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- PDB-8q8o: PA14_16140 protein: the regulator of an operon involved in the bi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8q8o
タイトルPA14_16140 protein: the regulator of an operon involved in the biofilm formation in PA14 P. aeruginosa
要素DUF2170 family protein
キーワードCHAPERONE / regulator / biofilm / pseudomonas
機能・相同性Protein of unknown function DUF2170 / Uncharacterized protein conserved in bacteria (DUF2170) / Tb-Xo4 / DUF2170 family protein
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Broutin, I. / Phan, G. / Girard, E.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Not funded フランス
引用ジャーナル: Front Microbiol / 年: 2024
タイトル: BacA: a possible regulator that contributes to the biofilm formation of Pseudomonas aeruginosa .
著者: Wallart, L. / Ben Mlouka, M.A. / Saffiedine, B. / Coquet, L. / Le, H. / Hardouin, J. / Jouenne, T. / Phan, G. / Kiefer-Meyer, M.C. / Girard, E. / Broutin, I. / Cosette, P.
履歴
登録2023年8月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: DUF2170 family protein
B: DUF2170 family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3224
ポリマ－31,6742
非ポリマー6482
水48627
1
A: DUF2170 family protein
ヘテロ分子

A: DUF2170 family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8584
ポリマ－31,6742
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_565x,x-y+1,-z+5/61
2
B: DUF2170 family protein
ヘテロ分子

B: DUF2170 family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7864
ポリマ－31,6742
非ポリマー1,1132
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_555x,x-y,-z+5/61
単位格子
Length a, b, c (Å)68.862, 68.862, 281.073
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Space group name HallP652(x,y,z+1/12)

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要素

#1: タンパク質 DUF2170 family protein


分子量: 15836.769 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14 (緑膿菌)
遺伝子: PA14_16140 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: A0A0H2ZF40
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-7MT / Tb-Xo4


分子量: 556.353 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H23N5O4Tb
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 % / 解説: long needle
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: 32% PEG 200, 0.2M NaCl, 0.1M acetate pH 4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 1.649 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.649 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→46.85 Å / Num. obs: 11686 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 21.4 % / Biso Wilson estimate: 40.66 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.169 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.173 / Net I/σ(I): 22.9
反射 シェル解像度: 2.7→2.83 Å / Rmerge(I) obs: 1.099 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique obs: 1478 / CC1/2: 0.95 / Rpim(I) all: 0.243 / Rrim(I) all: 1.126 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.17.1_3660: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.7→46.85 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2688 1152 10 %
Rwork0.2103 --
obs0.2162 11472 98.06 %
原子変位パラメータBiso mean: 46.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→46.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2115 0 36 27 2178
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0112208
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5753027
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0387350
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0025379
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.9406786

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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