PDB-8qay: Medicago truncatula HISN5 (IGPD) in complex with MN, FMT, ACT, CI...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8qay

タイトル

Medicago truncatula HISN5 (IGPD) in complex with MN, FMT, ACT, CIT, EDO, SO4

要素

Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase

キーワード

LYASE / HISN5 / IGPD / histidine biosynthesis / Medicago truncatula

機能・相同性

機能・相同性情報

imidazoleglycerol-phosphate dehydratase / imidazoleglycerol-phosphate dehydratase activity / L-histidine biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Medicago truncatula (タルウマゴヤシ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Witek, W. / Ruszkowski, M.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: Front Plant Sci / 年: 2024
タイトル: Targeting imidazole-glycerol phosphate dehydratase in plants: novel approach for structural and functional studies, and inhibitor blueprinting.
著者: Wojciech Witek / Joanna Sliwiak / Michal Rawski / Milosz Ruszkowski /

要旨: The histidine biosynthetic pathway (HBP) is targeted for herbicide design with preliminary success only regarding imidazole-glycerol phosphate dehydratase (IGPD, EC 4.2.1.19), or HISN5, as referred ...

履歴

登録	2023年8月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年4月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8qay.cif.gz	607.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8qay.ent.gz	495.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8qay.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8qay_validation.pdf.gz	551.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8qay_full_validation.pdf.gz	558.5 KB	表示
XML形式データ	8qay_validation.xml.gz	61 KB	表示
CIF形式データ	8qay_validation.cif.gz	85.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qa/8qay ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qa/8qay	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	18305C 8qavC 8qawC 8qaxC 7oj5 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.18150/FN6VJX / データの種類: diffraction image data

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase

B: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase

C: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase

D: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase

E: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase

F: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase

G: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase

H: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase

ヘテロ分子

184 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase

B: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase

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D: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase

E: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase

F: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase

G: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase

H: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase

ヘテロ分子

A: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase

B: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase

C: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase

D: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase

E: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase

F: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase

G: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase

H: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase

ヘテロ分子

A: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase

B: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase

C: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase

D: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase

E: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase

F: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase

G: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase

H: Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法
552 kDa, 24 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	137.600, 137.600, 265.650
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3
Space group name Hall	R3
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z #3: -x+y,-x,z #4: x+1/3,y+2/3,z+2/3 #5: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3 #6: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3 #7: x+2/3,y+1/3,z+1/3 #8: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3 #9: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 77 through 81 or resid 83...
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 77 through 81 or resid 83...
d_3	ens_1	(chain "C" and (resid 77 through 81 or resid 83...
d_4	ens_1	(chain "D" and (resid 77 through 81 or resid 83...
d_5	ens_1	(chain "E" and (resid 77 through 81 or resid 83...
d_6	ens_1	(chain "F" and (resid 77 through 81 or resid 83...
d_7	ens_1	(chain "G" and (resid 77 through 81 or resid 83...
d_8	ens_1	(chain "H" and (resid 77 through 81 or resid 83...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
d_1	1	GLY	GLY	GLY	GLY	A	A	77 - 81	8 - 12
d_1	2	MET	MET	MET	MET	A	A	83	14
d_1	3	VAL	VAL	THR	THR	A	A	86 - 87	17 - 18
d_1	4	GLU	GLU	VAL	VAL	A	A	89 - 128	20 - 59
d_1	5	VAL	VAL	VAL	VAL	A	A	130	61
d_1	6	ALA	ALA	ARG	ARG	A	A	132 - 261	63 - 192
d_2	1	GLY	GLY	GLY	GLY	B	B	77 - 81	8 - 12
d_2	2	MET	MET	MET	MET	B	B	83	14
d_2	3	VAL	VAL	THR	THR	B	B	86 - 87	17 - 18
d_2	4	GLU	GLU	VAL	VAL	B	B	89 - 128	20 - 59
d_2	5	VAL	VAL	VAL	VAL	B	B	130	61
d_2	6	ALA	ALA	ARG	ARG	B	B	132 - 261	63 - 192
d_3	1	GLY	GLY	GLY	GLY	C	C	77 - 81	8 - 12
d_3	2	MET	MET	MET	MET	C	C	83	14
d_3	3	VAL	VAL	THR	THR	C	C	86 - 87	17 - 18
d_3	4	GLU	GLU	VAL	VAL	C	C	89 - 128	20 - 59
d_3	5	VAL	VAL	VAL	VAL	C	C	130	61
d_3	6	ALA	ALA	ARG	ARG	C	C	132 - 261	63 - 192
d_4	1	GLY	GLY	GLY	GLY	D	D	77 - 81	8 - 12
d_4	2	MET	MET	MET	MET	D	D	83	14
d_4	3	VAL	VAL	THR	THR	D	D	86 - 87	17 - 18
d_4	4	GLU	GLU	VAL	VAL	D	D	89 - 128	20 - 59
d_4	5	VAL	VAL	VAL	VAL	D	D	130	61
d_4	6	ALA	ALA	ARG	ARG	D	D	132 - 261	63 - 192
d_5	1	GLY	GLY	GLY	GLY	E	E	77 - 81	8 - 12
d_5	2	MET	MET	MET	MET	E	E	83	14
d_5	3	VAL	VAL	THR	THR	E	E	86 - 87	17 - 18
d_5	4	GLU	GLU	VAL	VAL	E	E	89 - 128	20 - 59
d_5	5	VAL	VAL	VAL	VAL	E	E	130	61
d_5	6	ALA	ALA	ARG	ARG	E	E	132 - 261	63 - 192
d_6	1	GLY	GLY	GLY	GLY	F	F	77 - 81	8 - 12
d_6	2	MET	MET	MET	MET	F	F	83	14
d_6	3	VAL	VAL	THR	THR	F	F	86 - 87	17 - 18
d_6	4	GLU	GLU	VAL	VAL	F	F	89 - 128	20 - 59
d_6	5	VAL	VAL	VAL	VAL	F	F	130	61
d_6	6	ALA	ALA	ARG	ARG	F	F	132 - 261	63 - 192
d_7	1	GLY	GLY	GLY	GLY	G	G	77 - 81	8 - 12
d_7	2	MET	MET	MET	MET	G	G	83	14
d_7	3	VAL	VAL	THR	THR	G	G	86 - 87	17 - 18
d_7	4	GLU	GLU	VAL	VAL	G	G	89 - 128	20 - 59
d_7	5	VAL	VAL	VAL	VAL	G	G	130	61
d_7	6	ALA	ALA	ARG	ARG	G	G	132 - 261	63 - 192
d_8	1	GLY	GLY	GLY	GLY	H	H	77 - 81	8 - 12
d_8	2	MET	MET	MET	MET	H	H	83	14
d_8	3	VAL	VAL	THR	THR	H	H	86 - 87	17 - 18
d_8	4	GLU	GLU	VAL	VAL	H	H	89 - 128	20 - 59
d_8	5	VAL	VAL	VAL	VAL	H	H	130	61
d_8	6	ALA	ALA	ARG	ARG	H	H	132 - 261	63 - 192

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.361275852986, -0.11318597036, 0.925563987071), (-0.102414097716, -0.981783942669, -0.160036378699), (0.926817733235, -0.152608079838, 0.343102992307)	-122.248643153, 21.2438641955, 86.857983177
2	given	(-0.33992480516, -0.729077545235, 0.594051394974), (-0.162867487122, 0.667758089323, 0.726342423229), (-0.926242575396, 0.150150148775, -0.345730566116)	-78.4406318513, -96.0329909253, 179.04674594
3	given	(0.754241622972, 0.656516185662, 0.0102991330062), (0.656533455879, -0.754294045895, 0.00207693029354), (0.00913211305866, 0.00519521810973, -0.999944805587)	-1.65072895014, -0.291694464254, 265.094528096
4	given	(0.265770596287, -0.257115738021, 0.929116509062), (0.905181170828, 0.398148654411, -0.148743729177), (-0.33168213417, 0.880550479105, 0.338552530074)	-122.906315104, 19.5715402966, 87.6869658902
5	given	(-0.468986803975, 0.649353006638, 0.598658542466), (0.647225919381, -0.208529206247, 0.733221780517), (0.600957558384, 0.731338664992, -0.32248065075)	-79.1114450715, -97.1251030672, 175.059815842
6	given	(0.792655565394, 0.068856175483, 0.605768917779), (-0.510099719483, -0.469282673001, 0.72081346339), (0.333909315282, -0.880359358398, -0.336856006699)	-80.2846417432, -95.1877974851, 177.418642311
7	given	(0.0725024060708, 0.352473292796, 0.933009099087), (-0.795796063102, 0.584341632132, -0.158913444707), (-0.60120880488, -0.730963360794, 0.322863033053)	-123.463362653, 21.128784375, 90.3134310844

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質	Imidazoleglycerol-phosphate dehydratase 分子量: 22571.293 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Medicago truncatula (タルウマゴヤシ) 詳細 (発現宿主): His-tag deleted / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: I3SDM5, imidazoleglycerol-phosphate dehydratase

-
非ポリマー , 8種, 835分子

#2: 化合物	... ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: CH₂O₂
#3: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#4: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#7: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 777 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.99 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M carboxylic acids (0.2 M sodium formate, 0.2 M ammonium acetate, 0.2M sodium citrate tribasic dihydrate, 0.2 M potassium sodium tartrate tetrahydrate, 0.2 M sodium oxamate); 1.0 M sodium ...詳細: 0.1 M carboxylic acids (0.2 M sodium formate, 0.2 M ammonium acetate, 0.2M sodium citrate tribasic dihydrate, 0.2 M potassium sodium tartrate tetrahydrate, 0.2 M sodium oxamate); 1.0 M sodium HEPES, MOPS (acid), 40% glycerol, 20% w/v PEG 4000

結晶

マシュー密度: 3 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.99 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M carboxylic acids (0.2 M sodium formate, 0.2 M ammonium acetate, 0.2M sodium citrate tribasic dihydrate, 0.2 M potassium sodium tartrate tetrahydrate, 0.2 M sodium oxamate); 1.0 M sodium ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU PhotonJet-R / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→80 Å / Num. obs: 93797 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 2.99 % / CC_1/2: 0.986 / R_merge(I) obs: 0.192 / R_rim(I) all: 0.234 / Net I/σ(I): 5.72
反射シェル	解像度: 2.2→2.26 Å / R_merge(I) obs: 1.11 / Mean I/σ(I) obs: 1.22 / Num. unique obs: 6685 / CC_1/2: 0.47 / R_rim(I) all: 1.347 / % possible all: 95

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
PHASER	1.20.1_4487	位相決定
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
Coot	0.9.8.8	モデル構築
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→36.4 Å / SU ML: 0.2736 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 27.0811
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2314	937	1 %
R_work	0.189	92767	-
obs	0.1895	93704	98.7 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→36.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11480	0	176	777	12433

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0074	11886
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9294	16033
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0573	1808
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	2112
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.2601	4252

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Asym-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.292713270751
ens_1	d_3	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.338834334051
ens_1	d_4	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.380805885625
ens_1	d_5	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.351737824024
ens_1	d_6	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.310122374898
ens_1	d_7	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.287563307
ens_1	d_8	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.384832275908

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.32	0.3402	131	0.2893	13007	X-RAY DIFFRACTION	97.07
2.32-2.46	0.3103	136	0.2595	13404	X-RAY DIFFRACTION	99.66
2.46-2.65	0.3302	135	0.2375	13416	X-RAY DIFFRACTION	99.74
2.65-2.92	0.2665	135	0.216	13360	X-RAY DIFFRACTION	99.73
2.92-3.34	0.2574	135	0.1872	13370	X-RAY DIFFRACTION	99.59
3.34-4.21	0.1707	134	0.1499	13238	X-RAY DIFFRACTION	98.56
4.21-36.16	0.1859	131	0.1622	12972	X-RAY DIFFRACTION	96.54

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
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15	15	chain 'D' and (resid 141 through 175 )	D	F	141 - 175	65 - 99
16	16	chain 'D' and (resid 176 through 261 )	D	F	176 - 261	100 - 185
17	17	chain 'E' and (resid 77 through 86 )	E	I	77 - 86	1 - 10
18	18	chain 'E' and (resid 87 through 97 )	E	I	87 - 97	11 - 21
19	19	chain 'E' and (resid 98 through 159 )	E	I	98 - 159	22 - 83
20	20	chain 'E' and (resid 160 through 175 )	E	I	160 - 175	84 - 99
21	21	chain 'E' and (resid 176 through 235 )	E	I	176 - 235	100 - 159
22	22	chain 'E' and (resid 236 through 261 )	E	I	236 - 261	160 - 185
23	23	chain 'F' and (resid 77 through 86 )	F	L	77 - 86	1 - 10
24	24	chain 'F' and (resid 87 through 97 )	F	L	87 - 97	11 - 21
25	25	chain 'F' and (resid 98 through 140 )	F	L	98 - 140	22 - 64
26	26	chain 'F' and (resid 141 through 159 )	F	L	141 - 159	65 - 83
27	27	chain 'F' and (resid 160 through 175 )	F	L	160 - 175	84 - 99
28	28	chain 'F' and (resid 176 through 235 )	F	L	176 - 235	100 - 159
29	29	chain 'F' and (resid 236 through 261 )	F	L	236 - 261	160 - 185
30	30	chain 'G' and (resid 77 through 86 )	G	P	77 - 86	1 - 10
31	31	chain 'G' and (resid 87 through 97 )	G	P	87 - 97	11 - 21
32	32	chain 'G' and (resid 98 through 175 )	G	P	98 - 175	22 - 99
33	33	chain 'G' and (resid 176 through 261 )	G	P	176 - 261	100 - 185
34	34	chain 'H' and (resid 77 through 86 )	H	S	77 - 86	1 - 10
35	35	chain 'H' and (resid 87 through 97 )	H	S	87 - 97	11 - 21
36	36	chain 'H' and (resid 98 through 159 )	H	S	98 - 159	22 - 83
37	37	chain 'H' and (resid 160 through 175 )	H	S	160 - 175	84 - 99
38	38	chain 'H' and (resid 176 through 235 )	H	S	176 - 235	100 - 159
39	39	chain 'H' and (resid 236 through 261 )	H	S	236 - 261	160 - 185

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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