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- PDB-8q7k: IRGQ LIR2 peptide in complex with LC3B -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8q7k
タイトルIRGQ LIR2 peptide in complex with LC3B
要素
  • Immunity-related GTPase family Q protein
  • Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B
キーワードPROTEIN BINDING / Autophagy / LC3B / LIR / IRGQ
機能・相同性
機能・相同性情報


SARS-CoV-2 modulates autophagy / ceramide binding / phosphatidylethanolamine binding / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / TBC/RABGAPs / cellular response to nitrogen starvation / Receptor Mediated Mitophagy / Macroautophagy / organelle membrane / autophagosome membrane ...SARS-CoV-2 modulates autophagy / ceramide binding / phosphatidylethanolamine binding / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / TBC/RABGAPs / cellular response to nitrogen starvation / Receptor Mediated Mitophagy / Macroautophagy / organelle membrane / autophagosome membrane / axoneme / autophagosome assembly / autophagosome maturation / mitophagy / endomembrane system / autophagosome / Pexophagy / cellular response to starvation / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / macroautophagy / mitochondrial membrane / autophagy / KEAP1-NFE2L2 pathway / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / microtubule binding / cytoplasmic vesicle / microtubule / ubiquitin protein ligase binding / GTP binding / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能
Immunity-related GTPase family Q protein / IRG-type guanine nucleotide-binding (G) domain / IRG-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Autophagy protein Atg8 ubiquitin-like / Autophagy protein Atg8 ubiquitin like / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunity-related GTPase family Q protein / Microtubule-associated protein 1 light chain 3 beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Misra, M. / Bailey, H.J. / Pomirska, J. / Dikic, I.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)259130777 ドイツ
引用ジャーナル: Cell / 年: 2024
タイトル: IRGQ-mediated autophagy in MHC class I quality control promotes tumor immune evasion.
著者: Herhaus, L. / Gestal-Mato, U. / Eapen, V.V. / Macinkovic, I. / Bailey, H.J. / Prieto-Garcia, C. / Misra, M. / Jacomin, A.C. / Ammanath, A.V. / Bagaric, I. / Michaelis, J. / Vollrath, J. / ...著者: Herhaus, L. / Gestal-Mato, U. / Eapen, V.V. / Macinkovic, I. / Bailey, H.J. / Prieto-Garcia, C. / Misra, M. / Jacomin, A.C. / Ammanath, A.V. / Bagaric, I. / Michaelis, J. / Vollrath, J. / Bhaskara, R.M. / Bundgen, G. / Covarrubias-Pinto, A. / Husnjak, K. / Zoller, J. / Gikandi, A. / Ribicic, S. / Bopp, T. / van der Heden van Noort, G.J. / Langer, J.D. / Weigert, A. / Harper, J.W. / Mancias, J.D. / Dikic, I.
履歴
登録2023年8月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月19日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B
B: Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B
C: Immunity-related GTPase family Q protein
D: Immunity-related GTPase family Q protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7805
ポリマ－31,7184
非ポリマー621
水3,621201
1
A: Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B
C: Immunity-related GTPase family Q protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8592
ポリマ－15,8592
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B
D: Immunity-related GTPase family Q protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9213
ポリマ－15,8592
非ポリマー621
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.423, 68.423, 118.071
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 4 through 9 or resid 11 through 75 or resid 77 through 117))
d_2ens_1(chain "B" and (resid 4 through 9 or resid 11 through 75 or resid 77 through 117))
d_1ens_2chain "C"
d_2ens_2chain "D"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ens_1GLUGLUGLNGLNAA4 - 94 - 9
d_12ens_1ARGARGALAALAAA11 - 7511 - 75
d_13ens_1GLNGLNGLUGLUAA77 - 11777 - 117
d_21ens_1GLUGLUGLNGLNBB4 - 94 - 9
d_22ens_1ARGARGALAALABB11 - 7511 - 75
d_23ens_1GLNGLNGLUGLUBB77 - 11777 - 117
d_11ens_2GLUGLUGLUGLUCC417 - 4251 - 9
d_21ens_2GLUGLUGLUGLUDD417 - 4251 - 9

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.648557137317, -0.761162699048, -0.00223275905829), (-0.76114864612, -0.648559375675, 0.00484507322005), (-0.00513596583013, -0.00144284528336, -0.999985769925)12.4108317188, 26.0198738103, 16.7669030443
2given(0.674238535619, -0.723656875598, 0.147387663957), (-0.692932428382, -0.688925695535, -0.212664138322), (0.255435014794, 0.0412566653017, -0.965945568231)9.80055687253, 26.491383345, 12.6286553506

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要素

#1: タンパク質 Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B / Autophagy-related protein LC3 B / Autophagy-related ubiquitin-like modifier LC3 B / MAP1 light ...Autophagy-related protein LC3 B / Autophagy-related ubiquitin-like modifier LC3 B / MAP1 light chain 3-like protein 2 / MAP1A/MAP1B light chain 3 B / MAP1A/MAP1B LC3 B / Microtubule-associated protein 1 light chain 3 beta


分子量: 14710.027 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP1LC3B, MAP1ALC3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9GZQ8
#2: タンパク質・ペプチド Immunity-related GTPase family Q protein


分子量: 1149.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8WZA9
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 201 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 1 M lithium chloride, 0.1 M citrate, 20% PEG 6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→48.38 Å / Num. obs: 37749 / % possible obs: 99.89 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 27.65 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 19.66
反射 シェル解像度: 1.6→1.657 Å / Num. unique obs: 7386 / CC1/2: 0.862

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHASER位相決定
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→24.19 Å / SU ML: 0.1874 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.4243
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2135 1883 4.99 %
Rwork0.1917 35828 -
obs0.1927 37711 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 38.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→24.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2093 0 4 201 2298
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0142156
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.16692906
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0847324
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0126375
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.9702844
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.07040569499
ens_2d_2CCX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS5.3409061779
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.640.33521420.30022703X-RAY DIFFRACTION99.75
1.64-1.690.27541530.26252678X-RAY DIFFRACTION99.86
1.69-1.750.22161320.23322716X-RAY DIFFRACTION99.96
1.75-1.810.25151410.22842718X-RAY DIFFRACTION99.93
1.81-1.880.26451430.22032709X-RAY DIFFRACTION99.93
1.88-1.970.25751630.21342715X-RAY DIFFRACTION99.97
1.97-2.070.2061400.19562738X-RAY DIFFRACTION99.86
2.07-2.20.20951410.18752745X-RAY DIFFRACTION99.97
2.2-2.370.23541350.19522744X-RAY DIFFRACTION99.93
2.37-2.610.23621540.19722758X-RAY DIFFRACTION99.93
2.61-2.980.24871330.20032799X-RAY DIFFRACTION100
2.98-3.760.19031460.17882830X-RAY DIFFRACTION99.97
3.76-24.190.18351600.1762975X-RAY DIFFRACTION99.59
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.112339678010.1983209086040.1800957659894.459487803781.133962401343.20106392652-0.2760009855770.179232693121-0.400768708761-0.07144255503020.309175390491-0.3074108476080.2074969082420.000922271235906-0.07626689243340.20379462265-0.03635099050960.04643291622330.179764276919-0.01405408736170.19194665597131.6713737567-17.2616233246-2.2345329831
22.5443028265-0.429958894073-0.7374458133062.543086495631.104192203615.51699739393-0.0220343381214-0.1910461877610.1195061085180.1872229161890.02941472252190.0656759348931-0.08532415191380.0668392485660.0007616054887080.227749716684-0.0494651843028-0.002840705902520.185417164201-0.01352807305250.25678040755724.1528652141-8.9956286913210.8891793948
38.067107067351.00027544047-0.6497065259597.39734877674-3.424591329882.170753885280.0508002408490.8787773520520.494210920693-0.657346422946-0.453094497231-0.2303155399530.4515249050620.7167004990060.3616193302920.258182671301-0.008294570554840.01147895342570.3580175403550.09071259318450.28818023436550.984679305310.397925051210.8271143931
43.80899532769-5.02759158852-1.019908726416.802518120920.6757793346843.09268628679-0.205888948618-0.7852246167470.4571534825510.5664558190650.229565770613-0.456875543944-0.2140559044870.15630214366-0.0705945488920.368949001975-0.0932950216123-0.025003824610.348131888304-0.01885197709410.25705856357742.97038240114.749446958923.4568420977
55.8052237299-1.10426894945-3.58105908943.638002021672.258431875942.934553200660.0330462951301-0.123276791480.233191804280.4553147911680.1585561894880.127243868731-0.0372778386262-0.318668249896-0.3426380421160.30873162713-0.003767701564150.04887411651160.2661148356430.01619726757370.23857047469937.143240402516.548806385613.312034986
65.229892260851.320525172891.050277842642.526310148162.376245993482.37118333860.1855944942290.499649456044-0.4582308053130.2362073880490.207930271519-0.3062504674080.5254176760020.73312480535-0.3530026897550.3549679612540.01436004896360.01308583943770.253245518519-0.05688123296740.30395256787844.021724514.0300646968-0.857197289055
77.408181253160.9345075371611.063524215975.148887384030.7603316500045.698450957040.150779081891-0.557804859550.6798377398950.229038478749-0.1751828893950.403478488439-0.575575960072-0.5935521554350.06654131611360.3217704637090.0490085431960.08009126530640.326858359956-0.004254406071030.30003972941231.620573015719.626010760812.4706667867
89.390889328881.61231187121-4.974430982355.95171612986-1.98291391652.943286321670.1688590319770.04383106464090.4543685829240.120268683516-0.1103096093090.633767273582-0.381934577975-0.426817651971-0.01283463330180.215748937741-8.83517006083E-5-0.02981333284350.252574257125-0.01473691158260.39785571798631.607649112719.43310068611.75401330977
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 4 through 26 )AA4 - 261 - 23
22chain 'A' and (resid 27 through 118 )AA27 - 11824 - 115
33chain 'B' and (resid 3 through 12 )BB3 - 121 - 10
44chain 'B' and (resid 13 through 26 )BB13 - 2611 - 24
55chain 'B' and (resid 27 through 37 )BB27 - 3725 - 35
66chain 'B' and (resid 38 through 50 )BB38 - 5036 - 48
77chain 'B' and (resid 51 through 59 )BB51 - 5949 - 57
88chain 'B' and (resid 60 through 71 )BB60 - 7158 - 69
99chain 'B' and (resid 72 through 83 )BB72 - 8370 - 81
1010chain 'B' and (resid 84 through 94 )BB84 - 9482 - 92
1111chain 'B' and (resid 95 through 114 )BB95 - 11493 - 112
1212chain 'B' and (resid 115 through 119 )BB115 - 119113 - 117
1313chain 'C' and (resid 417 through 425 )CD417 - 4251 - 9
1414chain 'D' and (resid 417 through 425 )DE417 - 4251 - 9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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