+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8q8o | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | PA14_16140 protein: the regulator of an operon involved in the biofilm formation in PA14 P. aeruginosa | ||||||
要素 | DUF2170 family protein | ||||||
キーワード | CHAPERONE (シャペロン) / regulator / biofilm (バイオフィルム) / pseudomonas (シュードモナス属) | ||||||
機能・相同性 | Protein of unknown function DUF2170 / Uncharacterized protein conserved in bacteria (DUF2170) / Tb-Xo4 / DUF2170 family protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14 (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Broutin, I. / Phan, G. / Girard, E. | ||||||
資金援助 | フランス, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Front Microbiol / 年: 2024 タイトル: BacA: a possible regulator that contributes to the biofilm formation of Pseudomonas aeruginosa . 著者: Wallart, L. / Ben Mlouka, M.A. / Saffiedine, B. / Coquet, L. / Le, H. / Hardouin, J. / Jouenne, T. / Phan, G. / Kiefer-Meyer, M.C. / Girard, E. / Broutin, I. / Cosette, P. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8q8o.cif.gz | 69.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8q8o.ent.gz | 50 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8q8o.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q8/8q8o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q8/8q8o | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
---|
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||
2 |
| ||||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15836.769 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14 (緑膿菌) 遺伝子: PA14_16140 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: A0A0H2ZF40 #2: 化合物 | ChemComp-GOL / | #3: 化合物 | ChemComp-7MT / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 % / 解説: long needle |
---|---|
結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: 32% PEG 200, 0.2M NaCl, 0.1M acetate pH 4.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 1.649 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.649 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→46.85 Å / Num. obs: 11686 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 21.4 % / Biso Wilson estimate: 40.66 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.169 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.173 / Net I/σ(I): 22.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.83 Å / Rmerge(I) obs: 1.099 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique obs: 1478 / CC1/2: 0.95 / Rpim(I) all: 0.243 / Rrim(I) all: 1.126 / % possible all: 99.3 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.7→46.85 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 46.96 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→46.85 Å
| ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|