PDB-8q82: Photorhabdus laumondii lectin PLL4 in complex with alpha-methyl-f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8q82

タイトル

Photorhabdus laumondii lectin PLL4 in complex with alpha-methyl-fucoside

要素

Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome segment 3/17

キーワード

CELL ADHESION / lectin / saccharide binding protein / seven-bladed beta-propeller

機能・相同性

methyl alpha-L-fucopyranoside / Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome segment 3/17

機能・相同性情報

生物種

Photorhabdus laumondii subsp. laumondii TTO1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Melicher, F. / Houser, J. / Paulenova, E. / Wimmerova, M.

資金援助

チェコ, 1件

引用

ジャーナル: Glycobiology / 年: 2025
タイトル: The insight into the biology of five homologous lectins produced by the entomopathogenic bacterium and nematode symbiont Photorhabdus laumondii.
著者: Paulenova, E. / Dobes, P. / Melicher, F. / Houser, J. / Faltinek, L. / Hyrsl, P. / Wimmerova, M.

履歴

登録	2023年8月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年3月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年6月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2025年7月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8q82.cif.gz	151.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8q82.ent.gz	112.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8q82.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8q82_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8q82_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	8q82_validation.xml.gz	27.7 KB	表示
CIF形式データ	8q82_validation.cif.gz	38.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q8/8q82 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q8/8q82	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8q7uC 8q80C 8q81C 8q83C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome segment 3/17

B: Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome segment 3/17

ヘテロ分子

81.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: mass spectrometry

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.013, 82.859, 70.300
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.357, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質

Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome segment 3/17

分子量: 40453.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Photorhabdus laumondii subsp. laumondii TTO1 (バクテリア)
遺伝子: plu0736 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7N8I6

#2: 糖

ChemComp-MFU / methyl alpha-L-fucopyranoside / ALPHA-L-METHYL-FUCOSE / methyl 6-deoxy-alpha-L-galactopyranoside / methyl alpha-L-fucoside / methyl L-fucoside / methyl fucoside / メチルα-L-フコピラノシド

タイプ: L-saccharide / 分子量: 178.183 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₄O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#3: 化合物

ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド

分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

#4: 化合物

ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン

分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.39 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 20% PEG4000 20% PEG300 300 mM MgCl2 100 mM MES

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→46.28 Å / Num. obs: 56507 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.9 % / CC_1/2: 0.9999 / R_merge(I) obs: 0.045 / R_pim(I) all: 0.018 / R_rim(I) all: 0.048 / Net I/σ(I): 21.7
反射シェル	解像度: 1.95→2.06 Å / R_merge(I) obs: 0.231 / Mean I/σ(I) obs: 6.8 / Num. unique obs: 8229 / CC_1/2: 0.978 / R_pim(I) all: 0.098 / R_rim(I) all: 0.251

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
XDS		データ削減
SCALA	3.3.22	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.95→41.464 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 3.77 / SU ML: 0.108 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.168 / ESU R Free: 0.152 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2399	2799	4.955 %
R_work	0.2046	53685	-
all	0.206	-	-
obs	-	56484	99.897 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.904 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.17 Å²	0 Å²	-0.025 Å²
2-	-	2.059 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.76 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→41.464 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5226	0	52	162	5440

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.011	5470
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	4763
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.414	1.617	7537
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.532	1.595	10903
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.289	5	674
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	9.427	5	24
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.265	10	721
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.319	10	258
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	816
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	6850
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1382
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.177	0.2	975
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.203	0.2	4616
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	2730
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	2705
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.151	0.2	235
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.086	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.281	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.076	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.193	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.051	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.122	3.292	2699
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.122	3.292	2699
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.142	5.896	3372
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.143	5.898	3373
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.726	3.671	2771
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.726	3.671	2772
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.411	6.576	4165
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.41	6.576	4166
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.559	32.638	6138
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.549	32.518	6125

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.95-2.001	0.32	189	0.232	3986	0.236	4176	0.933	0.966	99.9761	0.213
2.001-2.055	0.258	178	0.216	3858	0.218	4037	0.952	0.972	99.9752	0.2
2.055-2.115	0.265	190	0.214	3772	0.216	3963	0.949	0.972	99.9748	0.196
2.115-2.18	0.296	169	0.219	3645	0.223	3814	0.947	0.969	100	0.202
2.18-2.251	0.278	170	0.209	3536	0.212	3706	0.948	0.973	100	0.193
2.251-2.33	0.275	184	0.204	3403	0.208	3587	0.959	0.975	100	0.188
2.33-2.417	0.263	190	0.208	3295	0.211	3486	0.962	0.975	99.9713	0.194
2.417-2.516	0.241	162	0.212	3152	0.214	3314	0.965	0.974	100	0.202
2.516-2.627	0.258	167	0.234	3036	0.236	3206	0.962	0.97	99.9064	0.225
2.627-2.755	0.309	143	0.238	2884	0.241	3031	0.95	0.968	99.868	0.232
2.755-2.903	0.276	169	0.221	2775	0.224	2948	0.949	0.971	99.8643	0.219
2.903-3.078	0.279	160	0.21	2581	0.214	2744	0.955	0.973	99.8907	0.212
3.078-3.289	0.203	136	0.2	2476	0.2	2614	0.977	0.977	99.9235	0.204
3.289-3.551	0.256	105	0.209	2313	0.211	2419	0.958	0.976	99.9587	0.216
3.551-3.887	0.177	101	0.189	2141	0.188	2247	0.981	0.981	99.7775	0.198
3.887-4.341	0.168	108	0.169	1915	0.169	2025	0.984	0.984	99.9012	0.185
4.341-5.004	0.161	79	0.158	1713	0.158	1797	0.984	0.986	99.7218	0.179
5.004-6.106	0.264	90	0.213	1411	0.216	1509	0.964	0.977	99.4698	0.236
6.106-8.543	0.294	83	0.235	1132	0.239	1215	0.955	0.969	100	0.259
8.543-41.464	0.312	26	0.237	661	0.24	697	0.95	0.971	98.5653	0.26

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