PDB-8q6x: Crystal structure of Cytochrome P450 GymB5 from Streptomyces katrae

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8q6x

タイトル

Crystal structure of Cytochrome P450 GymB5 from Streptomyces katrae

要素

Cytochrome P450

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Nucleobase transferase / Cytochrome P450 / Mycocyclosin synthetase / prism-like fold

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces katrae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.91 Å

データ登録者

Freytag, J. / Mueller, J.M. / Stehle, T. / Zocher, G.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Chemcatchem / 年: 2024
タイトル: Intramolecular Coupling and Nucleobase Transfer - How Cytochrome P450 Enzymes GymBx Establish Their Chemoselectivity
著者: Freytag, J. / Martin, A. / Muller, J.C. / Kelm, T. / Stehle, T. / Li, S.M. / Zocher, G.

履歴

登録	2023年8月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年6月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8q6x.cif.gz	172.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8q6x.ent.gz	134.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8q6x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q6/8q6x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q6/8q6x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8q6yC 8q6zC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Cytochrome P450

B: Cytochrome P450

ヘテロ分子

91.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cytochrome P450

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
45.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Cytochrome P450

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
45.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.166, 95.544, 81.459
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.22, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Cytochrome P450 分子量: 45073.629 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces katrae (バクテリア) 遺伝子: VR44_17910 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0F4JF04
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 505 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.23 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 20 mM sodium formate, 20 mM ammonium acetate, 20 mM sodium citrate, 20 mM potassium sodium tartate, 20 mM sodium oxamate, 13% MPD, 13% PEG 1000, 13% PEG3350, 100 mM BIS-Tris pH 8.7

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→49.02 Å / Num. obs: 79072 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.8 % / CC_1/2: 0.99 / R_rim(I) all: 0.12 / Net I/σ(I): 10.9
反射シェル	解像度: 1.91→2.02 Å / Num. unique obs: 11329 / CC_1/2: 0.57

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.91→49.02 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.961 / SU B: 4.227 / SU ML: 0.114 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.123 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20818	2130	3 %	RANDOM
R_work	0.16981	-	-	-
obs	0.17096	68841	99.85 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.3 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.5 Å²	0 Å²	-1.03 Å²
2-	-	-1.57 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.91→49.02 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5888	0	86	505	6479

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	6146
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	5718
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.587	1.663	8408
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.42	1.578	13206
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.058	5	777
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.945	21.678	286
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.452	15	947
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.52	15	40
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	787
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	6943
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	1273
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.55	3.269	3111
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.551	3.267	3110
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.512	4.89	3887
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.512	4.891	3888
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.579	3.601	3035
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.58	3.601	3033
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.452	5.237	4521
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.429	39.341	6999
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.401	39.061	6889
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.91→1.957 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.356	154	-
R_work	0.358	4950	-
obs	-	-	98.82 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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