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万見
- PDB-8qb8: Lsp1 in native eisosome lattice bound to plasma membrane microdomain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qb8
タイトルLsp1 in native eisosome lattice bound to plasma membrane microdomain
要素Sphingolipid long chain base-responsive protein LSP1
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / BAR domain / plasma membrane microdomain / membrane curvature / native biochemistry
機能・相同性
機能・相同性情報


eisosome filament / eisosome assembly / eisosome / cell periphery / negative regulation of protein kinase activity / endocytosis / response to heat / mitochondrial outer membrane / lipid binding / mitochondrion ...eisosome filament / eisosome assembly / eisosome / cell periphery / negative regulation of protein kinase activity / endocytosis / response to heat / mitochondrial outer membrane / lipid binding / mitochondrion / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Eisosome component PIL1/LSP1 / Eisosome component PIL1 / AH/BAR domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Sphingolipid long chain base-responsive protein LSP1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Kefauver, J.M. / Zou, L. / Loewith, R.J. / Defosses, A.
資金援助European Union, スイス, 4件
組織認可番号国
H2020 Marie Curie Actions of the European CommissionIF-2020-101026765-MEMTOREuropean Union
European Research Council (ERC)AdG TENDOEuropean Union
Swiss National Science FoundationCRSII5_189996 METEORIC スイス
Swiss National Science Foundation310030_207754 スイス
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: CryoEM architecture of a native stretch-sensitive membrane microdomain
著者: Kefauver, J.M. / Hakala, M. / Zou, L. / Alba, J. / Espadas Moreno, J. / Tettamanti, M.G. / Estrozi, L. / Vanni, S. / Roux, A. / Desfosses, A. / Loewith, R.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2018
タイトル: Real-space refinement in PHENIX for cryo-EM and crystallography.
著者: Pavel V Afonine / Billy K Poon / Randy J Read / Oleg V Sobolev / Thomas C Terwilliger / Alexandre Urzhumtsev / Paul D Adams /
要旨: This article describes the implementation of real-space refinement in the phenix.real_space_refine program from the PHENIX suite. The use of a simplified refinement target function enables very fast ...This article describes the implementation of real-space refinement in the phenix.real_space_refine program from the PHENIX suite. The use of a simplified refinement target function enables very fast calculation, which in turn makes it possible to identify optimal data-restraint weights as part of routine refinements with little runtime cost. Refinement of atomic models against low-resolution data benefits from the inclusion of as much additional information as is available. In addition to standard restraints on covalent geometry, phenix.real_space_refine makes use of extra information such as secondary-structure and rotamer-specific restraints, as well as restraints or constraints on internal molecular symmetry. The re-refinement of 385 cryo-EM-derived models available in the Protein Data Bank at resolutions of 6 Å or better shows significant improvement of the models and of the fit of these models to the target maps.
履歴
登録2023年8月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sphingolipid long chain base-responsive protein LSP1
B: Sphingolipid long chain base-responsive protein LSP1
C: Sphingolipid long chain base-responsive protein LSP1
I: Sphingolipid long chain base-responsive protein LSP1
D: Sphingolipid long chain base-responsive protein LSP1
J: Sphingolipid long chain base-responsive protein LSP1
E: Sphingolipid long chain base-responsive protein LSP1
K: Sphingolipid long chain base-responsive protein LSP1
F: Sphingolipid long chain base-responsive protein LSP1
L: Sphingolipid long chain base-responsive protein LSP1
G: Sphingolipid long chain base-responsive protein LSP1
M: Sphingolipid long chain base-responsive protein LSP1
H: Sphingolipid long chain base-responsive protein LSP1
N: Sphingolipid long chain base-responsive protein LSP1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)533,62514
ポリマ－533,62514
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1chain "B"
d_3ens_1chain "C"
d_4ens_1chain "D"
d_5ens_1chain "E"
d_6ens_1chain "F"
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d_9ens_1chain "I"
d_10ens_1chain "J"
d_11ens_1chain "K"
d_12ens_1chain "L"
d_13ens_1chain "M"
d_14ens_1chain "N"

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: ens_1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: THR / End label comp-ID: THR / Auth seq-ID: 1 - 271 / Label seq-ID: 1 - 271

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
d_1AA
d_2BB
d_3CC
d_4DE
d_5EG
d_6FI
d_7GK
d_8HM
d_9ID
d_10JF
d_11KH
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d_13ML
d_14NN

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.999974342254, -0.00460483161765, 0.00548729079344), (0.00458046042094, -0.999979627311, -0.00444571084608), (0.00550765075244, -0.00442046246086, 0.999975062336)339.859164837, 339.583646577, -0.174344729376
2given(0.975690386589, -0.0100071613698, 0.218924932887), (-0.00935394426676, 0.996144956115, 0.0872223029578), (-0.218953815324, -0.0871497741129, 0.971835450901)-38.3473186847, -58.5730529068, 59.8123279473
3given(0.813141755351, -0.0650726827985, -0.578416832101), (-0.0739827762336, 0.974116916664, -0.213594900429), (0.577344814236, 0.216475815328, 0.787280881803)210.56667255, 48.9651984028, -76.8372056082
4given(0.672268254835, -0.133769068568, -0.728121713613), (-0.131968707736, 0.946131759391, -0.295666964759), (0.728450172434, 0.294856796031, 0.618401015616)272.698971455, 120.214493843, -69.5630687759
5given(0.976252222027, -0.00856689103052, -0.216467566543), (-0.0114090123521, 0.995798015331, -0.0908633429929), (0.216336389505, 0.0911752216382, 0.972052285392)49.2875344599, 63.8499119314, -44.6401596128
6given(0.816764499065, -0.0619077818867, 0.573640287644), (-0.074628570756, 0.974539559902, 0.2114313662), (-0.572124400365, -0.215499588696, 0.791349226182)-125.660431636, -14.7071240523, 191.378245595
7given(0.676376562455, -0.126260487402, 0.725653522752), (-0.133667887532, 0.947797773241, 0.289503500639), (-0.724325646104, -0.292809956047, 0.624191227138)-117.651235346, -56.3177056362, 276.660275366
8given(-0.9746304784, 0.00354678723835, 0.223791981253), (0.0155717749445, -0.996377099156, 0.0836073926278), (0.223277742729, 0.0849711514411, 0.971044259045)290.095825579, 276.207247305, -44.4690674293
9given(-0.816375290223, 0.0623911588933, -0.574141732332), (0.0785726580964, -0.972904479645, -0.217447030069), (-0.572151835541, -0.222630224314, 0.789352937733)465.224891294, 354.359825055, 192.811910658
10given(-0.676650080418, 0.132437163317, -0.724296255991), (0.135987558739, -0.944290399657, -0.299704896497), (-0.723638067364, -0.301290621972, 0.62094436834)456.16576333, 396.408901723, 278.120633136
11given(-0.977351193739, 0.00365032393837, -0.21159234209), (0.0167389768473, -0.995385085005, -0.0944898894252), (-0.210960780123, -0.0958916455413, 0.972779698372)378.514537164, 397.856717024, 59.6514182398
12given(-0.814244013117, 0.0551099550605, 0.577901012248), (0.0813379641599, -0.974833793797, 0.207564953827), (0.574796331486, 0.216013812809, 0.789270048834)131.027883188, 290.509393233, -76.5422833596
13given(-0.6734749561, 0.11974009918, 0.729447593837), (0.140605723612, -0.948027300397, 0.285436977614), (0.725714485175, 0.294799162737, 0.621636501226)69.4111899107, 219.724981442, -69.2233099659

-
要素

#1: タンパク質
Sphingolipid long chain base-responsive protein LSP1


分子量: 38116.039 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: TB50 / 参照: UniProt: Q12230

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: HELICAL ARRAY / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Helical lattice of native Pil1/Lsp1 protein bound to plasma membrane microdomain
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: TB50
緩衝液pH: 7 / 詳細: 50mM PIPES pH 7, 300mM NaCl, 1mM CHAPS, 0.5mM DTT
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: EMS Lacey Carbon
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3.0.8粒子像選択
4Gctf1.06CTF補正
7UCSF Chimera1.16モデルフィッティング
8Coot0.8.9.2モデルフィッティング
10RELION3.0.8初期オイラー角割当
11cryoSPARC4.1.2最終オイラー角割当
13cryoSPARC4.1.2３次元再構成
14PHENIX1.20-4459モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 2423944 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築Accession code: P53252 / Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 92.81 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.002830254
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.631140866
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0314564
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0065348
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d3.91174158
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAELECTRON MICROSCOPYNCS constraints9.02435274813E-11
ens_1d_3AAELECTRON MICROSCOPYNCS constraints4.95790153265E-13
ens_1d_4AAELECTRON MICROSCOPYNCS constraints7.50591463668E-13
ens_1d_5AAELECTRON MICROSCOPYNCS constraints6.46913540982E-13
ens_1d_6AAELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.08584947403E-12
ens_1d_7AAELECTRON MICROSCOPYNCS constraints5.97560670724E-13
ens_1d_8AAELECTRON MICROSCOPYNCS constraints2.30523146903E-10
ens_1d_9AAELECTRON MICROSCOPYNCS constraints2.6783042044E-10
ens_1d_10AAELECTRON MICROSCOPYNCS constraints6.4885652071E-13
ens_1d_11AAELECTRON MICROSCOPYNCS constraints6.66958379974E-13
ens_1d_12AAELECTRON MICROSCOPYNCS constraints5.0169448514E-13
ens_1d_13AAELECTRON MICROSCOPYNCS constraints3.50861427097E-12
ens_1d_14AAELECTRON MICROSCOPYNCS constraints3.93377887767E-13

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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