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- PDB-8q6s: A carbohydrate esterase family 15 (CE15) glucuronoyl esterase fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8q6s
タイトルA carbohydrate esterase family 15 (CE15) glucuronoyl esterase from Phocaeicola vulgatus ATCC 8482
要素Putative acetyl xylan esterase
キーワードHYDROLASE / Esterase / CE15 / Glucuronoyl esterase / Bacteroidota
機能・相同性Alpha/Beta hydrolase fold / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Putative acetyl xylan esterase
機能・相同性情報
生物種Phocaeicola vulgatus ATCC 8482 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Mazurkewich, S. / Seveso, A. / Banerjee, S. / Lo Leggio, L. / Larsbrink, J.
資金援助 スウェーデン, デンマーク, 3件
組織認可番号国
Knut and Alice Wallenberg FoundationWallenberg Wood Science Center スウェーデン
Novo Nordisk FoundationNNF17OC0027698 デンマーク
Novo Nordisk FoundationNNF21OC0071611 デンマーク
引用ジャーナル: Appl.Environ.Microbiol. / 年: 2024
タイトル: Polysaccharide utilization loci from Bacteroidota encode CE15 enzymes with possible roles in cleaving pectin-lignin bonds.
著者: Seveso, A. / Mazurkewich, S. / Banerjee, S. / Poulsen, J.-C.N. / Lo Leggio, L. / Larsbrink, J.
履歴
登録2023年8月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年2月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.journal_volume / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative acetyl xylan esterase
B: Putative acetyl xylan esterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,7836
ポリマ－97,4362
非ポリマー3474
水5,062281
1
A: Putative acetyl xylan esterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,8473
ポリマ－48,7181
非ポリマー1292
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Putative acetyl xylan esterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,9363
ポリマ－48,7181
非ポリマー2182
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)77.382, 58.697, 89.539
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.946, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Putative acetyl xylan esterase


分子量: 48717.902 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Phocaeicola vulgatus ATCC 8482 (バクテリア)
遺伝子: BVU_0175 / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A6KWT9
#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 281 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M MES pH 6.0, 20 mM NaCl, and 20-24% (w/v) PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.976254 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976254 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→48.64 Å / Num. obs: 50852 / % possible obs: 94.16 % / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 39.02 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 8.66
反射 シェル解像度: 1.99→2.061 Å / 冗長度: 4.4 % / Mean I/σ(I) obs: 0.64 / Num. unique obs: 4674 / CC1/2: 0.413 / % possible all: 85.19

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.19.2_4158精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.99→48.64 Å / SU ML: 0.3513 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.9847
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.258 3551 7 %
Rwork0.1943 47184 -
obs0.1986 50735 93.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 45.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.99→48.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6361 0 21 281 6663
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00976617
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.12058978
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0633899
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00931181
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.90292457
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.99-2.010.47661170.44831533X-RAY DIFFRACTION77.65
2.01-2.040.4491300.4151704X-RAY DIFFRACTION85.3
2.04-2.070.41021290.37611732X-RAY DIFFRACTION87.17
2.07-2.110.42761330.35211765X-RAY DIFFRACTION88.48
2.11-2.140.33181350.33021796X-RAY DIFFRACTION89.56
2.14-2.180.34921340.31551780X-RAY DIFFRACTION89.23
2.18-2.220.3581350.29351797X-RAY DIFFRACTION90.32
2.22-2.260.32521360.27761832X-RAY DIFFRACTION90.9
2.26-2.310.31331380.26781822X-RAY DIFFRACTION91.55
2.31-2.360.32251390.25311851X-RAY DIFFRACTION92
2.36-2.410.34021380.24271844X-RAY DIFFRACTION93.01
2.41-2.470.32781430.24261886X-RAY DIFFRACTION93.85
2.47-2.540.30121420.22281882X-RAY DIFFRACTION94.76
2.54-2.610.28731430.2091915X-RAY DIFFRACTION95.37
2.61-2.70.31551460.21761937X-RAY DIFFRACTION95.68
2.7-2.790.31971460.21371934X-RAY DIFFRACTION96.7
2.79-2.90.28031480.21041958X-RAY DIFFRACTION97.77
2.9-3.040.27361490.21671989X-RAY DIFFRACTION99.12
3.04-3.20.27671520.20552010X-RAY DIFFRACTION99.68
3.2-3.40.25731510.19132007X-RAY DIFFRACTION99.77
3.4-3.660.22071510.17872013X-RAY DIFFRACTION99.54
3.66-4.030.22341520.15762024X-RAY DIFFRACTION99.59
4.03-4.610.21521510.13692018X-RAY DIFFRACTION99.86
4.61-5.810.19711540.13622049X-RAY DIFFRACTION99.95
5.81-48.640.19131590.14952106X-RAY DIFFRACTION99.65

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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