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万見
- PDB-8q5h: Human KMN network (outer kinetochore) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8q5h
タイトルHuman KMN network (outer kinetochore)
要素
  • (Kinetochore protein ...) x 2
  • (Kinetochore-associated protein ...) x 2
  • Kinetochore scaffold 1
  • Polyamine-modulated factor 1
  • Protein MIS12 homolog
キーワードCELL CYCLE / OUTER KINETOCHORE / KMN / COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Knl1/Spc105 complex / positive regulation of meiosis I spindle assembly checkpoint / homologous chromosome orientation in meiotic metaphase I / MIS12/MIND type complex / skeletal muscle satellite cell proliferation / Ndc80 complex / leucine zipper domain binding / acrosome assembly / regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / attachment of spindle microtubules to kinetochore ...Knl1/Spc105 complex / positive regulation of meiosis I spindle assembly checkpoint / homologous chromosome orientation in meiotic metaphase I / MIS12/MIND type complex / skeletal muscle satellite cell proliferation / Ndc80 complex / leucine zipper domain binding / acrosome assembly / regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / attachment of spindle microtubules to kinetochore / outer kinetochore / kinetochore assembly / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / protein localization to kinetochore / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / mitotic sister chromatid segregation / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Mitotic Prometaphase / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / acrosomal vesicle / mitotic spindle organization / chromosome segregation / RHO GTPases Activate Formins / kinetochore / fibrillar center / spindle pole / Separation of Sister Chromatids / azurophil granule lumen / microtubule binding / transcription regulator complex / transcription by RNA polymerase II / transcription coactivator activity / nuclear speck / nuclear body / cell division / intracellular membrane-bounded organelle / Neutrophil degranulation / nucleolus / Golgi apparatus / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Chromosome segregation protein Spc25, C-terminal / Kinetochore Mis14/Nsl1 / Kinetochore scaffold 1 / Knl1, C-terminal RWD domain / KNL1 MELT repeat / Kinetochore protein Spc25 / Chromosome segregation protein Spc25 / Kinetochore protein Mis14 like / Knl1 RWD C-terminal domain / MELT motif ...Chromosome segregation protein Spc25, C-terminal / Kinetochore Mis14/Nsl1 / Kinetochore scaffold 1 / Knl1, C-terminal RWD domain / KNL1 MELT repeat / Kinetochore protein Spc25 / Chromosome segregation protein Spc25 / Kinetochore protein Mis14 like / Knl1 RWD C-terminal domain / MELT motif / Nuclear MIS12/MIND complex subunit PMF1/Nnf1 / Centromere protein Mis12 / Nnf1 / Mis12 protein / Kinetochore-associated protein Dsn1/Mis13 / Mis12-Mtw1 protein family / Kinetochore-Ndc80 subunit Spc24 / Spc24 subunit of Ndc80
類似検索 - ドメイン・相同性
Polyamine-modulated factor 1 / Kinetochore protein Spc24 / Outer kinetochore KNL1 complex subunit KNL1 / Kinetochore-associated protein NSL1 homolog / Protein MIS12 homolog / Kinetochore-associated protein DSN1 homolog / Kinetochore protein Spc25
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Raisch, T. / Polley, S. / Vetter, I. / Musacchio, A. / Raunser, S.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024
タイトル: Structure of the human KMN complex and implications for regulation of its assembly.
著者: Soumitra Polley / Tobias Raisch / Sabrina Ghetti / Marie Körner / Melina Terbeck / Frauke Gräter / Stefan Raunser / Camilo Aponte-Santamaría / Ingrid R Vetter / Andrea Musacchio /
要旨: Biorientation of chromosomes during cell division is necessary for precise dispatching of a mother cell's chromosomes into its two daughters. Kinetochores, large layered structures built on ...Biorientation of chromosomes during cell division is necessary for precise dispatching of a mother cell's chromosomes into its two daughters. Kinetochores, large layered structures built on specialized chromosome loci named centromeres, promote biorientation by binding and sensing spindle microtubules. One of the outer layer main components is a ten-subunit assembly comprising Knl1C, Mis12C and Ndc80C (KMN) subcomplexes. The KMN is highly elongated and docks on kinetochores and microtubules through interfaces at its opposite extremes. Here, we combine cryogenic electron microscopy reconstructions and AlphaFold2 predictions to generate a model of the human KMN that reveals all intra-KMN interfaces. We identify and functionally validate two interaction interfaces that link Mis12C to Ndc80C and Knl1C. Through targeted interference experiments, we demonstrate that this mutual organization strongly stabilizes the KMN assembly. Our work thus reports a comprehensive structural and functional analysis of this part of the kinetochore microtubule-binding machinery and elucidates the path of connections from the chromatin-bound components to the force-generating components.
履歴
登録2023年8月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
4: Kinetochore protein Spc24
5: Kinetochore protein Spc25
A: Protein MIS12 homolog
B: Polyamine-modulated factor 1
D: Kinetochore-associated protein DSN1 homolog
K: Kinetochore scaffold 1
N: Kinetochore-associated protein NSL1 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)185,9747
ポリマ－185,9747
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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Kinetochore protein ... , 2種, 2分子 45

#1: タンパク質 Kinetochore protein Spc24 / hSpc24


分子量: 10344.515 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPC24, SPBC24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8NBT2
#2: タンパク質 Kinetochore protein Spc25 / hSpc25


分子量: 16285.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPC25, SPBC25, AD024 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HBM1

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タンパク質 , 3種, 3分子 ABK

#3: タンパク質 Protein MIS12 homolog


分子量: 24170.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MIS12 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9H081
#4: タンパク質 Polyamine-modulated factor 1 / PMF-1


分子量: 23368.311 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PMF1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q6P1K2
#6: タンパク質 Kinetochore scaffold 1 / ALL1-fused gene from chromosome 15q14 protein / AF15q14 / Bub-linking kinetochore protein / Blinkin ...ALL1-fused gene from chromosome 15q14 protein / AF15q14 / Bub-linking kinetochore protein / Blinkin / Cancer susceptibility candidate gene 5 protein / Cancer/testis antigen 29 / CT29 / Kinetochore-null protein 1 / Protein CASC5 / Protein D40/AF15q14


分子量: 38644.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KNL1, CASC5, KIAA1570 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8NG31

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Kinetochore-associated protein ... , 2種, 2分子 DN

#5: タンパク質 Kinetochore-associated protein DSN1 homolog


分子量: 40951.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DSN1, C20orf172, MIS13 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9H410
#7: タンパク質 Kinetochore-associated protein NSL1 homolog


分子量: 32208.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NSL1, C1orf48, DC31, DC8, MIS14 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q96IY1

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: KMN network / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影電子線照射量: 63.9 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 230597 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0039763
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.70713173
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.9481259
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0431452
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0061710

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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