PDB-8qb6: Dispersin from Terribacillus saccharophilus DispTs2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qb6

タイトル

Dispersin from Terribacillus saccharophilus DispTs2

要素

Dispersin

キーワード

HYDROLASE / biofilm degradation / GH20 / poly-N-acetylglucosamine / enzyme catalysis

機能・相同性

6-ACETAMIDO-6-DEOXY-CASTANOSPERMINE

機能・相同性情報

生物種

Terribacillus saccharophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.51 Å

データ登録者

Males, A. / Moroz, O.V. / Blagova, E. / Munch, A. / Hansen, G.H. / Johansen, A.H. / Ostergaard, L.H. / Segura, D.R. / Eddenden, A. / Due, A.V. ...

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2025
タイトル: Expansion of the diversity of dispersin scaffolds.
著者: Males, A. / Moroz, O.V. / Blagova, E. / Munch, A. / Hansen, G.H. / Johansen, A.H. / Ostergaard, L.H. / Segura, D.R. / Eddenden, A. / Due, A.V. / Gudmand, M. / Salomon, J. / Sorensen, S.R. / ...

履歴

登録	2023年8月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年3月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年3月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8qb6.cif.gz	353.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8qb6.ent.gz	220.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8qb6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qb/8qb6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qb/8qb6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8qakC 8qceC 9htaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Dispersin

ヘテロ分子

38 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.688, 89.688, 97.685
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-677- HOH

#1: タンパク質	Dispersin 分子量: 37562.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Terribacillus saccharophilus (バクテリア) 発現宿主: Bacillus subtilis (枯草菌)
#2: 化合物	ChemComp-GC2 / 6-ACETAMIDO-6-DEOXY-CASTANOSPERMINE / N-[(1S,6S,7R,8R,8AR)-1,7,8-TRIHYDROXYOCTAHYDROINDOLIZIN-6-YL]ACETAMIDE / ACAS 分子量: 230.261 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₈N₂O₄
#3: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 198 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.34 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: MPD screen E7: 0.1 M Citric acid pH 4.0, 20% MPD

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月27日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9795 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.51→30.4 Å / Num. obs: 71635 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.056 / R_pim(I) all: 0.027 / R_rim(I) all: 0.062 / Net I/σ(I): 17.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
8.27-30.4	8.4	0.033	492	0.998	0.017	0.037
1.51-1.54	10	1.764	3522	0.51	0.86	1.966

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
REFMAC	5.8.0419	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.51→30.398 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.977 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.974 / SU B: 4.211 / SU ML: 0.062 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.062 / ESU R Free: 0.057 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1784	3623	5.061 %
R_work	0.1534	67969	-
all	0.155	-	-
obs	-	71592	99.98 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.325 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.493 Å²	-0.747 Å²	0 Å²
2-	-	-1.493 Å²	-0 Å²
3-	-	-	4.844 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.51→30.398 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2621	0	32	198	2851

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	2772
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2457
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.593	1.658	3786
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.562	1.58	5669
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.79	5	336
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	12.817	5	5
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.937	10	445
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.936	10	146
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	416
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	3281
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	643
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.228	0.2	528
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.201	0.2	2334
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.188	0.2	1393
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	1398
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.131	0.2	189
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.122	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.21	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.123	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	7.956	2.714	1326
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	7.947	2.714	1326
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	10.466	4.892	1668
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	10.464	4.892	1669
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	9.471	2.916	1446
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	9.468	2.917	1447
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	12.638	5.268	2118
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	12.635	5.268	2119
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	16	33.472	12634
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	15.999	33.471	12635
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	5.339	3	5229

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.51-1.549	0.257	270	0.268	4967	0.267	5237	0.951	0.944	100	0.259
1.549-1.591	0.296	287	0.25	4790	0.252	5077	0.928	0.954	100	0.235
1.591-1.638	0.257	210	0.223	4778	0.225	4988	0.958	0.966	100	0.204
1.638-1.688	0.229	277	0.194	4537	0.196	4814	0.969	0.976	100	0.171
1.688-1.743	0.201	229	0.187	4453	0.188	4683	0.974	0.978	99.9786	0.162
1.743-1.804	0.169	228	0.151	4266	0.152	4494	0.98	0.987	100	0.128
1.804-1.872	0.206	233	0.15	4187	0.153	4420	0.978	0.988	100	0.127
1.872-1.948	0.193	201	0.151	3994	0.153	4195	0.975	0.988	100	0.129
1.948-2.034	0.178	233	0.149	3808	0.15	4041	0.979	0.989	100	0.131
2.034-2.133	0.174	178	0.148	3701	0.149	3879	0.977	0.989	100	0.131
2.133-2.248	0.179	173	0.129	3518	0.131	3691	0.978	0.991	100	0.117
2.248-2.383	0.177	172	0.125	3322	0.127	3494	0.984	0.992	100	0.116
2.383-2.547	0.165	155	0.125	3151	0.127	3306	0.985	0.991	100	0.119
2.547-2.749	0.177	135	0.14	2924	0.142	3059	0.979	0.988	100	0.137
2.749-3.009	0.164	133	0.148	2732	0.149	2865	0.984	0.986	100	0.149
3.009-3.36	0.21	124	0.158	2445	0.16	2569	0.973	0.985	100	0.165
3.36-3.872	0.167	114	0.158	2192	0.159	2306	0.985	0.986	100	0.172
3.872-4.723	0.154	116	0.133	1859	0.134	1975	0.987	0.99	100	0.154
4.723-6.6	0.162	102	0.164	1457	0.164	1559	0.985	0.988	100	0.19
6.6-30.398	0.164	53	0.178	888	0.177	942	0.985	0.982	99.8938	0.203

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関連情報:EMDBヘッダ

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