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Yorodumi- PDB-8q43: Crystal structure of cA4-bound Can2 (E341A) in complex with oligo... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8q43 | ||||||
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Title | Crystal structure of cA4-bound Can2 (E341A) in complex with oligo-C DNA | ||||||
Components |
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Keywords | DNA BINDING PROTEIN / Can2 / cyclic oligoadenylates / cA4 / CARF / CRISPR ancillary nuclease / Protein-DNA complex | ||||||
Function / homology | tRNA endonuclease-like domain superfamily / Restriction endonuclease type II-like / nucleic acid binding / metal ion binding / : / : / DNA / RNA / DUF1887 family protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Thermoanaerobacter brockii subsp. finnii Ako-1 (bacteria) synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.28 Å | ||||||
Authors | Jungfer, K. / Sigg, A. / Jinek, M. | ||||||
Funding support | European Union, 1items
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Citation | Journal: Nucleic Acids Res. / Year: 2024 Title: Substrate selectivity and catalytic activation of the type III CRISPR ancillary nuclease Can2. Authors: Jungfer, K. / Sigg, A. / Jinek, M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8q43.cif.gz | 420.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8q43.ent.gz | 302.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8q43.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8q43_validation.pdf.gz | 465.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8q43_full_validation.pdf.gz | 484.4 KB | Display | |
Data in XML | 8q43_validation.xml.gz | 33.1 KB | Display | |
Data in CIF | 8q43_validation.cif.gz | 46.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q4/8q43 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q4/8q43 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8q3yC 8q3zC 8q40C 8q41C 8q42C 8q44C C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 51342.438 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: E341A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Thermoanaerobacter brockii subsp. finnii Ako-1 (bacteria) Gene: Thebr_0943 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: E8URK0 #2: DNA chain | Mass: 1690.133 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically Source: (synth.) Thermoanaerobacter brockii subsp. finnii Ako-1 (bacteria) #3: RNA chain | | Type: Polycyclic / Class: Antiviral / Mass: 1271.866 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically Details: Cyclic oligoadenylates such as c-tetraAMP were found to be novel bacterial second messengers. Antiviral in context of signalling for Type III CRISPR-Cas systems. Source: (synth.) synthetic construct (others) / References: BIRD: PRD_002431 #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Compound details | CRISPR-Cas systems provide bacteria with adaptive immunity against bacteriophages. Cyclic ...CRISPR-Cas systems provide bacteria with adaptive immunity against bacteriophages. Cyclic oligoadenylate signaling was found to be essential for the type III system against the jumbo phage. | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.93 Å3/Da / Density % sol: 36.3 % / Description: plate-shaped crystals |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 Details: 50 mM Tris pH 8, 17.1% (v/v) PEG 550 MME, 4.3% (w/v) PEG 2000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06DA / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M-F / Detector: PIXEL / Date: Apr 7, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.28→49.1 Å / Num. obs: 33741 / % possible obs: 91.2 % / Redundancy: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 38.91 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.08559 / Rpim(I) all: 0.03553 / Rrim(I) all: 0.09281 / Net I/σ(I): 13.05 |
Reflection shell | Resolution: 2.28→2.362 Å / Redundancy: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.6021 / Mean I/σ(I) obs: 2.96 / Num. unique obs: 3660 / CC1/2: 0.918 / Rpim(I) all: 0.244 / Rrim(I) all: 0.6503 / % possible all: 99.84 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.28→49.1 Å / SU ML: 0.3298 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 26.5409 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 54.06 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.28→49.1 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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