PDB-8q83: Photorhabdus laumondii lectin PLL5 in complex with alpha-methyl-f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8q83

タイトル

Photorhabdus laumondii lectin PLL5 in complex with alpha-methyl-fucoside

要素

Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome segment 3/17

キーワード

CELL ADHESION / lectin / saccharide binding protein / seven-bladed beta-propeller

機能・相同性

methyl alpha-L-fucopyranoside / Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome segment 3/17

機能・相同性情報

生物種

Photorhabdus laumondii subsp. laumondii TTO1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.699 Å

データ登録者

Melicher, F. / Houser, J. / Paulenova, E. / Wimmerova, M.

資金援助

チェコ, 1件

引用

ジャーナル: Glycobiology / 年: 2025
タイトル: The insight into the biology of five homologous lectins produced by the entomopathogenic bacterium and nematode symbiont Photorhabdus laumondii.
著者: Paulenova, E. / Dobes, P. / Melicher, F. / Houser, J. / Faltinek, L. / Hyrsl, P. / Wimmerova, M.

履歴

登録	2023年8月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年3月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年6月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2025年7月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8q83.cif.gz	291.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8q83.ent.gz	226.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8q83.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8q83_validation.pdf.gz	5.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8q83_full_validation.pdf.gz	5.6 MB	表示
XML形式データ	8q83_validation.xml.gz	60.2 KB	表示
CIF形式データ	8q83_validation.cif.gz	81.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q8/8q83 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q8/8q83	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8q7uC 8q80C 8q81C 8q82C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome segment 3/17

B: Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome segment 3/17

C: Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome segment 3/17

D: Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome segment 3/17

ヘテロ分子

164 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome segment 3/17

D: Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome segment 3/17

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: mass spectrometry
82 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome segment 3/17

C: Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome segment 3/17

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
82 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.712, 102.940, 97.476
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.028, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質

Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome segment 3/17

分子量: 40263.977 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Photorhabdus laumondii subsp. laumondii TTO1 (バクテリア)
遺伝子: plu0737 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7N8I5

#2: 糖

ChemComp-MFU / methyl alpha-L-fucopyranoside / ALPHA-L-METHYL-FUCOSE / methyl 6-deoxy-alpha-L-galactopyranoside / methyl alpha-L-fucoside / methyl L-fucoside / methyl fucoside

タイプ: L-saccharide / 分子量: 178.183 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₄O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 650 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.1 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: batch mode / pH: 7.5 / 詳細: 20 mM Tris 150 mM NaCl

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

Reflection twin

タイプ	Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
pseudo-merohedral	1	1	H, K, L	1	0.6791
pseudo-merohedral	2	2	-h,-k,l	2	0.3209

反射

解像度: 1.699→45.515 Å / Num. obs: 200282 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.8 % / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.118 / R_pim(I) all: 0.069 / R_rim(I) all: 0.138 / Net I/σ(I): 6.2

反射シェル

解像度: 1.7→1.79 Å / R_merge(I) obs: 0.784 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 28794 / CC_1/2: 0.466 / R_pim(I) all: 0.468 / R_rim(I) all: 0.917

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
SCALA	3.3.22	データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.699→45.515 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 0.906 / SU ML: 0.033 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.019 / ESU R Free: 0.018 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1997	10442	5.217 %
R_work	0.1823	189707	-
all	0.183	-	-
obs	-	200149	98.503 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.253 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.193 Å²	-0 Å²	1.795 Å²
2-	-	1.938 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.256 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.699→45.515 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10562	0	192	650	11404

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.013	11130
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	9709
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.262	1.632	15307
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.228	1.601	22195
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.535	5	1374
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.857	22.014	561
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.007	15	1427
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.463	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.051	0.2	1462
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	12893
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2863
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.17	0.2	1984
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.181	0.2	9717
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.163	0.2	5398
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.074	0.2	4615
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.12	0.2	571
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.161	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.166	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.213	0.2	92
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.105	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.795	2.036	5493
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.795	2.036	5492
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.223	3.054	6859
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.223	3.054	6860
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.761	2.088	5637
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.761	2.088	5637
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.151	3.117	8445
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.151	3.117	8446
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	2.277	23.664	12895
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	2.207	23.56	12805

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.699-1.743	0.25	724	0.215	13617	X-RAY DIFFRACTION	95.7599
1.743-1.791	0.254	751	0.21	13373	X-RAY DIFFRACTION	96.9389
1.791-1.843	0.248	689	0.211	13371	X-RAY DIFFRACTION	98.5698
1.843-1.9	0.245	712	0.207	12856	X-RAY DIFFRACTION	98.8705
1.9-1.962	0.239	636	0.203	12616	X-RAY DIFFRACTION	98.866
1.962-2.031	0.218	737	0.193	12102	X-RAY DIFFRACTION	98.9976
2.031-2.107	0.215	696	0.192	11623	X-RAY DIFFRACTION	99.0433
2.107-2.193	0.196	623	0.184	11056	X-RAY DIFFRACTION	97.2197
2.193-2.291	0.198	558	0.178	10922	X-RAY DIFFRACTION	99.1193
2.291-2.403	0.205	569	0.181	10368	X-RAY DIFFRACTION	98.9774
2.403-2.533	0.193	546	0.177	9900	X-RAY DIFFRACTION	99.6946
2.533-2.686	0.194	538	0.182	9319	X-RAY DIFFRACTION	99.3649
2.686-2.871	0.211	561	0.189	8546	X-RAY DIFFRACTION	97.5994
2.871-3.101	0.188	456	0.176	8214	X-RAY DIFFRACTION	99.7239
3.101-3.397	0.201	406	0.183	7614	X-RAY DIFFRACTION	99.7388
3.397-3.797	0.2	329	0.183	6878	X-RAY DIFFRACTION	99.311
3.797-4.383	0.16	309	0.162	5959	X-RAY DIFFRACTION	97.8
4.383-5.366	0.165	292	0.148	5143	X-RAY DIFFRACTION	99.9081
5.366-7.577	0.173	222	0.177	4003	X-RAY DIFFRACTION	99.6462
7.577-45.515	0.198	88	0.2	2227	X-RAY DIFFRACTION	96.7809

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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