function enables very fast calculation, which in turn makes it possible to identify optimal data-restraint weights as part of routine refinements with little runtime cost. Refinement of atomic models against low-resolution data benefits from the inclusion of as much additional information as is available. In addition to standard restraints on covalent geometry, phenix.real_space_refine makes use of extra information such as secondary-structure and rotamer-specific restraints, as well as restraints or constraints on internal molecular symmetry. The re-refinement of 385 cryo-EM-derived models available in the Protein Data Bank at resolutions of 6 Å or better shows significant improvement of the models and of the fit of these models to the target maps.
履歴
登録2023年8月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.22024年8月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sphingolipid long chain base-responsive protein PIL1
B: Sphingolipid long chain base-responsive protein PIL1
C: Sphingolipid long chain base-responsive protein PIL1
I: Sphingolipid long chain base-responsive protein PIL1
D: Sphingolipid long chain base-responsive protein PIL1
J: Sphingolipid long chain base-responsive protein PIL1
E: Sphingolipid long chain base-responsive protein PIL1
K: Sphingolipid long chain base-responsive protein PIL1
F: Sphingolipid long chain base-responsive protein PIL1
L: Sphingolipid long chain base-responsive protein PIL1
G: Sphingolipid long chain base-responsive protein PIL1
M: Sphingolipid long chain base-responsive protein PIL1
H: Sphingolipid long chain base-responsive protein PIL1
N: Sphingolipid long chain base-responsive protein PIL1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)554,47342
ポリマ－537,50314
非ポリマー16,97028
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "F"
d_2ens_1chain "B"
d_3ens_1chain "C"
d_4ens_1chain "D"
d_5ens_1chain "E"
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d_10ens_1chain "J"
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d_12ens_1chain "L"
d_13ens_1chain "M"
d_14ens_1chain "N"

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11METMETTHRTHRFI1 - 2711 - 271
d_12I3PI3PI3PI3PFEA401
d_13P5SP5SP5SP5SFFA402
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d_31METMETTHRTHRCC1 - 2711 - 271
d_32I3PI3PI3PI3PCS401
d_33P5SP5SP5SP5SCT402
d_41METMETTHRTHRDE1 - 2711 - 271
d_42I3PI3PI3PI3PDW401
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d_61METMETTHRTHRAA1 - 2711 - 271
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d_63P5SP5SP5SP5SAP402
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d_72I3PI3PI3PI3PGIA401
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d_81METMETTHRTHRHM1 - 2711 - 271
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d_93P5SP5SP5SP5SIV402
d_101METMETTHRTHRJF1 - 2711 - 271
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d_111METMETTHRTHRKH1 - 2711 - 271
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d_123P5SP5SP5SP5SLHA402
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d_143P5SP5SP5SP5SNPA402

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.981236439297, -0.19280495306, 0.00114029450587), (-0.192806326815, 0.981236035148, -0.00125046703497), (-0.000877801821861, -0.00144685981602, -0.999998568029)577.570511482, 56.5502218713, 488.282624634
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7given(0.449112907937, 0.893473916507, -0.00139873032331), (-0.893474778269, 0.449111109627, -0.00142541483435), (-0.000645385647124, 0.00188990246674, 0.999998005871)-90.6830884745, 383.952009117, 70.1762840213
8given(-0.999990900412, 0.00413683759957, 0.00104195378073), (0.00414314708197, 0.999972641383, 0.00612787221999), (-0.00101657526211, 0.00613213342665, -0.999980681571)530.385942767, -2.46489384227, 530.526871645
9given(-0.618190648428, -0.786019405487, -0.00371704102542), (-0.786027838262, 0.618178955496, 0.00387510756174), (-0.000748113203247, 0.00531725297826, -0.99998558347)639.6971242, 309.72615733, 503.547485154
10given(-0.453140305183, -0.891433233072, -0.0032641682565), (-0.891439099764, 0.45313539673, 0.00215491131586), (-0.000441849383381, 0.00388628438337, -0.999992350752)623.7307701, 382.060451412, 460.422070556
11given(-0.925133138064, -0.379641951053, -0.000816000497841), (-0.379642486772, 0.925127287694, 0.00332923428819), (-0.000509012673356, 0.00338977342259, -0.999994125154)612.825448711, 120.173420561, 444.296235997
12given(-0.868419826123, 0.495823817421, 0.00239743080662), (0.49582932979, 0.868414350031, 0.00312927789819), (-0.000530392802424, 0.0039062434783, -0.999992229942)364.459604334, -97.6713646483, 471.24379505
13given(-0.754688132759, 0.656071480803, 0.00400429143845), (0.656083399684, 0.754679576271, 0.00364826243922), (-0.000628436025177, 0.00538044950833, -0.999985327808)291.29511459, -110.254019251, 514.303408437

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要素

#1: タンパク質
Sphingolipid long chain base-responsive protein PIL1


分子量: 38393.043 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PIL1 / プラスミド: pCoofy6
詳細 (発現宿主): a gift from Sabine Suppmann, Addgene plasmid #43990
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P53252
#2: 化合物
ChemComp-I3P / D-MYO-INOSITOL-1,4,5-TRIPHOSPHATE / イノシト-ル1,4,5-トリスりん酸


分子量: 420.096 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15O15P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-P5S / O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine / phosphatidyl serine / O-(1-O,2-O-ジステアロイル-L-グリセロ-3-ホスホ)セリン


分子量: 792.075 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H82NO10P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: HELICAL ARRAY / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Helical assembly of recombinant Pil1 protein tubulating +PIP2/+sterol lipid mixture (DOPC, DOPE, DOPS, cholesterol, PI(4,5)P2 35:20:20:15:10)
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: TB50
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
プラスミド: pCoofy6
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 20mM HEPES, pH 7.4, 150mM KoAc, 2mM MgAc
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドのタイプ: EMS Lacey Carbon
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 291 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm / Cs: 2.7 mm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.21_5207 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: 133.595 ° / 軸方向距離/サブユニット: 5.408 Å / らせん対称軸の対称性: D1
3次元再構成解像度: 3.61 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 77414 / 対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築空間: REAL
原子モデル構築Accession code: P53252 / Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 97.6 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00231318
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.444842378
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.02994704
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00355474
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.10264431
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2IFELECTRON MICROSCOPYNCS constraints5.98324569112E-13
ens_1d_3IFELECTRON MICROSCOPYNCS constraints4.45772771535E-13
ens_1d_4IFELECTRON MICROSCOPYNCS constraints4.88855808386E-13
ens_1d_5IFELECTRON MICROSCOPYNCS constraints2.88870037815E-11
ens_1d_6IFELECTRON MICROSCOPYNCS constraints2.55351590574E-11
ens_1d_7IFELECTRON MICROSCOPYNCS constraints4.90565968215E-11
ens_1d_8IFELECTRON MICROSCOPYNCS constraints4.99397459462E-13
ens_1d_9IFELECTRON MICROSCOPYNCS constraints4.26791764378E-13
ens_1d_10IFELECTRON MICROSCOPYNCS constraints9.53576043406E-13
ens_1d_11IFELECTRON MICROSCOPYNCS constraints2.17646908084E-10
ens_1d_12IFELECTRON MICROSCOPYNCS constraints5.03549161415E-13
ens_1d_13IFELECTRON MICROSCOPYNCS constraints3.68862495403E-13
ens_1d_14IFELECTRON MICROSCOPYNCS constraints4.16004973109E-12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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