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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8q5u | ||||||
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タイトル | Endoglycosidase S2 in complex with IgG1 Fc | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / Antibody (抗体) / IgG / Fc / endoglycosidase S2 / EndoS2 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / complement activation, classical pathway / antigen binding / antibacterial humoral response / blood microparticle / carbohydrate metabolic process / extracellular exosome ...mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / complement activation, classical pathway / antigen binding / antibacterial humoral response / blood microparticle / carbohydrate metabolic process / extracellular exosome / metal ion binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Sudol, A.S.L. / Tews, I. / Crispin, M. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024 タイトル: The IgG-specific endoglycosidases EndoS and EndoS2 are distinguished by conformation and antibody recognition. 著者: Sudol, A.S.L. / Crispin, M. / Tews, I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8q5u.cif.gz | 2.5 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8q5u.ent.gz | 1.6 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8q5u.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q5/8q5u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q5/8q5u | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
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-要素
-タンパク質 , 2種, 6分子 ACBDEF
#1: タンパク質 | 分子量: 25544.967 Da / 分子数: 3 / 変異: L234C E382A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DKFZp686C11235 / 細胞株 (発現宿主): Freestyle HEK293-F cells / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6MZV7 #2: タンパク質 | 分子量: 92581.242 Da / 分子数: 3 / 変異: D184A E186L / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌) 遺伝子: endoS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8H2N1T2 |
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-糖 , 2種, 2分子
#3: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 1463.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 |
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#4: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 1260.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 |
-非ポリマー , 4種, 293分子
#5: 化合物 | ChemComp-GOL / #6: 化合物 | ChemComp-PGE / #7: 化合物 | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.78 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: Morpheus (Molecular Dimensions) conditon G12: 0.1 M carboxylic acids(0.2M Sodium formate; 0.2M Ammonium acetate; 0.2M Sodium citrate tribasic dihydrate; 0.2M Potassium sodium tartrate ...詳細: Morpheus (Molecular Dimensions) conditon G12: 0.1 M carboxylic acids(0.2M Sodium formate; 0.2M Ammonium acetate; 0.2M Sodium citrate tribasic dihydrate; 0.2M Potassium sodium tartrate tetrahydrate; 0.2M Sodium oxamate); 0.1 M buffer system 3(Tris (base); BICINE); pH 8.5; 37.5 v/v Precipitant Mix 4 (25% v/v MPD; 25% PEG 1000; 25% w/v PEG 3350) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→49.91 Å / Num. obs: 85926 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 27.5 % / Biso Wilson estimate: 77 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.187 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.191 / Net I/σ(I): 12.6 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.05 Å / Rmerge(I) obs: 2.614 / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 4250 / CC1/2: 0.64 / Rpim(I) all: 0.527 / Rrim(I) all: 2.668 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→49.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 46.453 / SU ML: 0.384 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.391 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 100.098 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→49.91 Å
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拘束条件 |
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