PDB-8q79: Structure of mBaoJin at pH 6.5

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8q79

タイトル

Structure of mBaoJin at pH 6.5

要素

mBaoJin

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN / mBaoJin

機能・相同性

Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / Fluorescent protein

機能・相同性情報

生物種

Cytaeis uchidae (たまくらげ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Samygina, V.R. / Subach, O.M. / Vlaskina, A.V. / Nikolaeva, A.Y. / Borshchevsky, V. / Qin, W. / Subach, F.V.

資金援助

ロシア, 1件

引用

ジャーナル: Nat.Methods / 年: 2024
タイトル: Bright and stable monomeric green fluorescent protein derived from StayGold.
著者: Zhang, H. / Lesnov, G.D. / Subach, O.M. / Zhang, W. / Kuzmicheva, T.P. / Vlaskina, A.V. / Samygina, V.R. / Chen, L. / Ye, X. / Nikolaeva, A.Y. / Gabdulkhakov, A. / Papadaki, S. / Qin, W. / ...

履歴

登録	2023年8月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年12月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年4月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8q79.cif.gz	208.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8q79.ent.gz	159.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8q79.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8q79_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8q79_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8q79_validation.xml.gz	25.9 KB	表示
CIF形式データ	8q79_validation.cif.gz	39.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q7/8q79 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q7/8q79	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8qbjC 8qddC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (4) #42 - 2003年6月緑色蛍光タンパク質 (Green Fluorescent Protein) 類似性 (4)

登録構造単位

A: mBaoJin

B: mBaoJin

ヘテロ分子

53.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: mBaoJin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
26.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: mBaoJin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
26.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.500, 120.310, 52.800
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.950, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	mBaoJin / Fluorescent protein / mBaoJin 分子量: 26841.123 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Fluorophore (CR2) is formed from G57Y58G59 residues of the peptide 由来: (組換発現) Cytaeis uchidae (たまくらげ) / 遺伝子: CU17S / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8S0GSD4
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 677 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.48 %
結晶化	温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG8000, 0.1M NH4Acetate, 0.1M Na Cocadilate pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97861 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97861 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→30 Å / Num. obs: 94189 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 6.3 % / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 15.8
反射シェル	解像度: 1.45→1.49 Å / Num. unique obs: 5529 / CC_1/2: 0.671

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.45→15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.983 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.973 / SU B: 2.769 / SU ML: 0.044 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.052 / ESU R Free: 0.053 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1625	4627	4.919 %
R_work	0.1228	89431	-
all	0.125	-	-
obs	-	94058	97.435 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.4 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.224 Å²	-0 Å²	0.839 Å²
2-	-	-2.048 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.423 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3438	0	40	681	4159

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	3666
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.017	3192
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.901	1.67	4971
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.481	1.588	7507
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.724	5	449
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.658	23.936	188
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.115	15	618
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	6.968	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	451
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	4105
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	749
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.199	0.2	616
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.206	0.2	2904
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.174	0.2	1658
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.093	0.2	1729
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.144	0.2	447
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.161	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.225	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.308	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.194	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.708	1.822	1736
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.683	1.818	1735
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.485	2.735	2169
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.489	2.738	2170
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.818	2.204	1930
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.817	2.203	1931
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.428	3.135	2790
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.427	3.135	2791
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.719	24.323	4231
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.293	22.513	4023
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	3.856	3	6856

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.45-1.486	0.295	271	0.263	5108	X-RAY DIFFRACTION	76.3412
1.486-1.527	0.273	287	0.225	5964	X-RAY DIFFRACTION	90.2802
1.527-1.57	0.205	314	0.178	6382	X-RAY DIFFRACTION	99.9254
1.57-1.618	0.206	311	0.153	6164	X-RAY DIFFRACTION	99.8766
1.618-1.671	0.17	311	0.133	5968	X-RAY DIFFRACTION	99.9682
1.671-1.728	0.181	297	0.112	5799	X-RAY DIFFRACTION	99.9508
1.728-1.793	0.174	286	0.111	5615	X-RAY DIFFRACTION	100
1.793-1.865	0.162	293	0.101	5417	X-RAY DIFFRACTION	100
1.865-1.946	0.164	284	0.103	5145	X-RAY DIFFRACTION	99.9816
1.946-2.04	0.142	244	0.106	4972	X-RAY DIFFRACTION	99.9617
2.04-2.148	0.15	258	0.093	4706	X-RAY DIFFRACTION	99.9799
2.148-2.275	0.132	246	0.093	4473	X-RAY DIFFRACTION	99.9788
2.275-2.428	0.148	211	0.094	4203	X-RAY DIFFRACTION	100
2.428-2.617	0.162	181	0.107	3957	X-RAY DIFFRACTION	100
2.617-2.858	0.142	187	0.111	3633	X-RAY DIFFRACTION	99.9738
2.858-3.181	0.168	181	0.127	3270	X-RAY DIFFRACTION	99.8842
3.181-3.646	0.15	149	0.121	2914	X-RAY DIFFRACTION	100
3.646-4.401	0.131	136	0.113	2505	X-RAY DIFFRACTION	99.9243
4.401-5.972	0.17	107	0.145	1985	X-RAY DIFFRACTION	99.8568
5.972-15	0.201	73	0.198	1251	X-RAY DIFFRACTION	99.9245

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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