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- PDB-8q69: Crystal structure of HsRNMT complexed with inhibitor DDD1060606 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8q69
タイトルCrystal structure of HsRNMT complexed with inhibitor DDD1060606
要素mRNA cap guanine-N7 methyltransferase
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Methyl transferase
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA cap methyltransferase RNMT:RAMAC complex / mRNA capping enzyme complex / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / mRNA Capping / 7-methylguanosine mRNA capping / cellular response to leukemia inhibitory factor / fibrillar center / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity ...mRNA cap methyltransferase RNMT:RAMAC complex / mRNA capping enzyme complex / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / mRNA Capping / 7-methylguanosine mRNA capping / cellular response to leukemia inhibitory factor / fibrillar center / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / receptor complex / RNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
mRNA cap guanine-N7 methyltransferase, eukaryotes / mRNA cap guanine-N7 methyltransferase / mRNA (guanine-N(7))-methyltransferase domain / mRNA (guanine-N(7))-methyltransferase domain / mRNA (guanine-N(7)-)-methyltransferase (EC 2.1.1.56) domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / mRNA cap guanine-N(7) methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.96 Å
データ登録者Petit, A.P. / Fyfe, P.K.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Not funded 英国
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2025
タイトル: Characterisation of RNA guanine-7 methyltransferase (RNMT) using a small molecule approach.
著者: Pearson, L.A. / Petit, A.P. / Mendoza Martinez, C. / Bellany, F. / Lin, D. / Niven, S. / Swift, R. / Eadsforth, T. / Fyfe, P. / Paul, M. / Postis, V. / Hu, X. / Cowling, V.H. / Gray, D.W.
履歴
登録2023年8月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月12日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: mRNA cap guanine-N7 methyltransferase
B: mRNA cap guanine-N7 methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,8079
ポリマ－65,1012
非ポリマー1,7067
水7,296405
1
A: mRNA cap guanine-N7 methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3574
ポリマ－32,5511
非ポリマー8073
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: mRNA cap guanine-N7 methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4505
ポリマ－32,5511
非ポリマー8994
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)39.195, 84.574, 81.966
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.03, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 mRNA cap guanine-N7 methyltransferase / RG7MT1 / mRNA (guanine-N(7))-methyltransferase / mRNA cap methyltransferase / hCMT1 / hMet / hcm1p


分子量: 32550.559 Da / 分子数: 2 / 変異: 416-455 GLGC / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RNMT, KIAA0398 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: O43148, mRNA (guanine-N7)-methyltransferase

-
非ポリマー , 5種, 412分子

#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-K7R / 1-[(3~{S})-3-(2~{H}-pyrazolo[3,4-b]pyridin-3-yl)piperidin-1-yl]-2-thiophen-3-yl-ethanone


分子量: 326.416 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H18N4OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 405 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.9 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M MES pH 6.3-6.9, 50 mM Na2SO4, 18-25 % PEG 6000
PH範囲: 6.3-6.9

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2017年8月1日
放射モノクロメーター: NA / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.96→42.29 Å / Num. obs: 36929 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 1.96→2.06 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.619 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 4597 / CC1/2: 0.65 / % possible all: 82.9
Serial crystallography sample delivery手法: fixed target

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.17.1_3660: ???)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.96→40.47 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.87 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2892 1723 4.69 %
Rwork0.2423 --
obs0.2444 36724 96.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.96→40.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4395 0 114 405 4914
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0054607
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8986173
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.001627
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047645
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003772
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.96-2.020.42361200.42012252X-RAY DIFFRACTION76
2.02-2.080.36851560.36922749X-RAY DIFFRACTION91
2.08-2.160.30561390.28972967X-RAY DIFFRACTION99
2.16-2.240.44611450.33332862X-RAY DIFFRACTION95
2.24-2.340.32331670.28892988X-RAY DIFFRACTION99
2.34-2.470.27481380.25943017X-RAY DIFFRACTION100
2.47-2.620.33821250.27423037X-RAY DIFFRACTION100
2.62-2.820.291620.25072998X-RAY DIFFRACTION100
2.82-3.110.28321450.2483000X-RAY DIFFRACTION100
3.11-3.560.27721360.21383057X-RAY DIFFRACTION100
3.56-4.480.24151350.19342999X-RAY DIFFRACTION99
4.48-40.470.2481550.20793075X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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