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- PDB-8q8i: AO75L in complex with a synthetic trisaccharide acceptor. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8q8i
タイトルAO75L in complex with a synthetic trisaccharide acceptor.
要素Exostosin GT47 domain-containing protein
キーワードTRANSFERASE / Glycosyltransferase / PBCV-1 / Xylosyltransferase / Glycans / VIRAL PROTEIN
機能・相同性metal ion binding / : / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Exostosin GT47 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.77 Å
データ登録者Laugueri, M.E. / Speciale, I. / Gimeno, A. / Sicheng, L. / Poveda, A. / Lowary, T. / Van Etten J, L. / Barbero, J. / De Castro, C. / Tonetti, M. / Rojas A, L.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesSEV20160644 スペイン
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2024
タイトル: Unveiling the GT114 family: Structural characterization of A075L, a glycosyltransferase from Paramecium bursaria chlorella virus-1 (PBCV-1).
著者: Laugieri, M.E. / Speciale, I. / Gimeno, A. / Lin, S. / Byers, B.W. / Poveda, A. / Nunez-Franco, R. / Iturrioz, I. / Moure, M.J. / Jimenez-Oses, G. / Russo-Krauss, I. / Notaro, A. / Van Etten, ...著者: Laugieri, M.E. / Speciale, I. / Gimeno, A. / Lin, S. / Byers, B.W. / Poveda, A. / Nunez-Franco, R. / Iturrioz, I. / Moure, M.J. / Jimenez-Oses, G. / Russo-Krauss, I. / Notaro, A. / Van Etten, J.L. / Lowary, T.L. / Jimenez-Barbero, J. / De Castro, C. / Tonetti, M. / Rojas, A.L.
履歴
登録2023年8月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月27日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Exostosin GT47 domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,06920
ポリマ－33,4251
非ポリマー1,64419
水1,71195
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2840 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area12790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.579, 50.456, 51.543
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.32, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-310-

EDO

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Exostosin GT47 domain-containing protein


分子量: 33425.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
遺伝子: A075L / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q89410

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非ポリマー , 8種, 114分子

#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-O5R / (2~{R},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-2-[(2~{S},3~{R},4~{R},5~{S},6~{R})-5-[(2~{R},3~{R},4~{S},5~{R},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-2-methyl-6-octoxy-3-oxidanyl-oxan-4-yl]oxy-6-methyl-oxane-3,4,5-triol


分子量: 584.651 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H48O14 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 化合物 ChemComp-BCN / BICINE


分子量: 163.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4 / コメント: pH緩衝剤*YM
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.98 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.1
詳細: 0.1M TRIS; 0.1M BICINE, pH 8.1 37.5% Morpheus Precipitant mix4 0.03M CaCl2;0.03M MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.979181 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979181 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.769→62.9 Å / Num. obs: 12052 / % possible obs: 85.2 % / 冗長度: 4.9 % / CC1/2: 0.986 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル解像度: 1.796→2.11 Å / Num. unique obs: 604 / CC1/2: 0.626

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.18_3855: ???)精密化
autoPROCデータスケーリング
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.77→62.9 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.56 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2706 599 4.97 %
Rwork0.2216 --
obs0.2241 12050 37.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.77→62.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2325 0 103 95 2523
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022469
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4683322
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.831354
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042364
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002412
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.77-1.950.345260.3134129X-RAY DIFFRACTION2
1.95-2.230.3305390.2684973X-RAY DIFFRACTION13
2.23-2.810.29621840.26043402X-RAY DIFFRACTION45
2.81-62.90.25983700.20686947X-RAY DIFFRACTION91

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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