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万見
- PDB-8q5d: PfRH5 bound to monoclonal antibody MAD10-466 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8q5d
タイトルPfRH5 bound to monoclonal antibody MAD10-466
要素
  • Monoclonal antibody MAD10-466 heavy chain
  • Monoclonal antibody MAD10-466 light chain
  • Reticulocyte-binding protein homolog 5
キーワードCELL ADHESION / Plasmodium falciparum / monoclonal antibody / PfRH5 / erythrocyte invasion
機能・相同性
機能・相同性情報


rhoptry lumen / rhoptry / symbiont entry into host / host cell membrane / bicellular tight junction / apical part of cell / heparin binding / cytoplasmic vesicle / host extracellular space / host cell surface receptor binding ...rhoptry lumen / rhoptry / symbiont entry into host / host cell membrane / bicellular tight junction / apical part of cell / heparin binding / cytoplasmic vesicle / host extracellular space / host cell surface receptor binding / symbiont entry into host cell / host cell plasma membrane / protein-containing complex / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Rh5 coiled-coil domain / Rh5 coiled-coil domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Reticulocyte-binding protein homolog 5
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Farrell, B. / Higgins, M.K.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust220797/Z/20/Z 英国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2024
タイトル: Natural malaria infection elicits rare but potent neutralizing antibodies to the blood-stage antigen RH5.
著者: Wang, L.T. / Cooper, A.J.R. / Farrell, B. / Miura, K. / Diouf, A. / Muller-Sienerth, N. / Crosnier, C. / Purser, L. / Kirtley, P.J. / Maciuszek, M. / Barrett, J.R. / McHugh, K. / Ogwang, R. / ...著者: Wang, L.T. / Cooper, A.J.R. / Farrell, B. / Miura, K. / Diouf, A. / Muller-Sienerth, N. / Crosnier, C. / Purser, L. / Kirtley, P.J. / Maciuszek, M. / Barrett, J.R. / McHugh, K. / Ogwang, R. / Tucker, C. / Li, S. / Doumbo, S. / Doumtabe, D. / Pyo, C.W. / Skinner, J. / Nielsen, C.M. / Silk, S.E. / Kayentao, K. / Ongoiba, A. / Zhao, M. / Nguyen, D.C. / Lee, F.E. / Minassian, A.M. / Geraghty, D.E. / Traore, B. / Seder, R.A. / Wilder, B.K. / Crompton, P.D. / Wright, G.J. / Long, C.A. / Draper, S.J. / Higgins, M.K. / Tan, J.
履歴
登録2023年8月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
改定 1.22024年12月18日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / entity / entity_name_com / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity.pdbx_description

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Reticulocyte-binding protein homolog 5
B: Monoclonal antibody MAD10-466 heavy chain
C: Monoclonal antibody MAD10-466 light chain
D: Reticulocyte-binding protein homolog 5
E: Monoclonal antibody MAD10-466 heavy chain
F: Monoclonal antibody MAD10-466 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,7996
ポリマ－175,7996
非ポリマー00
水00
1
A: Reticulocyte-binding protein homolog 5
B: Monoclonal antibody MAD10-466 heavy chain
C: Monoclonal antibody MAD10-466 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,9003
ポリマ－87,9003
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5320 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area32220 Å2
手法PISA
2
D: Reticulocyte-binding protein homolog 5
E: Monoclonal antibody MAD10-466 heavy chain
F: Monoclonal antibody MAD10-466 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,9003
ポリマ－87,9003
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5600 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area32040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.464, 140.414, 83.616
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.740, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Reticulocyte-binding protein homolog 5 / PfRH5


分子量: 40962.371 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
遺伝子: RH5, PFD1145c, PF3D7_0424100
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q8IFM5
#2: 抗体 Monoclonal antibody MAD10-466 heavy chain


分子量: 23360.291 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 Monoclonal antibody MAD10-466 light chain


分子量: 23576.967 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.57 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Buffer System 3 pH 8.5, 0.1 M Amino Acids, 30% v/v Precipitant Mix 1

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.95374 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95374 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→67.59 Å / Num. obs: 28799 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.952 / Net I/σ(I): 2.3
反射 シェル解像度: 3.2→3.26 Å / Num. unique obs: 1404 / CC1/2: 0.345

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4 (26-JUL-2023)精密化
PDB_EXTRACT3.28データ抽出
xia2データ削減
DIALSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.2→67.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.879 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.847 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.607
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3167 1464 5.11 %RANDOM
Rwork0.2719 ---
obs0.2742 28644 98.7 %-
原子変位パラメータBiso max: 180.55 Å2 / Biso mean: 100.89 Å2 / Biso min: 56.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.1405 Å20 Å2-20.3103 Å2
2--15.1166 Å20 Å2
3----5.9761 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.58 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.2→67.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11181 0 0 0 11181
残基数----1407
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3971SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1897HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it11435HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1537SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8490SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d11435HARMONIC20.007
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg15471HARMONIC20.92
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.54
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.88
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.23 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4415 35 6.11 %
Rwork0.4538 538 -
all0.453 573 -
obs--87.07 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.47110.25451.40081.21360.61944.2009-0.0123-0.1660.1923-0.080.18340.0955-0.14710.0847-0.1711-0.23660.008-0.1571-0.10340.0181-0.138217.04692.040751.7649
20.7905-0.1566-0.97696.59030.68423.0695-0.172-0.15660.138-0.10780.0208-0.15110.21380.10780.1513-0.01880.072-0.1131-0.27640.0935-0.2677-5.371-27.879719.4409
30.90031.34860.33747.5561.51242.18010.06510.12160.0553-0.2193-0.32080.08060.33320.28660.25570.11310.18970.0229-0.25050.1315-0.3644-0.384-27.05521.9057
40.8714-0.13040.48722.3862-0.3191.8813-0.05050.03690.1563-0.147-0.016-0.1296-0.29080.11450.06650.0658-0.0277-0.1306-0.23940.0109-0.1526-22.107425.464224.6511
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A157 - 502
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B2 - 218
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C1 - 210
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D157 - 498

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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