PDB-8q81: Photorhabdus laumondii lectin PLL3 in complex with alpha-methyl-f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8q81

タイトル

Photorhabdus laumondii lectin PLL3 in complex with alpha-methyl-fucoside

要素

Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome segment 3/17

キーワード

CELL ADHESION / lectin / saccharide binding protein / seven-bladed beta-propeller

機能・相同性

methyl alpha-L-fucopyranoside / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome segment 3/17

機能・相同性情報

生物種

Photorhabdus laumondii subsp. laumondii TTO1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Melicher, F. / Houser, J. / Paulenova, E. / Wimmerova, M.

資金援助

チェコ, 1件

引用

ジャーナル: Glycobiology / 年: 2025
タイトル: The insight into the biology of five homologous lectins produced by the entomopathogenic bacterium and nematode symbiont Photorhabdus laumondii.
著者: Paulenova, E. / Dobes, P. / Melicher, F. / Houser, J. / Faltinek, L. / Hyrsl, P. / Wimmerova, M.

履歴

登録	2023年8月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年3月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年6月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2025年7月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8q81.cif.gz	90.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8q81.ent.gz	63.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8q81.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8q81_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8q81_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	8q81_validation.xml.gz	18.1 KB	表示
CIF形式データ	8q81_validation.cif.gz	25.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q8/8q81 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q8/8q81	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8q7uC 8q80C 8q82C 8q83C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome segment 3/17

ヘテロ分子

41.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: mass spectrometry

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.611, 69.620, 76.245
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome segment 3/17

分子量: 40509.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Photorhabdus laumondii subsp. laumondii TTO1 (バクテリア)
遺伝子: plu0735 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7N8I7

#2: 糖

ChemComp-MFU / methyl alpha-L-fucopyranoside / ALPHA-L-METHYL-FUCOSE / methyl 6-deoxy-alpha-L-galactopyranoside / methyl alpha-L-fucoside / methyl L-fucoside / methyl fucoside / メチルα-L-フコピラノシド

タイプ: L-saccharide / 分子量: 178.183 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₄O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#3: 化合物

ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル

分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂

#4: 化合物

ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル

分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 33.68 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 90 m HEPES, 9% PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→76.25 Å / Num. obs: 48191 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 13.3 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.097 / R_pim(I) all: 0.027 / R_rim(I) all: 0.101 / Net I/σ(I): 15.4
反射シェル	解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 13.2 % / R_merge(I) obs: 0.798 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 6850 / CC_1/2: 0.897 / R_pim(I) all: 0.225 / R_rim(I) all: 0.83 / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
XDS		データ削減
SCALA	3.3.22	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.5→76.25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / SU B: 1.32 / SU ML: 0.049 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.073 / ESU R Free: 0.073 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1868	2382	4.948 %
R_work	0.1603	45758	-
all	0.162	-	-
obs	-	48140	98.331 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.308 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.794 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.784 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.578 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→76.25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2647	0	67	221	2935

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.011	2830
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2473
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.516	1.631	3897
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.564	1.595	5661
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.042	5	351
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.32	5	13
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.358	10	364
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.653	10	127
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	427
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	3522
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	720
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.174	0.2	451
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.193	0.2	2329
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	1427
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.089	0.2	1466
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.111	0.2	182
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.154	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.171	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.172	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.486	1.507	1384
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.486	1.509	1385
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.21	2.705	1735
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.213	2.707	1736
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.225	1.701	1446
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.224	1.702	1447
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.244	3.022	2160
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.244	3.023	2161
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.24	17.175	3229
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.154	16.44	3183

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.5-1.539	0.237	178	0.207	3282	0.208	3571	0.958	0.965	96.8916	0.185
1.539-1.581	0.23	164	0.189	3218	0.191	3488	0.965	0.972	96.961	0.167
1.581-1.627	0.188	148	0.182	3136	0.182	3373	0.973	0.975	97.3614	0.16
1.627-1.677	0.245	156	0.188	3030	0.191	3265	0.955	0.974	97.5804	0.164
1.677-1.732	0.242	130	0.167	3026	0.17	3230	0.969	0.981	97.709	0.146
1.732-1.793	0.202	163	0.155	2861	0.158	3087	0.976	0.984	97.9592	0.136
1.793-1.86	0.172	153	0.155	2771	0.156	2974	0.983	0.984	98.3188	0.138
1.86-1.936	0.185	126	0.153	2705	0.154	2891	0.977	0.985	97.9246	0.135
1.936-2.022	0.187	144	0.149	2603	0.151	2777	0.979	0.986	98.9197	0.134
2.022-2.12	0.192	115	0.159	2479	0.161	2639	0.978	0.985	98.2948	0.145
2.12-2.235	0.192	147	0.157	2350	0.159	2520	0.976	0.985	99.0873	0.144
2.235-2.37	0.169	112	0.156	2266	0.157	2402	0.982	0.985	99.0008	0.144
2.37-2.533	0.155	126	0.147	2093	0.148	2240	0.984	0.987	99.0625	0.137
2.533-2.736	0.148	113	0.151	2001	0.151	2129	0.987	0.987	99.2954	0.141
2.736-2.996	0.176	92	0.158	1842	0.159	1944	0.983	0.985	99.4856	0.152
2.996-3.348	0.171	82	0.16	1687	0.16	1777	0.979	0.985	99.5498	0.158
3.348-3.864	0.209	88	0.169	1485	0.171	1576	0.979	0.983	99.8096	0.168
3.864-4.725	0.155	65	0.135	1298	0.136	1365	0.989	0.99	99.8535	0.14
4.725-6.655	0.165	49	0.161	1006	0.161	1056	0.987	0.988	99.9053	0.166
6.655-51.412	0.315	31	0.208	619	0.213	653	0.944	0.969	99.5406	0.207

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)