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- PDB-8q2n: Cas1-Cas2 CRISPR integrase bound to prespacer and target DNA, Str... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8q2n
タイトルCas1-Cas2 CRISPR integrase bound to prespacer and target DNA, Streptococcus thermophilus DGCC 7710 CRISPR3 system
要素
  • (CRISPR-associated ...) x 2
  • (Integration target, chain ...) x 2
  • (Prespacer DNA, chain ...) x 2
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Cas1-Cas2 integrase / CRISPR-Cas / prespacer / CRISPR leader / CRISPR repeat / spacer acquisition
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of CRISPR repeat elements / RNA endonuclease activity / DNA endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
CRISPR-associated protein Cas1, NMENI subtype / CRISPR-associated endonuclease Cas2 / Virulence-associated protein D / CRISPR associated protein Cas2 / CRISPR associated protein Cas2 / : / CRISPR-associated protein Cas1 / CRISPR-associated endonuclease Cas1, C-terminal domain / CRISPR associated protein Cas1
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / CRISPR-associated endonuclease Cas1 / CRISPR-associated endoribonuclease Cas2
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus thermophilus DGCC 7710 (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.98 Å
データ登録者Sasnauskas, G. / Gaizauskaite, U. / Tamulaitiene, G.
資金援助リトアニア, 1件
組織認可番号国
Research Council of LithuaniaS-MIP-19-32リトアニア
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Structural basis for spacer acquisition in a type II-A CRISPR-Cas system
著者: Sasnauskas, G. / Gaizauskaite, U. / Tamulaitiene, G.
履歴
登録2023年8月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CRISPR-associated endoribonuclease Cas2
B: CRISPR-associated endonuclease Cas1
C: CRISPR-associated endonuclease Cas1
D: CRISPR-associated endoribonuclease Cas2
E: CRISPR-associated endonuclease Cas1
F: CRISPR-associated endonuclease Cas1
G: Prespacer DNA, chain G
H: Prespacer DNA, chain H
I: Integration target, chain I
J: Integration target, chain J
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)213,91012
ポリマ－213,86110
非ポリマー492
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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CRISPR-associated ... , 2種, 6分子 ADBCEF

#1: タンパク質 CRISPR-associated endoribonuclease Cas2


分子量: 13431.560 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus thermophilus DGCC 7710 (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
遺伝子: cas2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: G3ECR3, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: タンパク質
CRISPR-associated endonuclease Cas1


分子量: 35363.461 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus thermophilus DGCC 7710 (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
遺伝子: cas1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: G3ECR2, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素

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Prespacer DNA, chain ... , 2種, 2分子 GH

#3: DNA鎖 Prespacer DNA, chain G


分子量: 8062.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 Prespacer DNA, chain H


分子量: 7917.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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Integration target, chain ... , 2種, 2分子 IJ

#5: DNA鎖 Integration target, chain I


分子量: 14729.506 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#6: DNA鎖 Integration target, chain J


分子量: 14835.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 1種, 2分子

#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Cas1-Cas2 CRISPR integrase bound to prespacer and target DNA, Streptococcus thermophilus DGCC 7710 CRISPR3 system
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#6 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Streptococcus thermophilus DGCC 7710 (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1100 mMNaCl1
22 mMcalcium acetateCa(OAc)21
310 mMTris-HCl1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: OTHER / 倍率（公称値）: 92000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影平均露光時間: 46.33 sec. / 電子線照射量: 29.7 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3129

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.2.1+230427粒子像選択
2EPU3.2画像取得
7UCSF ChimeraX1.5モデルフィッティング
8Coot0.9.8.1モデルフィッティング
13cryoSPARC4.2.1+230427３次元再構成
14PHENIX1.21rc1_4903モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 1557793 / 詳細: blob picking in cryoSPARC live session
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.98 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 82944 / 詳細: Non-uniform refinement in cryoSPARC / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model
精密化交差検証法: NONE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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