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- PDB-8q6e: Aerobic crystal structure of HIF prolyl hydroxylase 2 (PHD2 181-4... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8q6e
タイトルAerobic crystal structure of HIF prolyl hydroxylase 2 (PHD2 181-407) in complex with Fe(III), 2-oxoglutarate (2OG) and HIF2alpha-CODD peptide
要素
  • Egl nine homolog 1
  • Endothelial PAS domain-containing protein 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / 2OG oxygenases / oxygen sensor / jelly-roll
機能・相同性
機能・相同性情報


myoblast fate commitment / peptidyl-proline 4-dioxygenase activity / hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase activity / hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase / peptidyl-proline dioxygenase activity / negative regulation of cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / Cellular response to hypoxia / regulation protein catabolic process at postsynapse / regulation of protein neddylation / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells ...myoblast fate commitment / peptidyl-proline 4-dioxygenase activity / hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase activity / hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase / peptidyl-proline dioxygenase activity / negative regulation of cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / Cellular response to hypoxia / regulation protein catabolic process at postsynapse / regulation of protein neddylation / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / PTK6 Expression / intracellular oxygen homeostasis / labyrinthine layer development / cardiac muscle tissue morphogenesis / norepinephrine metabolic process / heart trabecula formation / regulation of modification of postsynaptic structure / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / surfactant homeostasis / L-ascorbic acid binding / epithelial cell maturation / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / response to nitric oxide / ventricular septum morphogenesis / blood vessel remodeling / embryonic placenta development / regulation of angiogenesis / regulation of heart rate / visual perception / Pexophagy / erythrocyte differentiation / mitochondrion organization / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / lung development / mRNA transcription by RNA polymerase II / ferrous iron binding / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / transcription coactivator binding / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of cold-induced thermogenesis / Neddylation / cellular response to hypoxia / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / angiogenesis / intracellular iron ion homeostasis / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / response to oxidative stress / postsynaptic density / response to hypoxia / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear speck / protein heterodimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / intracellular membrane-bounded organelle / glutamatergic synapse / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / HIF-1 alpha, transactivation domain, C-terminal / HIF-1 alpha C terminal transactivation domain / Hypoxia-inducible factor, alpha subunit-like / Hypoxia-inducible factor-1 / Nuclear translocator / Prolyl 4-hydroxylase alpha subunit, Fe(2+) 2OG dioxygenase domain / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Prolyl 4-hydroxylase, alpha subunit / Prolyl 4-hydroxylase alpha subunit homologues. ...: / HIF-1 alpha, transactivation domain, C-terminal / HIF-1 alpha C terminal transactivation domain / Hypoxia-inducible factor, alpha subunit-like / Hypoxia-inducible factor-1 / Nuclear translocator / Prolyl 4-hydroxylase alpha subunit, Fe(2+) 2OG dioxygenase domain / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Prolyl 4-hydroxylase, alpha subunit / Prolyl 4-hydroxylase alpha subunit homologues. / MYND finger / Zinc finger, MYND-type / Zinc finger MYND-type signature. / Zinc finger MYND-type profile. / Oxoglutarate/iron-dependent dioxygenase / Fe(2+) 2-oxoglutarate dioxygenase domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
2-OXOGLUTARIC ACID / : / Endothelial PAS domain-containing protein 1 / Egl nine homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.37 Å
データ登録者Fiorini, G. / Figg Jr, W.D. / Schofield, C.J.
資金援助 英国, 4件
組織認可番号国
Wellcome Trust 英国
University of Oxford, Medical Sciences Internal Fund (MSIF) 英国
Cancer Research UK 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC) 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: HIF prolyl hydroxylase 2 in complex with HIF2alpha-CODD
著者: Fiorini, G. / Figg Jr, W.D. / Schofield, C.J.
履歴
登録2023年8月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Egl nine homolog 1
B: Endothelial PAS domain-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6929
ポリマ－28,3462
非ポリマー3467
水4,432246
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3500 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area10480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)130.900, 38.120, 42.770
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Egl nine homolog 1 / Hypoxia-inducible factor prolyl hydroxylase 2 / HPH-2 / Prolyl hydroxylase domain-containing ...Hypoxia-inducible factor prolyl hydroxylase 2 / HPH-2 / Prolyl hydroxylase domain-containing protein 2 / PHD2 / SM-20


分子量: 26036.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EGLN1, C1orf12, PNAS-118, PNAS-137
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q9GZT9, hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase
#2: タンパク質・ペプチド Endothelial PAS domain-containing protein 1 / EPAS-1 / Basic-helix-loop-helix-PAS protein MOP2 / Class E basic helix-loop-helix protein 73 / ...EPAS-1 / Basic-helix-loop-helix-PAS protein MOP2 / Class E basic helix-loop-helix protein 73 / bHLHe73 / HIF-1-alpha-like factor / HLF / Hypoxia-inducible factor 2-alpha / HIF-2-alpha / HIF2-alpha / Member of PAS protein 2 / PAS domain-containing protein 2


分子量: 2309.544 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EPAS1, BHLHE73, HIF2A, MOP2, PASD2
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q99814

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非ポリマー , 5種, 253分子

#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 246 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.65 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: (10-35%) PEG 4K, 0.2 M ammonium acetate , 0.1 M sodium ammonium acetate trihydrate pH (4.1-5.6)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月13日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→43.61 Å / Num. obs: 52821 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 11.6 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 1.3→1.32 Å / Num. unique obs: 2130 / CC1/2: 0.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.2_4158: ???)精密化
DIALSデータスケーリング
xia2データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.37→42.77 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2053 2299 5.01 %
Rwork0.1797 --
obs0.181 45878 99.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.37→42.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1818 0 16 246 2080
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0131961
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2562674
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.516286
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.094285
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.016357
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.37-1.40.46581610.43152583X-RAY DIFFRACTION97
1.4-1.430.36861610.37612656X-RAY DIFFRACTION100
1.43-1.470.34021460.31032697X-RAY DIFFRACTION100
1.47-1.510.27491180.272691X-RAY DIFFRACTION100
1.51-1.550.29811570.25252668X-RAY DIFFRACTION100
1.55-1.60.28111410.22942686X-RAY DIFFRACTION100
1.6-1.660.24791390.21352726X-RAY DIFFRACTION100
1.66-1.730.23911380.18962701X-RAY DIFFRACTION100
1.73-1.80.21011380.17012700X-RAY DIFFRACTION100
1.8-1.90.19351340.16262735X-RAY DIFFRACTION100
1.9-2.020.211400.15982720X-RAY DIFFRACTION100
2.02-2.170.18541360.15352734X-RAY DIFFRACTION100
2.17-2.390.181390.1552778X-RAY DIFFRACTION100
2.39-2.740.19271450.16982764X-RAY DIFFRACTION100
2.74-3.450.16451630.16662770X-RAY DIFFRACTION100
3.45-42.770.19471430.16652970X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.863-0.4590.66882.0862-0.74483.4112-0.123-0.07320.21610.09990.0382-0.0422-0.2104-0.21010.07940.20710.0166-0.02670.1695-0.03630.267714.572424.65811.9505
21.3316-0.3163-0.26266.46023.22512.7411-0.0212-0.21270.05180.7870.0908-0.5775-0.0535-0.0127-0.07940.3830.0303-0.08380.28380.0360.264418.6736.534227.1875
31.6375-0.61990.21311.755-0.23831.1399-0.0242-0.0928-0.11850.11430.0372-0.04170.0544-0.0504-0.00530.1560.0007-0.02950.1393-0.00050.204314.32725.338611.6165
42.30640.0240.85371.3850.10062.09820.0259-0.0334-0.0530.0786-0.0127-0.2503-0.03270.1083-0.010.16210.002-0.03040.11860.00220.229624.64199.557810.5279
51.43780.0681-0.16331.19150.3451.7162-0.04550.0270.2399-0.02190.0306-0.1873-0.11990.1220.0050.19230.0089-0.03310.1534-0.00760.287924.706317.72347.7615
66.012-2.47024.99983.7961-4.31488.22080.05970.01170.1344-0.1005-0.0803-0.43050.11820.14590.01290.12980.01-0.00890.0949-0.03930.240228.128810.46485.5491
74.74081.01854.31621.28411.07135.4604-0.08990.1163-0.0146-0.04550.0362-0.0241-0.0033-0.02340.05180.1509-0.0053-0.00090.15160.00010.191610.5915.54213.3097
88.93080.54583.8092.629-1.60252.9246-0.03490.7836-0.5856-1.06070.1132-0.52620.870.1563-0.02890.3208-0.00040.02740.2297-0.05520.307522.90891.6881-5.1453
94.6868-3.7527-5.26223.57333.77326.1893-0.1430.4644-0.61970.1307-0.20260.49070.3313-0.59370.28610.2448-0.01560.00550.23430.02050.35946.96322.79726.4307
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 188 through 215 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 216 through 231 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 232 through 304 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 305 through 342 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 343 through 369 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 370 through 381 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 382 through 406 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 524 through 529 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 530 through 542 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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