PDB-8q4i: The crystal structure of human chloride intracellular channel pro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8q4i

タイトル

The crystal structure of human chloride intracellular channel protein 5 delta 57-68

要素

Chloride intracellular channel protein 5

キーワード

LIPID BINDING PROTEIN / CLIC5B / p64 / metamorphic protein

機能・相同性

機能・相同性情報

stereocilium base / 酸化還元酵素; 含硫化合物に対し酸化酵素として働く / Sensory processing of sound by outer hair cells of the cochlea / chloride transport / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / chloride channel activity / chloride channel complex / visual perception / female pregnancy / sensory perception of sound ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Manori, B. / Giladi, M. / Haitin, Y.

資金援助

イスラエル, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Chloride intracellular channel (CLIC) proteins function as fusogens.
著者: Manori, B. / Vaknin, A. / Vankova, P. / Nitzan, A. / Zaidel-Bar, R. / Man, P. / Giladi, M. / Haitin, Y.

履歴

登録	2023年8月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年3月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8q4i.cif.gz	212.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8q4i.ent.gz	141.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8q4i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q4/8q4i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q4/8q4i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8q4jC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.15151/ESRF-ES-1018419442 / データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (4) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (4) #167 - 2013年11月 SNAREタンパク質 (SNARE Proteins) 類似性 (1) #19 - 2001年7月アクチン (Actin) 類似性 (1)

登録構造単位

B: Chloride intracellular channel protein 5

A: Chloride intracellular channel protein 5

ヘテロ分子

51.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Chloride intracellular channel protein 5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
25.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Chloride intracellular channel protein 5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
25.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	130.128, 220.832, 45.023
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁
Space group name Hall	C2c2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z+1/2 #4: -x,-y,z+1/2 #5: x+1/2,y+1/2,z #6: x+1/2,-y+1/2,-z #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

#1: タンパク質	Chloride intracellular channel protein 5 分子量: 25611.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CLIC5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NZA1
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.04 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M BIS-TRIS pH 7.0, 30% Polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.886 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.886 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→45.023 Å / Num. obs: 38486 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 16.7 % / B_iso Wilson estimate: 52.12 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_rim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 19.1
反射シェル	解像度: 2.1→2.23 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 3926 / CC_1/2: 0.815 / R_rim(I) all: 0.684

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→42.56 Å / SU ML: 0.3079 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.939
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2529	2002	5.21 %
R_work	0.2322	36407	-
obs	0.2333	38409	99.67 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 74.65 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→42.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3209	0	10	49	3268

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0054	3281
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.713	4477
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	514
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0061	590
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.5984	1111

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.15	0.4046	137	0.3804	2517	X-RAY DIFFRACTION	97.83
2.15-2.21	0.374	137	0.3405	2555	X-RAY DIFFRACTION	99.52
2.21-2.28	0.3516	141	0.3314	2558	X-RAY DIFFRACTION	99.74
2.28-2.35	0.3669	145	0.2962	2563	X-RAY DIFFRACTION	99.74
2.35-2.43	0.3023	140	0.2785	2558	X-RAY DIFFRACTION	99.63
2.43-2.53	0.2425	137	0.2383	2576	X-RAY DIFFRACTION	99.63
2.53-2.65	0.2618	142	0.2282	2602	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.65-2.79	0.2804	145	0.2381	2578	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.79-2.96	0.3186	142	0.2659	2590	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.96-3.19	0.3419	142	0.2771	2606	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.19-3.51	0.2924	145	0.2432	2621	X-RAY DIFFRACTION	100
3.51-4.02	0.2164	145	0.2167	2629	X-RAY DIFFRACTION	99.96
4.02-5.06	0.207	150	0.1958	2666	X-RAY DIFFRACTION	99.96
5.06-42.56	0.2215	154	0.2139	2788	X-RAY DIFFRACTION	99.83

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.46540177074	-1.50950900386	-2.63568230518	7.64365000156	1.58058310642	4.47374361658	0.0909385375901	0.631797440939	0.596733616057	0.0268749480457	0.0963055308673	-0.243698993759	-0.109533587537	0.117313201372	-0.0334768330831	0.477767823307	-0.0261281711435	0.0167472482182	0.784467815269	0.0495727075634	0.368810471878	21.7604560235	65.8297567584	12.5647375339
2	6.40807288308	-1.29729295142	-2.31465999451	5.89420624705	1.60632706274	5.7627879773	0.0127100597602	-0.066302291679	0.0870683797063	0.211822771375	0.10236266849	0.137415116208	0.245016731247	-0.324735602145	-0.0840823997432	0.350578375874	0.00469481451315	0.0291191174915	0.705770557956	0.0178092830461	0.393183019501	12.3550710162	65.1129145027	9.14889351809
3	2.63317206983	-1.31423536064	-0.350606313213	2.54345693322	-0.372478075236	1.34474684689	0.14943612428	0.425632356135	-0.0249719986527	-0.296724691223	-0.065372074034	0.0720850106407	0.0193500976557	-0.252916127477	-0.0923924999728	0.391659250482	0.00261923769092	-0.00327948910654	0.702180849431	0.0308356348861	0.361419294008	19.4288138569	49.5229267756	-3.05012433016
4	8.48003030669	5.82215132019	0.592858717484	4.31681898191	-0.362965809251	3.15934412064	-0.246093136167	-1.1298255177	-1.15645387412	2.11563650015	0.233013613716	-0.86146200529	1.27970315491	-0.22166415522	0.057579529512	0.81655030165	-0.0761414612451	-0.0149848270012	0.956639390321	0.232528077094	0.723265517725	29.7914264321	38.0244406316	15.8823806732
5	5.31383910202	-0.442757508079	-0.636812845286	3.70963529131	-1.13552964982	4.85470661674	-0.000552380762072	0.135854906373	1.29749544628	-0.0619231349618	0.273498127735	1.40047649251	0.0602578568571	-0.45714624467	-0.271125415869	0.757262979002	0.029707306852	-0.118779183399	0.604157724739	-0.0509821521689	1.47177948952	9.62694841007	100.634939219	15.65186681
6	4.06220174271	1.56041559242	0.677196067879	6.43157406467	-0.701793863236	3.41086030159	-0.214435780413	-0.376196943945	0.693451394223	0.0929288910817	0.0771147515219	-0.575762459152	-0.211756435503	0.167932319371	0.114198792824	0.414698663382	0.0627424044368	0.0158764519467	0.584621777075	-0.167807339231	0.624844159573	23.5194104429	85.3830038675	20.464358571
7	7.43549091712	4.50966162534	-0.715215308909	8.64250233901	0.0517856994048	5.24188222184	0.291927635559	-1.38479663454	1.79748569764	1.12409406846	-0.530561358736	0.918473851728	-0.280156578296	-0.330814259414	0.24635753704	0.67288440197	0.204873806514	0.0533454467356	0.892127805914	-0.233259005513	0.967864716353	11.6442433281	88.529117633	28.2464678634

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'B' and (resid 25 through 44 )	B	A	25 - 44	1 - 20
2	2	chain 'B' and (resid 45 through 95 )	B	A	45 - 95	21 - 71
3	3	chain 'B' and (resid 96 through 241 )	B	A	96 - 241	72 - 217
4	4	chain 'B' and (resid 242 through 251 )	B	A	242 - 251	218 - 227
5	5	chain 'A' and (resid 27 through 95 )	A	B	27 - 95	1 - 69
6	6	chain 'A' and (resid 96 through 223 )	A	B	96 - 223	70 - 188
7	7	chain 'A' and (resid 224 through 250 )	A	B	224 - 250	189 - 215

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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