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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8qag | ||||||
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タイトル | X-ray crystal structure of a de novo designed single-chain parallel coiled-coil alpha-helical barrel with 6 inner helices, sc-CC-6-95 | ||||||
![]() | sc-CC-6-95 | ||||||
![]() | DE NOVO PROTEIN / coiled coil / alpha-helical barrel / de novo protein design | ||||||
機能・相同性 | DI(HYDROXYETHYL)ETHER![]() | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Petrenas, R. / Albanese, K.I. / Woolfson, D.N. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Rationally seeded computational protein design of ɑ-helical barrels. 著者: Albanese, K.I. / Petrenas, R. / Pirro, F. / Naudin, E.A. / Borucu, U. / Dawson, W.M. / Scott, D.A. / Leggett, G.J. / Weiner, O.D. / Oliver, T.A.A. / Woolfson, D.N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 207.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 166.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 449.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 454.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 27.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33562.605 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-PG4 / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.17 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 75% JCSG A6: 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M phosphate-citrate pH 4.2, 20% PEG 1000. 25% Structure Screen 1 & 2 A11: 0.2 M calcium chloride dihydrate, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6, 20% w/v 2-propanol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9999 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→57.98 Å / Num. obs: 15396 / % possible obs: 99.83 % / 冗長度: 49.9 % / Biso Wilson estimate: 69.96 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1387 / Rpim(I) all: 0.02015 / Rrim(I) all: 0.1402 / Net I/σ(I): 15.29 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 50.6 % / Rmerge(I) obs: 0.6924 / Mean I/σ(I) obs: 1.87 / Num. unique obs: 1488 / CC1/2: 0.972 / CC star: 0.993 / Rpim(I) all: 0.0976 / Rrim(I) all: 0.6993 / % possible all: 99.07 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: Waters and rotamer outliers were fixed with COOT(0.8.9.2).
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 74.95 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→57.98 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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