PDB-8q6k: Human IgD Fab in complex with an orthosteric inhibitor of Phl p 7

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8q6k

タイトル

Human IgD Fab in complex with an orthosteric inhibitor of Phl p 7

要素

(Human IgD Fab ...) x 2
Nanobody 072

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Fab / Phl p 7 / nanobody / IgD

機能・相同性

ACETATE ION

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Camelidae mixed library (哺乳類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Davies, A.M. / Vester, S.K. / McDonnell, J.M.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Antibodies / 年: 2023
タイトル: Expanding the Anti-Phl p 7 Antibody Toolkit: An Anti-Idiotype Nanobody Inhibitor.
著者: Vester, S.K. / Davies, A.M. / Beavil, R.L. / Sandhar, B.S. / Beavil, A.J. / Gould, H.J. / Sutton, B.J. / McDonnell, J.M.

履歴

登録	2023年8月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年12月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8q6k.cif.gz	237.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8q6k.ent.gz	188.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8q6k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8q6k_validation.pdf.gz	472.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8q6k_full_validation.pdf.gz	477 KB	表示
XML形式データ	8q6k_validation.xml.gz	23.9 KB	表示
CIF形式データ	8q6k_validation.cif.gz	32.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q6/8q6k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q6/8q6k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: Human IgD Fab light chain

H: Human IgD Fab heavy chain

N: Nanobody 072

ヘテロ分子

64.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.740, 71.041, 122.173
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
抗体 , 3種, 3分子 LHN

#1: 抗体	Human IgD Fab light chain 分子量: 22769.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pVitro / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	Human IgD Fab heavy chain 分子量: 25399.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pVitro / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体	Nanobody 072 分子量: 16013.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Camelidae mixed library (哺乳類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 4種, 161分子

#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#6: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.66 % / 解説: needle-like
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 15% PEG 8000, 0.1M sodium citrate and 0.05M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.6199 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.6199 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→61.09 Å / Num. obs: 34198 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 26.4 % / B_iso Wilson estimate: 35.23 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_pim(I) all: 0.062 / R_rim(I) all: 0.32 / Net I/σ(I): 9.5
反射シェル	解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 26.7 % / R_merge(I) obs: 3.335 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 2767 / CC_1/2: 0.611 / R_pim(I) all: 0.655 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19.2_4158: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
DIALS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→44.75 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.63 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2592	1698	4.98 %
R_work	0.2142	-	-
obs	0.2165	34098	99.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→44.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4248	0	49	148	4445

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	4438
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.555	6050
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.617	1545
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	664
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	785

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.16	0.3351	137	0.3283	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
2.16-2.23	0.3221	143	0.311	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
2.23-2.31	0.3206	144	0.2834	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.4	0.2829	138	0.2771	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4-2.51	0.3495	135	0.2566	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
2.51-2.65	0.3223	139	0.2559	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
2.65-2.81	0.277	140	0.2531	2660	X-RAY DIFFRACTION	100
2.81-3.03	0.3016	150	0.2385	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
3.03-3.33	0.2458	137	0.2164	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
3.33-3.82	0.2447	140	0.1956	2732	X-RAY DIFFRACTION	100
3.82-4.81	0.1978	144	0.1598	2743	X-RAY DIFFRACTION	100
4.81-44.75	0.2363	151	0.18	2875	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8736	0.8134	0.5877	1.0429	0.4086	0.3525	0.512	-0.8636	-0.08	-0.103	-0.3056	0.2278	0.8454	1.0807	0.4824	-1.5047	-0.2536	0.0127	0.6502	0.0672	0.2512	-0.9742	3.8797	25.2503
2	0.1111	-0.0162	-0.0741	0.0575	0.0776	0.0122	-0.2262	0.3216	0.7011	-0.6087	-0.0298	0.7229	-0.6138	-0.5113	0.0032	0.5051	0.0696	0.048	0.4147	-0.0773	0.3986	-13.1806	9.9978	42.4627
3	2.1167	-1.1301	-0.5112	1.5593	0.6643	1.9314	0.0691	0.0479	0.3711	-0.0606	0.2122	-0.0368	-2.2931	0.6086	0.5261	0.9246	-0.4671	-0.0126	0.4214	0.0025	0.282	0.2819	20.2529	9.752
4	1.7144	0.4603	-0.659	1.1215	-1.6115	1.0905	0.185	0.2398	-0.144	0.7315	-0.2457	0.2202	0.4041	0.1961	-0.1783	0.5592	-0.1185	0.0657	0.121	0.0016	0.3311	-2.3265	22.2593	-24.5201
5	2.0122	-0.3509	-0.8257	1.8919	-0.6767	1.2834	0.0187	0.0982	-0.2014	0.4734	-0.0894	0.5435	0.0021	-0.0424	-0.0531	0.3803	-0.0381	0.1147	0.1934	-0.0341	0.3631	-8.04	24.1879	-29.8243
6	0.961	0.5304	-0.7739	1.3948	-0.5217	1.5195	-0.2404	0.0964	-0.1615	-0.1463	0.3612	-0.1254	0.3463	0.9467	0.1781	0.3226	0.0803	0.0283	0.6632	-0.1392	0.3053	3.9473	-0.5346	0.5397
7	0.1364	0.3824	0.0855	0.7518	0.5981	0.3947	0.021	0.1396	-0.2132	-0.7991	0.0989	0.4984	-0.2397	0.3369	0.0605	0.3584	0.0132	-0.1345	0.4042	0.0222	0.2914	-5.3967	5.856	5.5032
8	0.4291	-0.3112	0.0161	0.8462	0.7851	4.2466	-0.0607	-0.1381	-0.1408	-0.0172	0.2996	-0.067	0.5002	1.0985	0.2021	0.2582	0.0009	0.0012	0.5222	-0.0445	0.315	0.1357	-0.0985	5.2431
9	-0.0509	0.3264	0.3569	0.2588	0.3136	0.3505	-0.1035	0.2183	-0.0128	-0.3471	0.1646	-0.0195	0.0868	-0.2045	-0.0001	0.3954	0.008	0.0837	0.2659	-0.0224	0.3912	0.6719	13.2433	-34.7469
10	0.2939	-0.3298	0.4997	2.3598	0.1755	0.7635	0.0873	-0.0778	-0.0434	0.4657	-0.2592	0.0019	-0.0255	-0.0886	-0.0743	0.4518	-0.0775	0.034	0.2149	0.0276	0.3382	0.5789	11.4735	-24.9176
11	0.9434	0.0744	0.4159	0.6208	0.5533	0.9148	-0.1226	-0.0388	0.0704	-0.3477	-0.0495	-0.4159	0.1845	0.2207	-0.0032	0.4528	0.0236	0.1007	0.2019	0.0401	0.4261	8.0884	9.5351	-33.2077
12	0.4392	0.2512	-0.0407	0.4876	-0.1419	0.0367	-0.146	-0.2421	-0.1325	0.1721	-0.1949	0.3169	0.6659	-0.7533	0	0.5977	-0.0546	0.0032	0.5072	0.0595	0.4521	-11.8062	-0.1917	36.5545
13	0.6876	0.2085	-0.4634	0.4396	-0.0208	0.4662	0.4253	-0.051	-0.3775	-0.4765	-0.7549	0.2067	0.3491	-0.0572	-0.0252	0.4971	0.1444	-0.0902	0.3342	-0.0027	0.3268	-3.1297	-2.5664	26.8795
14	1.5315	0.4269	-0.9438	0.676	-0.3192	0.7888	0.7028	0.2233	0.1747	-0.0425	-0.3615	-0.1854	-0.4607	0.6433	0.117	0.5346	-0.0006	-0.0315	0.4658	0.0136	0.2814	-2.386	8.4832	32.1933
15	0.7296	0.2728	-0.1621	1.7131	0.4808	0.6092	0.2674	0.0727	-0.323	1.1142	0.098	-0.1944	1.4566	0.8128	0.0825	0.6689	0.1758	-0.2483	0.5416	-0.0368	0.3661	-0.4003	-3.3164	37.3901
16	0.1863	-0.1893	-0.3839	0.6425	-0.239	1.4386	-0.0202	0.0522	-0.1054	-0.0772	0.4961	0.0222	-0.6001	0.8049	0.0947	0.2077	-0.008	-0.0191	0.4084	0.0218	0.314	-6.5907	6.7812	38.252
17	0.4127	-0.1485	0.4858	0.0831	-0.171	0.5298	-0.803	-0.6855	-0.0793	0.0592	0.0403	0.239	0.1332	0.6693	-0.18	0.1958	0.2119	-0.1277	1.2644	0.0646	0.3282	7.2252	-0.6112	23.0961

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'N' and (resid 109 through 122 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'N' and (resid 123 through 129 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'L' and (resid 2 through 105 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'L' and (resid 106 through 134 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'L' and (resid 135 through 217 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'H' and (resid 2 through 40 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'H' and (resid 41 through 51 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'H' and (resid 52 through 119 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'H' and (resid 120 through 145 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'H' and (resid 146 through 191 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'H' and (resid 192 through 225 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'N' and (resid 2 through 26 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'N' and (resid 27 through 40 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'N' and (resid 41 through 53 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'N' and (resid 54 through 84 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'N' and (resid 85 through 100 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'N' and (resid 101 through 108 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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抗体 , 3種, 3分子 LHN

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非ポリマー , 4種, 161分子

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詳細

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実験情報

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実験

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試料調製

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データ収集

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解析

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)