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- PDB-8qac: X-ray crystal structure of a de novo designed antiparallel coiled... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qac
タイトルX-ray crystal structure of a de novo designed antiparallel coiled-coil 8-helix bundle with 4 heptad repeats, antiparallel 8-helix bundle-GLIA
要素antiparallel 8-helix bundle-GLIA
キーワードDE NOVO PROTEIN / COILED COIL / 8-HELIX BUNDLE / DE NOVO PROTEIN DESIGN / PEPTIDE ASSEMBLY
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Albanese, K.I. / Dawson, W.M. / Petrenas, R. / Woolfson, D.N.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Max Planck Bristol Centre for Minimal Biology - University of Bristol 英国
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2024
タイトル: Rationally seeded computational protein design of ɑ-helical barrels.
著者: Albanese, K.I. / Petrenas, R. / Pirro, F. / Naudin, E.A. / Borucu, U. / Dawson, W.M. / Scott, D.A. / Leggett, G.J. / Weiner, O.D. / Oliver, T.A.A. / Woolfson, D.N.
履歴
登録2023年8月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年8月7日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_entry_details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: antiparallel 8-helix bundle-GLIA
C: antiparallel 8-helix bundle-GLIA
D: antiparallel 8-helix bundle-GLIA
E: antiparallel 8-helix bundle-GLIA
F: antiparallel 8-helix bundle-GLIA
G: antiparallel 8-helix bundle-GLIA
H: antiparallel 8-helix bundle-GLIA
I: antiparallel 8-helix bundle-GLIA
J: antiparallel 8-helix bundle-GLIA
K: antiparallel 8-helix bundle-GLIA
L: antiparallel 8-helix bundle-GLIA
N: antiparallel 8-helix bundle-GLIA
O: antiparallel 8-helix bundle-GLIA
P: antiparallel 8-helix bundle-GLIA
R: antiparallel 8-helix bundle-GLIA
M: antiparallel 8-helix bundle-GLIA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,77316
ポリマ－51,77316
非ポリマー00
水36020
1
B: antiparallel 8-helix bundle-GLIA
E: antiparallel 8-helix bundle-GLIA
F: antiparallel 8-helix bundle-GLIA
G: antiparallel 8-helix bundle-GLIA
H: antiparallel 8-helix bundle-GLIA
I: antiparallel 8-helix bundle-GLIA
N: antiparallel 8-helix bundle-GLIA
R: antiparallel 8-helix bundle-GLIA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8878
ポリマ－25,8878
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11720 Å2
ΔGint-152 kcal/mol
Surface area9320 Å2
手法PISA
2
C: antiparallel 8-helix bundle-GLIA
D: antiparallel 8-helix bundle-GLIA
O: antiparallel 8-helix bundle-GLIA
M: antiparallel 8-helix bundle-GLIA

J: antiparallel 8-helix bundle-GLIA
K: antiparallel 8-helix bundle-GLIA
L: antiparallel 8-helix bundle-GLIA
P: antiparallel 8-helix bundle-GLIA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8878
ポリマ－25,8878
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_454-x-1,y+1/2,-z-11
Buried area11200 Å2
ΔGint-146 kcal/mol
Surface area9020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.271, 45.873, 72.880
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.943, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
antiparallel 8-helix bundle-GLIA


分子量: 3235.819 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 10% w/v PEG 20000, 20% v/v PEG MME 550, 0.02 M of each alcohol, 0.1 M bicine/Trizma base pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE CdTe 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→35.68 Å / Num. obs: 20647 / % possible obs: 99.51 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 44.65 Å2 / CC1/2: 0.99 / CC star: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.08693 / Rpim(I) all: 0.03623 / Rrim(I) all: 0.09436 / Net I/σ(I): 14.52
反射 シェル解像度: 2.3→2.382 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.6312 / Mean I/σ(I) obs: 2.45 / Num. unique obs: 2038 / CC1/2: 0.903 / CC star: 0.974 / Rpim(I) all: 0.2564 / Rrim(I) all: 0.6822 / % possible all: 99.46

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
Arcimboldo位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 2.3→35.68 Å / SU ML: 0.2706 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.1481
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2828 1033 5.02 %
Rwork0.2267 19525 -
obs0.2292 20558 99.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 54.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→35.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2947 0 0 20 2967
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00142964
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.28313990
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0288497
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0008488
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.4487439
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.420.28791620.24192752X-RAY DIFFRACTION99.59
2.42-2.570.2731360.22582761X-RAY DIFFRACTION99.76
2.57-2.770.28351470.23752773X-RAY DIFFRACTION99.62
2.77-3.050.27491860.21572745X-RAY DIFFRACTION99.39
3.05-3.490.29091450.22632769X-RAY DIFFRACTION99.66
3.49-4.40.23891180.20122838X-RAY DIFFRACTION99.93
4.4-35.680.31251390.24692887X-RAY DIFFRACTION99.05
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.564868391853.07164202792-5.495531787524.98471701656-4.217205053987.7815305710.196888772440.0582009295653-0.3733872201680.853127649131-0.118502655636-0.175280863746-0.5888649019760.00677870686204-0.1994859648090.5741012109220.00531989694712-0.08269645396740.4712759831040.01063645190840.386867006543-51.9358134404-7.3982231647-43.4404511186
28.7427781021-3.76259052625-6.244324352925.752193791043.77505295476.05191244228-0.8541607372210.137761170468-1.627712269570.5028875360170.1616312120950.9954049946260.170558249259-0.07679079680310.5672264550450.4197634243930.0437936426602-0.05253706017720.438166801844-0.0349510751030.397060039894-41.5266950373-10.7224591547-27.0957260126
38.02273634664-1.07517365281-8.034840310051.703673752061.610348405088.955554603610.64747233956-0.6651958274070.1422819495610.0778449529286-0.225538916512-0.0993901643702-0.8006707703560.410401593629-0.4285952700340.668966750040.0720664533565-0.118735586960.379084606353-0.05843415679280.519970944168-34.3444531028-6.09833512374-26.5996694648
46.293576449763.48913735572-6.852943523423.6082475005-3.063736117757.781529686830.3787217356920.2928764911380.2795050187740.43244873888-0.0884612511910.326074976728-0.235880033995-0.124844800859-0.1328969539080.515152976520.0247174503092-0.1080933042680.3825070612010.03650304132650.307205036209-49.7222183087-12.5632693195-50.2628518395
54.0118115935-3.06239946502-2.769973331927.005923205734.149932924625.92105387139-0.118908291883-0.0046574580207-1.0126991109-0.504506465186-0.4211877357060.807851913239-0.322004534152-0.7611563686180.06800514821680.3941123727960.039464438738-0.02240004575230.5443881876750.003166914039530.312746656345-65.4729221299-11.5746082595-61.0380365087
64.38392930286-1.94137038477-3.647605338832.468719010930.02027724389318.2270542848-0.484608811930.043536816042-0.6700672539850.1397411816330.125844842717-0.06554174534630.359621451426-0.08700752649080.3652316507930.449560278892-0.051179618029-0.07931705002560.210161946580.03403904130360.329014340862-58.4500676544-16.2385810043-53.1482424889
75.10067124665-1.457311604760.6114262282823.755174201040.01353440572783.707880733930.361174219792-0.386487977672-0.0262029965838-0.0402349702613-0.222255553452-0.1876235896670.2712316368930.174775350912-0.1302235447460.390586752538-0.09942774323330.06564268256830.278084388711-0.01851415108730.295085330723-61.041084684-20.9646314561-61.7603749682
88.784480874691.17494588119-5.478157270922.38596144379-1.208125845256.581366789930.006733376396390.3249972945380.3668133494210.595317774661-0.154133133064-0.06569702248-0.567862989788-0.6508120990820.001568877997480.6751538254340.0836272861298-0.1266514423490.38702131952-0.06064645471730.436678611402-58.4220322306-2.80000286874-51.2821147567
99.944240536070.767807848898-5.940836930041.86385417128-0.4230429639357.948149792670.17122176466-0.1653571355671.0815019446-0.600275375550.2500507830140.32343785149-0.3687595196180.420602166496-0.05896215272880.594304118446-0.0543955941241-0.196637712430.4538076133110.07154533843430.370802353262-20.0522740128-25.8737264888-52.531080684
107.85856633847-0.759865587419-2.435697233544.270922951531.325701900781.03058349045-0.5292075915550.3676052934210.553111132024-0.4747886568730.623853382068-0.558340603904-0.01675658824490.2096748937450.05373327194130.6824555932440.00424016142501-0.2450171251160.511359216583-0.1220799095030.595555545896-27.6187541637-35.6804719469-55.9271454339
111.73127529467-1.10948576985-2.90543242622.26328522842.198666974324.92398048340.593138717436-0.2296419716230.837950299671-0.5915725442990.159910326807-0.487587983443-0.1377309540830.71718874401-0.5907982798250.776680906810.0996416240571-0.1665491465530.642106881266-0.0258355215340.53425805313-24.7219958282-29.9776286389-61.5651453559
126.432859173291.92274032752-2.721789909912.76716053031-0.2526223221922.61360425019-0.2209278605550.0587908403174-0.06920115864950.18381565352-0.1145393773020.216091302184-0.345201339744-0.3452602997920.4171190312670.4727117550370.00872375201982-0.05918754571610.283726960782-0.009758283167840.46978941419-49.65412384531.91410480726-48.3881004024
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11(chain 'B' and resid 1 through 30)BA1 - 301 - 30
22(chain 'C' and resid 1 through 30)CB1 - 301 - 30
33(chain 'D' and resid 2 through 29)DC2 - 291 - 28
44(chain 'E' and resid 1 through 30)ED1 - 301 - 30
55(chain 'F' and resid 1 through 29)FE1 - 291 - 29
66(chain 'G' and resid 1 through 29)GF1 - 291 - 29
77(chain 'H' and resid 3 through 29)HG3 - 291 - 27
88(chain 'I' and resid 2 through 29)IH2 - 291 - 28
99(chain 'J' and resid 2 through 28)JI2 - 281 - 27
1010(chain 'K' and resid 2 through 29)KJ2 - 291 - 28
1111(chain 'L' and resid 1 through 29)LK1 - 291 - 29
1212(chain 'N' and resid 2 through 29)NL2 - 291 - 28
1313(chain 'O' and resid 2 through 29)OM2 - 291 - 28
1414(chain 'P' and resid 2 through 29)PN2 - 291 - 28
1515(chain 'R' and resid 2 through 30)RO2 - 301 - 29
1616(chain 'M' and resid 2 through 29)MP2 - 291 - 28

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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