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- PDB-8avq: AO75L in Complex with UDP-Xylose -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8avq
タイトルAO75L in Complex with UDP-Xylose
要素AO75L
キーワードTRANSFERASE / Glycosyltransferase / PBCV-1 / Xylosyltransferase / Glycans / VIRAL PROTEIN
機能・相同性metal ion binding / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-XYLOPYRANOSE / Exostosin GT47 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Laugeri, M.E. / Speciale, I. / Gimeno, A. / Lin, S. / Poveda, A. / Lowary, T. / Van Etten, J.L. / Barbero, J.J. / De Castro, C. / Tonetti, M. / Rojas, A.L.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesSEV20160644 スペイン
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2024
タイトル: Unveiling the GT114 family: Structural characterization of A075L, a glycosyltransferase from Paramecium bursaria chlorella virus-1 (PBCV-1).
著者: Laugieri, M.E. / Speciale, I. / Gimeno, A. / Lin, S. / Byers, B.W. / Poveda, A. / Nunez-Franco, R. / Iturrioz, I. / Moure, M.J. / Jimenez-Oses, G. / Russo-Krauss, I. / Notaro, A. / Van Etten, ...著者: Laugieri, M.E. / Speciale, I. / Gimeno, A. / Lin, S. / Byers, B.W. / Poveda, A. / Nunez-Franco, R. / Iturrioz, I. / Moure, M.J. / Jimenez-Oses, G. / Russo-Krauss, I. / Notaro, A. / Van Etten, J.L. / Lowary, T.L. / Jimenez-Barbero, J. / De Castro, C. / Tonetti, M. / Rojas, A.L.
履歴
登録2022年8月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.32024年11月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AO75L
B: AO75L
C: AO75L
D: AO75L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,69183
ポリマ－135,1554
非ポリマー5,53679
水14,070781
1
A: AO75L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,10318
ポリマ－33,7891
非ポリマー1,31417
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: AO75L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,30223
ポリマ－33,7891
非ポリマー1,51322
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: AO75L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,17022
ポリマ－33,7891
非ポリマー1,38221
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: AO75L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,11520
ポリマ－33,7891
非ポリマー1,32719
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)129.285, 130.427, 87.143
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 118.010, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-316-

EDO

21A-316-

EDO

31C-494-

HOH

41D-501-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
AO75L


分子量: 33788.672 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
遺伝子: A075L / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q89410

-
非ポリマー , 7種, 860分子

#2: 化合物
ChemComp-BCN / BICINE / N,N-ビス(2-ヒドロキシエチル)グリシン


分子量: 163.172 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-UDX / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-XYLOPYRANOSE / UDP-ALPHA-D-XYLOPYRANOSE / ウリジン5′-二りん酸β-(α-D-キシロピラノシル)


分子量: 536.276 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H22N2O16P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 781 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.74 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.1
詳細: 0.1M TRIS; 0.1M BICINE, pH 8.1 37.5% Morpheus Precipitant mix4 0.03M CaCl2;0.03M MgCl2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→85.9 Å / Num. obs: 169521 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.536 % / Biso Wilson estimate: 43.435 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rrim(I) all: 0.105 / Χ2: 0.87 / Net I/σ(I): 10.6 / Num. measured all: 599433
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2-2.123.3681.0491.239124627532270930.4251.24898.4
2.12-2.273.4480.642.218893825898257920.6860.75999.6
2.27-2.453.6890.4453.648875124124240600.8480.52199.7
2.45-2.683.6320.2845.878043422205221450.9320.33299.7
2.68-33.470.1619.746953520110200410.9710.19199.7
3-3.463.5160.08316.876192117681176110.9920.09899.6
3.46-4.243.7250.04827.015556114983149150.9970.05799.5
4.24-5.983.4870.03731.864014811578115120.9980.04399.4
5.98-85.93.6050.03235.8622899642663520.9980.03898.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8ASA

8asa


解像度: 2→85.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 4.719 / SU ML: 0.127 / SU R Cruickshank DPI: 0.2056 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.206 / ESU R Free: 0.166 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2266 4312 5 %RANDOM
Rwork0.1956 ---
obs0.1972 81495 99.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 127.83 Å2 / Biso mean: 38.184 Å2 / Biso min: 19.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.95 Å20 Å2-0.21 Å2
2--0.27 Å20 Å2
3---0.58 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→85.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9390 0 314 781 10485
Biso mean--42.25 45.21 -
残基数----1122
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0139904
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0179062
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1751.65513394
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0891.57921086
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.86251125
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.76722.878556
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.753151692
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.3271557
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0470.21307
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0210679
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022108
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 315 -
Rwork0.292 5948 -
all-6263 -
obs--99.22 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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