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- PDB-8q40: Crystal structure of cA4 activated Can2 in complex with a cleaved... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8q40
タイトルCrystal structure of cA4 activated Can2 in complex with a cleaved DNA substrate
要素
  • Cyclic tetraadenosine monophosphate (cA4)
  • DNA (5'-D(*TP*CP*A)-3')
  • DUF1887 family protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Can2 / cyclic oligoadenylates / cA4 / CARF / CRISPR ancillary nuclease / Protein-DNA complex
機能・相同性tRNA endonuclease-like domain superfamily / Restriction endonuclease type II-like / nucleic acid binding / metal ion binding / : / : / DNA / RNA / DUF1887 family protein
機能・相同性情報
生物種Thermoanaerobacter brockii subsp. finnii Ako-1 (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.21 Å
データ登録者Jungfer, K. / Sigg, A. / Jinek, M.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)ERC-CoG-820152European Union
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2024
タイトル: Substrate selectivity and catalytic activation of the type III CRISPR ancillary nuclease Can2.
著者: Jungfer, K. / Sigg, A. / Jinek, M.
履歴
登録2023年8月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DUF1887 family protein
B: DUF1887 family protein
D: DNA (5'-D(*TP*CP*A)-3')
C: DNA (5'-D(*TP*CP*A)-3')
X: Cyclic tetraadenosine monophosphate (cA4)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,76310
ポリマ－109,4885
非ポリマー2755
水3,153175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, protein:ligand complex
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9140 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area35510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.696, 79.062, 94.579
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.360, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 DUF1887 family protein


分子量: 51400.473 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermoanaerobacter brockii subsp. finnii Ako-1 (バクテリア)
遺伝子: Thebr_0943 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E8URK0
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*CP*A)-3')


分子量: 2707.826 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Thermoanaerobacter brockii subsp. finnii Ako-1 (バクテリア)
#3: RNA鎖 Cyclic tetraadenosine monophosphate (cA4)


タイプ: Polycyclic / クラス: Antiviral / 分子量: 1271.866 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: Cyclic oligoadenylates such as c-tetraAMP were found to be novel bacterial second messengers. Antiviral in context of signalling for Type III CRISPR-Cas systems.
由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: BIRD: PRD_002431
#4: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細CRISPR-Cas systems provide bacteria with adaptive immunity against bacteriophages. Cyclic ...CRISPR-Cas systems provide bacteria with adaptive immunity against bacteriophages. Cyclic oligoadenylate signaling was found to be essential for the type III system against the jumbo phage.
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.02 % / 解説: plate-shaped crystals
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 50 mM Tris pH 8, 17.1% (v/v) PEG 550 MME, 4.3% (w/v) PEG 2000

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.21→47.12 Å / Num. obs: 37882 / % possible obs: 88.65 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 40.4 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.06794 / Rpim(I) all: 0.0291 / Rrim(I) all: 0.07404 / Net I/σ(I): 16.52
反射 シェル解像度: 2.21→2.289 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.7591 / Mean I/σ(I) obs: 2.24 / Num. unique obs: 2076 / CC1/2: 0.867 / Rpim(I) all: 0.3229 / Rrim(I) all: 0.8267 / % possible all: 48.97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20_4459精密化
autoPROC20230726データスケーリング
XDS20220110データ削減
Coot0.9.8.9モデル構築
PHASER2.7.16位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.21→47.12 Å / SU ML: 0.2508 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.0748
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2359 1864 4.92 %
Rwork0.1962 36018 -
obs0.1983 37882 88.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 50.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.21→47.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7230 82 93 175 7580
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00347574
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.628710220
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04581106
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00311260
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.73652842
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.21-2.270.4706400.28861068X-RAY DIFFRACTION33.94
2.27-2.330.29151530.24523116X-RAY DIFFRACTION99.88
2.33-2.410.27251610.23123122X-RAY DIFFRACTION99.85
2.41-2.50.28251600.23383094X-RAY DIFFRACTION99.97
2.5-2.590.29751540.24873106X-RAY DIFFRACTION99.97
2.6-2.710.3111110.25812033X-RAY DIFFRACTION65.47
2.71-2.860.32511660.2473097X-RAY DIFFRACTION99.91
2.86-3.040.26571470.23573152X-RAY DIFFRACTION99.91
3.04-3.270.26371690.23073075X-RAY DIFFRACTION100
3.27-3.60.25651450.20612613X-RAY DIFFRACTION83.12
3.6-4.120.23781290.17442222X-RAY DIFFRACTION71.2
4.12-5.190.17271580.14613127X-RAY DIFFRACTION99.91
5.19-47.120.18481710.16493193X-RAY DIFFRACTION99.82
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0599007-0.346365246578-0.4317368417041.43677407745-0.6445322160651.632309099620.101191431344-0.354647209237-0.04523145994840.320520565864-0.29542964572-0.1410267507760.07084324319290.160953436195-0.0816530995250.250664993636-0.0306032487367-0.070585748790.3865616101130.08385531075160.27179715201926.7744457447-7.7521196219850.5317164792
20.6085115795990.193261695612-0.4997137587280.1934424767260.2260620777041.18580500088-0.040277331270.0702340748213-0.0835445524301-0.03072413452470.09504015288390.00172981592726-0.172699193386-0.125803906306-0.01045424588160.2617012510590.04211481048170.02427806540170.3143810479150.06946231028610.33936827992730.8668808738-3.157466766493.98577237488
31.040783176690.0843783733947-0.2148315736990.1746873550510.2706554147471.20065625462-0.06971632547240.08474786764560.026467236249-0.0363980850070.00262083946076-0.0252093518066-0.2042158542950.111061562095-7.44325000023E-50.401745199390.05419751814230.01418941318760.305720897690.06827409214370.36223872360827.3096818970.3953768097519.87323477482
41.199634171820.2991203931930.1951147691380.7590419558730.08937347745681.426757450490.107533210541-0.2998490936430.08451422596360.110793288-0.2075298621890.118994400236-0.0456633787016-0.219367376966-0.001644315627580.249857593940.04048649451120.03113972767420.375360932668-0.06577641396310.3543109797851.32010839768-1.8300505684643.4081033134
50.8201261949710.1887704523280.5397842036621.182055431340.9557288794681.788382153740.03339305762240.4403317985210.0424373309047-0.373833423157-0.00432511918653-0.00186754129461-0.116457942878-0.08566467646170.0002243157686690.4878740832580.0227260263754-0.003973542907730.395334855646-0.002246040274940.3857238663320.84829453814-19.3685941221-6.37527878339
61.272281353710.253066484281-0.2688893331531.330582406310.3740719986741.48040093604-0.117424266538-0.0439411695919-0.158073112691-0.01145546748660.004204464498460.02058771553750.1461700011990.0228566905857-1.96434518364E-80.3352043004760.0490257870099-0.01766750915860.2697937752020.02431516975520.2984232274055.29415734519-17.279991275721.5127152023
70.2690357753720.1292988624870.1186455195660.124442461498-0.05612624450520.31060649344-0.2110621580760.224461307637-0.390881847872-0.01035077594180.05627257572640.2689440439650.4606603872530.0715947866695-0.02053603883991.427213426650.04663588061250.2951061194150.5688130514030.04974963336391.1317763203923.0765799536-6.853761020815.35074449096
80.02048368319860.005039533820980.008135015805750.0240068788855-0.01772476571570.0195847294219-0.684668839718-0.01283756040620.2604222200910.273707285237-0.5685338873530.188805189113-0.0851094978307-0.131881987185.7827397446E-51.080857478190.1393080411110.09552765100590.8867359239390.08763195177190.8981455448887.52697338906-12.72472978426.59332839078
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 146 )AA1 - 1461 - 146
22chain 'A' and (resid 147 through 242 )AA147 - 242147 - 242
33chain 'A' and (resid 243 through 437 )AA243 - 437243 - 437
44chain 'B' and (resid 1 through 184 )BB1 - 1841 - 184
55chain 'B' and (resid 185 through 300 )BB185 - 300185 - 300
66chain 'B' and (resid 301 through 437 )BB301 - 437301 - 437
77chain 'D' and (resid 1 through 3 )DF1 - 3
88chain 'C' and (resid 1 through 3 )CH1 - 3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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