[日本語] English
万見
- PDB-8q4j: The crystal structure of human chloride intracellular channel pro... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8q4j
タイトルThe crystal structure of human chloride intracellular channel protein 5 delta 57-68 F34D mutant
要素Chloride intracellular channel protein 5
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / CLIC5B / p64 / metamorphic protein
機能・相同性
機能・相同性情報


stereocilium base / 酸化還元酵素; 含硫化合物に対し酸化酵素として働く / Sensory processing of sound by outer hair cells of the cochlea / chloride transport / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / chloride channel activity / chloride channel complex / visual perception / female pregnancy / sensory perception of sound ...stereocilium base / 酸化還元酵素; 含硫化合物に対し酸化酵素として働く / Sensory processing of sound by outer hair cells of the cochlea / chloride transport / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / chloride channel activity / chloride channel complex / visual perception / female pregnancy / sensory perception of sound / actin cytoskeleton / cell cortex / mitochondrial inner membrane / oxidoreductase activity / apical plasma membrane / centrosome / Golgi apparatus / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能
CLIC5, C-terminal GST domain / Intracellular chloride channel / : / CLIC-like N-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Thioredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chloride intracellular channel protein 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Manori, B. / Giladi, M. / Haitin, Y.
資金援助 イスラエル, 1件
組織認可番号国
Israel Science Foundation1653/21 イスラエル
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Chloride intracellular channel (CLIC) proteins function as fusogens.
著者: Manori, B. / Vaknin, A. / Vankova, P. / Nitzan, A. / Zaidel-Bar, R. / Man, P. / Giladi, M. / Haitin, Y.
履歴
登録2023年8月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
B: Chloride intracellular channel protein 5
A: Chloride intracellular channel protein 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2543
ポリマ－51,1582
非ポリマー961
水45025
1
B: Chloride intracellular channel protein 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6752
ポリマ－25,5791
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Chloride intracellular channel protein 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5791
ポリマ－25,5791
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)129.688, 220.290, 45.478
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

#1: タンパク質 Chloride intracellular channel protein 5


分子量: 25579.115 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CLIC5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NZA1
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.26 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M BIS-TRIS pH 7.0, 30% Polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.886 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.886 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.505→45.478 Å / Num. obs: 22925 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.126 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 2.51→2.66 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.13 / Num. unique obs: 3596 / CC1/2: 0.503 / Rrim(I) all: 1.975

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.2_4158: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.51→42.42 Å / SU ML: 0.55 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.74 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2756 1146 5 %
Rwork0.241 --
obs0.2428 22911 99.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.51→42.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3205 0 5 25 3235
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053273
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.714471
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.293469
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042515
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01593
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.51-2.620.47781380.45462619X-RAY DIFFRACTION98
2.62-2.760.39991400.36672674X-RAY DIFFRACTION100
2.76-2.930.34591430.34092693X-RAY DIFFRACTION100
2.93-3.160.38821420.35032696X-RAY DIFFRACTION100
3.16-3.470.34771460.27082720X-RAY DIFFRACTION100
3.47-3.980.28971370.22662719X-RAY DIFFRACTION100
3.98-5.010.20881470.18982756X-RAY DIFFRACTION99
5.01-42.420.22831530.20392888X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.60250.21162.27431.82790.20114.1218-0.35230.02650.52260.44690.207-0.138-0.2438-0.1182-0.03380.60760.05340.01340.68210.02260.509419.100864.56028.6103
23.19380.4208-0.7313.57131.75654.92380.416-0.51590.47730.2645-0.22130.01320.34970.0912-0.07080.53720.01020.0360.7636-0.03820.646710.920965.865411.4924
33.466-0.78810.07282.5582-0.01561.71350.18280.4606-0.271-0.29470.04090.12190.0772-0.1789-0.15980.45780.00870.01570.585-0.0030.39819.919948.8766-2.0482
44.9522.0369-0.11385.4335-0.42750.798-0.1960.13611.47740.14720.27680.8294-0.4074-0.1582-0.10380.6950.0544-0.14040.6422-0.04221.42179.6577100.776715.6453
53.23780.76220.54013.2727-0.05062.3298-0.22110.25491.0713-0.3164-0.0381-0.4025-0.2287-0.0040.12810.5652-0.0155-0.02370.5002-0.05390.87519.632387.809614.9817
63.73770.94070.59024.52420.13282.0841-0.0105-0.58920.94740.3686-0.1468-0.4045-0.47120.14690.13830.62020.037-0.00020.6768-0.18870.767424.472286.000923.2652
72.49622.021-0.64833.0777-1.00483.23190.055-0.6290.35131.1901-0.0456-0.09230.2338-0.3214-0.02730.92930.14390.17851.1291-0.2520.83056.282180.079729.8722
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 25 through 57 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 58 through 95 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 96 through 251 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 27 through 95 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 96 through 130 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 131 through 233 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 234 through 251 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る