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- PDB-8q78: Structure of the FP specific VHH TPP-3077 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8q78
タイトルStructure of the FP specific VHH TPP-3077
要素TPP-3077 VHH
キーワードIMMUNE SYSTEM / complement / antibody / alternative pathway
生物種Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.225 Å
データ登録者Andersen, G.R. / Pedersen, D.V.
資金援助1件
組織認可番号国
Other private
引用ジャーナル: Mabs / 年: 2024
タイトル: Characterization of the bispecific VHH antibody tarperprumig (ALXN1820) specific for properdin and designed for low-volume administration.
著者: Tamburini, P. / Pedersen, D.V. / Devore, D. / Cone, J. / Patel, R. / Hunter, T. / Sun, F. / Andersen, G.R. / Hunter, J.
履歴
登録2023年8月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22024年11月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TPP-3077 VHH
B: TPP-3077 VHH
C: TPP-3077 VHH
D: TPP-3077 VHH
E: TPP-3077 VHH
F: TPP-3077 VHH
G: TPP-3077 VHH
H: TPP-3077 VHH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,90812
ポリマ－110,4358
非ポリマー4734
水23,3831298
1
A: TPP-3077 VHH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9232
ポリマ－13,8041
非ポリマー1181
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: TPP-3077 VHH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8041
ポリマ－13,8041
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: TPP-3077 VHH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9232
ポリマ－13,8041
非ポリマー1181
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: TPP-3077 VHH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8041
ポリマ－13,8041
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: TPP-3077 VHH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9232
ポリマ－13,8041
非ポリマー1181
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: TPP-3077 VHH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9232
ポリマ－13,8041
非ポリマー1181
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: TPP-3077 VHH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8041
ポリマ－13,8041
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: TPP-3077 VHH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8041
ポリマ－13,8041
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.727, 53.611, 100.770
Angle α, β, γ (deg.)90.03, 90.02, 64.79
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Symmetry operation#1: x,y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
d_1ens_1
d_2ens_1
d_3ens_1
d_4ens_1
d_5ens_1
d_6ens_1
d_7ens_1
d_8ens_1

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.998978649449, -0.0272610650871, -0.0360345983222), (0.0291873888599, -0.998111056136, -0.0540593743092), (-0.0344928148672, -0.0550559165711, 0.997887314166)23.3153138089, 5.8914398603, 0.0148753905367
2given(-0.999919387193, 0.00271972530214, -0.0124025081919), (0.00264619627329, 0.999978850129, 0.00594112281018), (0.0124184041025, 0.00590782440864, -0.999905435954)27.3326879572, 0.240567332603, -97.1504840705
3given(0.998582478225, 0.0126127869797, 0.0517102677025), (0.0147848924827, -0.999014913601, -0.0418402838945), (0.0511316060332, 0.0425455051293, -0.997785266908)4.89334490927, 6.6603644842, -97.6123382321
4given(-0.999995069528, -0.00313451522611, -0.000189036004607), (0.00313459507465, -0.999994997429, -0.00042359198392), (-0.000187707303418, -0.00042418244674, 0.999999892418)30.0166078951, 13.1412384419, -50.3953770623
5given(0.999919713693, -0.00297221407842, 0.0123179589195), (-0.0029281868291, -0.99998926614, -0.00359072794362), (0.0123284991124, 0.00355437037227, -0.999917683892)2.69155160385, 13.0513178834, -46.7988598086
6given(-0.998539725608, -0.0130729809455, -0.0524167297038), (-0.0151675259046, 0.999094019409, 0.0397628789166), (0.0518494218056, 0.0404998463084, -0.997833352774)25.0749573634, 6.45237322046, -47.2678137157
7given(0.999099721873, 0.0183564197067, 0.0382464064789), (-0.0202336091611, 0.998579694587, 0.049286860504), (-0.0372873546033, -0.0500163514621, 0.998052111752)6.73886719104, 6.98776892807, -50.2487333134

-
要素

#1: 抗体
TPP-3077 VHH


分子量: 13804.423 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1298 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.22 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: Morpheus Screen I, condition A4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.225→27.62 Å / Num. obs: 245404 / % possible obs: 83.97 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 13.09 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.06126 / Net I/σ(I): 16.05
反射 シェル解像度: 1.225→1.269 Å / Rmerge(I) obs: 0.3776 / Num. unique obs: 9517 / CC1/2: 0.886

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.225→27.62 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1924 1949 -
Rwork0.1678 --
obs-213953 83.97 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.225→27.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7448 0 32 1298 8778
LS精密化 シェル解像度: 1.225→1.269 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.2537 -
Rwork0.2449 -
obs-9517

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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