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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8q6x | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Cytochrome P450 GymB5 from Streptomyces katrae | ||||||
要素 | Cytochrome P450 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Nucleobase transferase / Cytochrome P450 / Mycocyclosin synthetase / prism-like fold | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptomyces katrae (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.91 Å | ||||||
データ登録者 | Freytag, J. / Mueller, J.M. / Stehle, T. / Zocher, G. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Chemcatchem / 年: 2024 タイトル: Intramolecular Coupling and Nucleobase Transfer - How Cytochrome P450 Enzymes GymBx Establish Their Chemoselectivity 著者: Freytag, J. / Martin, A. / Muller, J.C. / Kelm, T. / Stehle, T. / Li, S.M. / Zocher, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8q6x.cif.gz | 172.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8q6x.ent.gz | 134.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8q6x.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8q6x_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8q6x_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8q6x_validation.xml.gz | 33.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8q6x_validation.cif.gz | 49.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q6/8q6x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q6/8q6x | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8q6yC 8q6zC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45073.629 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces katrae (バクテリア) 遺伝子: VR44_17910 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0F4JF04 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.23 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 20 mM sodium formate, 20 mM ammonium acetate, 20 mM sodium citrate, 20 mM potassium sodium tartate, 20 mM sodium oxamate, 13% MPD, 13% PEG 1000, 13% PEG3350, 100 mM BIS-Tris pH 8.7 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→49.02 Å / Num. obs: 79072 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.8 % / CC1/2: 0.99 / Rrim(I) all: 0.12 / Net I/σ(I): 10.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.91→2.02 Å / Num. unique obs: 11329 / CC1/2: 0.57 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.91→49.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 4.227 / SU ML: 0.114 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.123 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.3 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.91→49.02 Å
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拘束条件 |
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