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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8q2o | |||||||||
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タイトル | Structure of alginate transporter AlgE from P. aeruginosa PAO1 by using Se-MAG for the the lipid cubic phase crystallization | |||||||||
要素 | Alginate production protein AlgE | |||||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / alginate transporter / co-crystallization / experimental phasing / seleno-monoacylglyceride / X-ray scattering | |||||||||
機能・相同性 | Alginate export domain / Alginate export / alginic acid biosynthetic process / cell outer membrane / クエン酸 / : / Alginate production protein AlgE 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Huang, C.-Y. / Boland, C. / Kaki, S.S. / Wang, M. / Olieric, V. / Caffrey, M. | |||||||||
資金援助 | European Union, アイルランド, 2件
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引用 | ジャーナル: Crystals / 年: 2023 タイトル: Se-MAG Is a Convenient Additive for Experimental Phasing and Structure Determination of Membrane Proteins Crystallised by the Lipid Cubic Phase (In Meso) Method 著者: Boland, C. / Huang, C.Y. / Shanker Kaki, S. / Wang, M. / Olieric, V. / Caffrey, M. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8q2o.cif.gz | 141.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8q2o.ent.gz | 99.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8q2o.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q2/8q2o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q2/8q2o | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8q2pC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 53502.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) 遺伝子: algE, alg76, PA3544 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P18895 |
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-非ポリマー , 7種, 341分子
#2: 化合物 | ChemComp-FLC / | ||||||||||
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#3: 化合物 | ChemComp-NA / #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-IRY / [( 分子量: 381.409 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H34O4Se / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.24 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5.6 詳細: 41 %(v/v) PEG400, 100 mM LiSO4, and 0.1 M sodium citrate at pH 5.6 PH範囲: 5.6-6.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.97794 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97794 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→44.63 Å / Num. obs: 102477 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 45.88 % / Biso Wilson estimate: 21.87 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rrim(I) all: 0.21 / Net I/σ(I): 17.63 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 9.73 % / Mean I/σ(I) obs: 1.61 / Num. unique obs: 7616 / CC1/2: 0.66 / Rrim(I) all: 1.64 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.7→44.63 Å / SU ML: 0.2135 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.6501 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.13 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→44.63 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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