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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8qai | ||||||
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タイトル | X-ray crystal structure of a de novo designed single-chain parallel coiled-coil alpha-helical barrel with 7 inner helices, sc-CC-7-LI | ||||||
![]() | sc-CC-7-LI | ||||||
![]() | DE NOVO PROTEIN / coiled coil / alpha-helical barrel / de novo protein design | ||||||
機能・相同性 | DI(HYDROXYETHYL)ETHER![]() | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Petrenas, R. / Albanese, K.I. / Woolfson, D.N. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Rationally seeded computational protein design of ɑ-helical barrels. 著者: Albanese, K.I. / Petrenas, R. / Pirro, F. / Naudin, E.A. / Borucu, U. / Dawson, W.M. / Scott, D.A. / Leggett, G.J. / Weiner, O.D. / Oliver, T.A.A. / Woolfson, D.N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 249.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 199.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 437.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 439.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 31.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39430.688 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-PEG / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.12 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: JCSG-plus C2: 1.0 M Lithium chloride, 0.1 M citrate, pH 4.0, 20 % w/v PEG 6000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.92124 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→30.63 Å / Num. obs: 23776 / % possible obs: 98.44 % / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 39.62 Å2 / CC1/2: 0.991 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.08575 / Rpim(I) all: 0.06252 / Rrim(I) all: 0.1068 / Net I/σ(I): 9.11 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.589 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.2149 / Mean I/σ(I) obs: 1.79 / Num. unique obs: 2330 / CC1/2: 0.923 / CC star: 0.98 / Rpim(I) all: 0.1616 / Rrim(I) all: 0.2704 / % possible all: 97.24 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→30.63 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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