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- PDB-8q2p: Structure of the membrane integral lipoprotein N-acyltransferase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8q2p
タイトルStructure of the membrane integral lipoprotein N-acyltransferase Lnt from E. coli by using Se-MAG for the the lipid cubic phase crystallization
要素Apolipoprotein N-acyltransferase
キーワードTRANSFERASE / co-crystallization / experimental phasing / lipoprotein N-acyltransferase / selenium-sulfur hydrogen bond / seleno-monoacylglyceride / X-ray scattering
機能・相同性
機能・相同性情報


apolipoprotein N-acyltransferase / N-acyltransferase activity / lipoprotein biosynthetic process / outer membrane-bounded periplasmic space / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Apolipoprotein N-acyltransferase / Apolipoprotein N-acyltransferase, N-terminal / Apolipoprotein N-acyltransferase N-terminal domain / Carbon-nitrogen hydrolase superfamily / Carbon-nitrogen hydrolase / Carbon-nitrogen hydrolase domain profile. / Carbon-nitrogen hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-METHOXY-2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHANE / Apolipoprotein N-acyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Huang, C.-Y. / Boland, C. / Kaki, S.S. / Wang, M. / Olieric, V. / Caffrey, M.
資金援助European Union, アイルランド, 2件
組織認可番号国
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission701647European Union
Science Foundation Ireland16/IA/4435 アイルランド
引用ジャーナル: Crystals / 年: 2023
タイトル: Se-MAG Is a Convenient Additive for Experimental Phasing and Structure Determination of Membrane Proteins Crystallised by the Lipid Cubic Phase (In Meso) Method
著者: Boland, C. / Huang, C.Y. / Shanker Kaki, S. / Wang, M. / Olieric, V. / Caffrey, M.
履歴
登録2023年8月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apolipoprotein N-acyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,70127
ポリマ－56,8231
非ポリマー7,87826
水5,441302
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1620 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area21990 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)156.610, 48.790, 75.970
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Apolipoprotein N-acyltransferase / ALP N-acyltransferase / Copper homeostasis protein CutE


分子量: 56823.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: lnt, cutE, b0657, JW0654 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P23930, apolipoprotein N-acyltransferase

-
非ポリマー , 5種, 328分子

#2: 化合物
ChemComp-IRY / [(2~{S})-2,3-bis(oxidanyl)propyl] 8-hexylselanyloctanoate


分子量: 381.409 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H34O4Se / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-PG5 / 1-METHOXY-2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHANE / トリグライム


分子量: 178.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 302 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6
詳細: 0.1 M MES-NaOH pH 6.0, 8 %(v/v) MPD, and 0.4 M sodium or potassium thiocyanate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.97939 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97939 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→43.02 Å / Num. obs: 87726 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 80.88 % / Biso Wilson estimate: 27.21 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rrim(I) all: 0.31 / Net I/σ(I): 19.4
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 4.28 % / Mean I/σ(I) obs: 0.88 / Num. unique obs: 6484 / CC1/2: 0.99 / Rrim(I) all: 2.95 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSVERSION Feb 5, 2021 BUILT=20210323データ削減
XSCALEVERSION Feb 5, 2021 BUILT=20210323データスケーリング
SHELXCDVersion 2016/1位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→43.02 Å / SU ML: 0.2201 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.2948
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2236 2321 5 %
Rwork0.1843 44101 -
obs0.1863 46422 99.17 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 31.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→43.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4294 0 164 302 4760
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00434654
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.82056209
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0487666
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071745
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d29.7366914
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.940.41771330.39882530X-RAY DIFFRACTION99.03
1.94-1.980.26171350.2442563X-RAY DIFFRACTION100
1.98-2.030.26261370.20382611X-RAY DIFFRACTION100
2.03-2.080.26111340.19382545X-RAY DIFFRACTION100
2.08-2.130.24261370.18542594X-RAY DIFFRACTION100
2.13-2.20.24031360.17642583X-RAY DIFFRACTION100
2.2-2.270.55631170.3332252X-RAY DIFFRACTION87.32
2.27-2.350.21151370.17062602X-RAY DIFFRACTION100
2.35-2.440.21091380.16282614X-RAY DIFFRACTION100
2.44-2.550.17631350.1562571X-RAY DIFFRACTION100
2.55-2.690.17751380.15722610X-RAY DIFFRACTION100
2.69-2.860.22361370.1592611X-RAY DIFFRACTION100
2.86-3.080.19241380.16772626X-RAY DIFFRACTION100
3.08-3.390.18211380.16542619X-RAY DIFFRACTION100
3.39-3.880.20521400.17252650X-RAY DIFFRACTION99.68
3.88-4.880.21331420.16342705X-RAY DIFFRACTION99.93
4.88-43.020.21191490.20082815X-RAY DIFFRACTION99.76

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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