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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8q91 | ||||||
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タイトル | Structure of the human 20S U5 snRNP core | ||||||
要素 |
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キーワード | SPLICING / snRNP / CD2BP2 / spliceosome / U5 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA localization / R-loop processing / U2 snRNP binding / U7 snRNA binding / histone pre-mRNA DCP binding / U7 snRNP / histone pre-mRNA 3'end processing complex / cis assembly of pre-catalytic spliceosome / SLBP independent Processing of Histone Pre-mRNAs / SLBP Dependent Processing of Replication-Dependent Histone Pre-mRNAs ...RNA localization / R-loop processing / U2 snRNP binding / U7 snRNA binding / histone pre-mRNA DCP binding / U7 snRNP / histone pre-mRNA 3'end processing complex / cis assembly of pre-catalytic spliceosome / SLBP independent Processing of Histone Pre-mRNAs / SLBP Dependent Processing of Replication-Dependent Histone Pre-mRNAs / protein methylation / spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / U12-type spliceosomal complex / methylosome / 7-methylguanosine cap hypermethylation / U1 snRNP binding / pICln-Sm protein complex / snRNP binding / U2-type catalytic step 1 spliceosome / RNA splicing, via transesterification reactions / small nuclear ribonucleoprotein complex / SMN-Sm protein complex / telomerase RNA binding / spliceosomal tri-snRNP complex / telomerase holoenzyme complex / P granule / U2-type spliceosomal complex / U2-type precatalytic spliceosome / commitment complex / U2-type prespliceosome assembly / U2-type catalytic step 2 spliceosome / U4 snRNP / U2 snRNP / RNA Polymerase II Transcription Termination / U1 snRNP / U2-type prespliceosome / precatalytic spliceosome / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / mRNA Splicing - Minor Pathway / spliceosomal complex assembly / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / U5 snRNA binding / U5 snRNP / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / ribonucleoprotein complex binding / spliceosomal snRNP assembly / Cajal body / pre-mRNA intronic binding / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / response to cocaine / helicase activity / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / fibrillar center / mRNA processing / osteoblast differentiation / cellular response to xenobiotic stimulus / cellular response to tumor necrosis factor / snRNP Assembly / protein-macromolecule adaptor activity / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / cellular response to lipopolysaccharide / RNA helicase activity / nuclear body / RNA helicase / nuclear speck / intracellular membrane-bounded organelle / GTPase activity / mRNA binding / chromatin / GTP binding / nucleolus / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||
データ登録者 | Schneider, S. / Galej, W.P. | ||||||
資金援助 | European Union, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024 タイトル: Structure of the human 20S U5 snRNP. 著者: Sarah Schneider / Irina Brandina / Daniel Peter / Sonal Lagad / Angelique Fraudeau / Júlia Portell-Montserrat / Jonas Tholen / Jiangfeng Zhao / Wojciech P Galej / 要旨: The 20S U5 small nuclear ribonucleoprotein particle (snRNP) is a 17-subunit RNA-protein complex and a precursor of the U4/U6.U5 tri-snRNP, the major building block of the precatalytic spliceosome. ...The 20S U5 small nuclear ribonucleoprotein particle (snRNP) is a 17-subunit RNA-protein complex and a precursor of the U4/U6.U5 tri-snRNP, the major building block of the precatalytic spliceosome. CD2BP2 is a hallmark protein of the 20S U5 snRNP, absent from the mature tri-snRNP. Here we report a high-resolution cryogenic electron microscopy structure of the 20S U5 snRNP, shedding light on the mutually exclusive interfaces utilized during tri-snRNP assembly and the role of the CD2BP2 in facilitating this process. | ||||||
履歴 |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
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PDBx/mmCIF形式 | 8q91.cif.gz | 802.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8q91.ent.gz | 568.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8q91.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8q91_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8q91_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8q91_validation.xml.gz | 105.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8q91_validation.cif.gz | 164.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q9/8q91 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q9/8q91 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 18267MC 8rc0C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 7種, 7分子 FAEDCBh
#1: タンパク質 | 分子量: 37687.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD2BP2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O95400 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 273974.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRPF8, PRPC8 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6P2Q9 |
#4: タンパク質 | 分子量: 107092.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRPF6 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O94906 |
#5: タンパク質 | 分子量: 95785.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDX23 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BUQ8 |
#6: タンパク質 | 分子量: 109560.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EFTUD2, KIAA0031, SNRP116 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15029 |
#7: タンパク質 | 分子量: 244823.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNRNP200, ASCC3L1, HELIC2, KIAA0788 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75643, RNA helicase |
#13: タンパク質 | 分子量: 24642.131 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNRPB, COD, SNRPB1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P14678 |
-Small nuclear ribonucleoprotein ... , 6種, 6分子 mnijkl
#8: タンパク質 | 分子量: 9734.171 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNRPF, PBSCF / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62306 |
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#9: タンパク質 | 分子量: 8508.084 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNRPG, PBSCG / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62308 |
#10: タンパク質 | 分子量: 13310.653 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNRPD1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62314 |
#11: タンパク質 | 分子量: 13551.928 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNRPD2, SNRPD1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62316 |
#12: タンパク質 | 分子量: 13940.308 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNRPD3 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62318 |
#14: タンパク質 | 分子量: 10817.601 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNRPE / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62304 |
-RNA鎖 / 非ポリマー , 2種, 2分子 5
#15: 化合物 | ChemComp-GTP / |
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#3: RNA鎖 | 分子量: 37254.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 20330981 |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: 20S U5 snRNP complex purified from HEK293F cell line タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#14 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 1 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS / 詳細: objective aperture 70um |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 5.2 sec. / 電子線照射量: 40.5 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8506 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 40 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 503581 | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 76918 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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