PDB-8q80: Photorhabdus laumondii lectin PLL2 in complex with alpha-methyl-f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8q80

タイトル

Photorhabdus laumondii lectin PLL2 in complex with alpha-methyl-fucoside

要素

Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome segment 3/17

キーワード

CELL ADHESION / lectin / saccharide binding protein / seven-bladed beta-propeller

機能・相同性

Protein of unknown function DUF346 / Repeat of unknown function (DUF346) / methyl alpha-L-fucopyranoside / Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome segment 3/17

機能・相同性情報

生物種

Photorhabdus laumondii subsp. laumondii TTO1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Melicher, F. / Houser, J. / Paulenova, E. / Wimmerova, M.

資金援助

チェコ, 1件

引用

ジャーナル: Glycobiology / 年: 2025
タイトル: The insight into the biology of five homologous lectins produced by the entomopathogenic bacterium and nematode symbiont Photorhabdus laumondii.
著者: Paulenova, E. / Dobes, P. / Melicher, F. / Houser, J. / Faltinek, L. / Hyrsl, P. / Wimmerova, M.

履歴

登録	2023年8月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年3月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年6月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2025年7月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8q80.cif.gz	150.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8q80.ent.gz	113 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8q80.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8q80_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8q80_full_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示
XML形式データ	8q80_validation.xml.gz	28.4 KB	表示
CIF形式データ	8q80_validation.cif.gz	38.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q8/8q80 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q8/8q80	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8q7uC 8q81C 8q82C 8q83C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome segment 3/17

B: Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome segment 3/17

ヘテロ分子

81.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: mass spectrometry

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.160, 85.676, 68.188
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 102.062, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質

Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome segment 3/17

分子量: 40150.957 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Photorhabdus laumondii subsp. laumondii TTO1 (バクテリア)
遺伝子: plu0734 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Tuner(DE3) / 参照: UniProt: Q7N8I8

#2: 糖

ChemComp-MFU / methyl alpha-L-fucopyranoside / ALPHA-L-METHYL-FUCOSE / methyl 6-deoxy-alpha-L-galactopyranoside / methyl alpha-L-fucoside / methyl L-fucoside / methyl fucoside / メチルα-L-フコピラノシド

タイプ: L-saccharide / 分子量: 178.183 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₄O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.27 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 100 mM sodium acetate 11% PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9799 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9799 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→85.68 Å / Num. obs: 64783 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.9 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.057 / R_pim(I) all: 0.033 / R_rim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 11.4
反射シェル	解像度: 1.85→1.95 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.63 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 9343 / CC_1/2: 0.785 / R_pim(I) all: 0.363 / R_rim(I) all: 0.729 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0405	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.85→66.683 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 3.828 / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.138 / ESU R Free: 0.13 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2296	3207	4.953 %
R_work	0.1968	61548	-
all	0.198	-	-
obs	-	64755	98.961 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.975 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.132 Å²	0 Å²	0.41 Å²
2-	-	2.857 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.741 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→66.683 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5268	0	84	144	5496

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.011	5516
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	4873
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.305	1.625	7593
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.488	1.568	11143
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.95	5	684
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.71	5	28
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.253	10	728
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.379	10	246
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.066	0.2	851
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	6556
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1380
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.182	0.2	969
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.193	0.2	4729
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	2806
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	2846
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.127	0.2	213
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.142	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.193	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.169	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.938	3.398	2742
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.931	3.398	2742
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.862	6.092	3424
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.863	6.093	3425
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.22	3.635	2774
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.22	3.636	2775
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.639	6.557	4169
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.638	6.557	4170
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.976	35.35	6352
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.969	35.257	6339

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.85-1.898	0.355	256	0.294	4479	0.297	4822	0.908	0.925	98.1958	0.278
1.898-1.95	0.29	249	0.268	4346	0.269	4669	0.929	0.942	98.4151	0.251
1.95-2.006	0.255	183	0.241	4352	0.242	4603	0.957	0.956	98.5227	0.225
2.006-2.068	0.25	200	0.231	4180	0.232	4446	0.956	0.963	98.5155	0.215
2.068-2.136	0.268	189	0.224	4033	0.226	4282	0.952	0.967	98.5988	0.207
2.136-2.211	0.274	205	0.226	3880	0.228	4138	0.952	0.967	98.7192	0.21
2.211-2.294	0.271	246	0.212	3705	0.215	3996	0.946	0.971	98.8739	0.198
2.294-2.388	0.268	172	0.199	3679	0.202	3888	0.957	0.975	99.0484	0.186
2.388-2.494	0.202	231	0.186	3450	0.187	3723	0.971	0.978	98.8719	0.173
2.494-2.615	0.235	157	0.195	3363	0.197	3552	0.964	0.978	99.0991	0.183
2.615-2.757	0.227	144	0.201	3208	0.202	3372	0.97	0.978	99.4069	0.19
2.757-2.923	0.269	178	0.199	2986	0.202	3193	0.958	0.977	99.0918	0.192
2.923-3.125	0.291	151	0.198	2865	0.202	3029	0.952	0.977	99.5708	0.196
3.125-3.375	0.194	124	0.187	2660	0.188	2793	0.975	0.979	99.6778	0.187
3.375-3.696	0.187	128	0.187	2444	0.187	2584	0.977	0.979	99.5356	0.19
3.696-4.13	0.189	116	0.172	2214	0.173	2339	0.976	0.981	99.6152	0.18
4.13-4.766	0.164	114	0.155	1967	0.155	2088	0.985	0.987	99.6648	0.168
4.766-5.83	0.203	78	0.176	1670	0.177	1755	0.979	0.985	99.6011	0.192
5.83-8.214	0.283	44	0.204	1325	0.206	1372	0.956	0.979	99.7813	0.218
8.214-66.683	0.262	42	0.23	743	0.232	792	0.932	0.966	99.1162	0.237

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