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- EMDB-18113: Cas1-Cas2 CRISPR integrase bound to prespacer and target DNA, Str... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18113
タイトルCas1-Cas2 CRISPR integrase bound to prespacer and target DNA, Streptococcus thermophilus DGCC 7710 CRISPR3 system
マップデータMap autosharpened using phenix.auto_sharpen_1.21rc1-4903 and b_iso_to_d_cut
試料
  • 複合体: Cas1-Cas2 CRISPR integrase bound to prespacer and target DNA, Streptococcus thermophilus DGCC 7710 CRISPR3 system
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated endoribonuclease Cas2
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated endonuclease Cas1
    • DNA: Prespacer DNA, chain G
    • DNA: Prespacer DNA, chain H
    • DNA: Integration target, chain I
    • DNA: Integration target, chain J
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードCas1-Cas2 integrase / CRISPR-Cas / prespacer / CRISPR leader / CRISPR repeat / spacer acquisition / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of CRISPR repeat elements / RNA endonuclease activity / DNA endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
CRISPR-associated protein Cas1, NMENI subtype / CRISPR-associated endonuclease Cas2 / Virulence-associated protein D / CRISPR associated protein Cas2 / CRISPR associated protein Cas2 / : / CRISPR-associated protein Cas1 / CRISPR-associated endonuclease Cas1, C-terminal domain / CRISPR associated protein Cas1
類似検索 - ドメイン・相同性
CRISPR-associated endonuclease Cas1 / CRISPR-associated endoribonuclease Cas2
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus thermophilus DGCC 7710 (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.98 Å
データ登録者Sasnauskas G / Gaizauskaite U / Tamulaitiene G
資金援助リトアニア, 1件
OrganizationGrant number国
Research Council of LithuaniaS-MIP-19-32リトアニア
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Structural basis for spacer acquisition in a type II-A CRISPR-Cas system
著者: Sasnauskas G / Gaizauskaite U / Tamulaitiene G
履歴
登録2023年8月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年8月14日-
マップ公開2024年8月14日-
更新2024年8月14日-
現状2024年8月14日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_18113.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18113.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map autosharpened using phenix.auto_sharpen_1.21rc1-4903 and b_iso_to_d_cut
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.1 Å/pix.
x 320 pix.
= 352. Å		1.1 Å/pix.
x 320 pix.
= 352. Å		1.1 Å/pix.
x 320 pix.
= 352. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 6.0
最小 - 最大-25.895664 - 51.043835000000001
平均 (標準偏差)-0.000000000003314 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 352.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_18113_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Unsharpened main map

ファイルemd_18113_additional_1.map
注釈Unsharpened main map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_18113_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_18113_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cas1-Cas2 CRISPR integrase bound to prespacer and target DNA, Str...

全体名称: Cas1-Cas2 CRISPR integrase bound to prespacer and target DNA, Streptococcus thermophilus DGCC 7710 CRISPR3 system
要素
  • 複合体: Cas1-Cas2 CRISPR integrase bound to prespacer and target DNA, Streptococcus thermophilus DGCC 7710 CRISPR3 system
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated endoribonuclease Cas2
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated endonuclease Cas1
    • DNA: Prespacer DNA, chain G
    • DNA: Prespacer DNA, chain H
    • DNA: Integration target, chain I
    • DNA: Integration target, chain J
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: Cas1-Cas2 CRISPR integrase bound to prespacer and target DNA, Str...

超分子名称: Cas1-Cas2 CRISPR integrase bound to prespacer and target DNA, Streptococcus thermophilus DGCC 7710 CRISPR3 system
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Streptococcus thermophilus DGCC 7710 (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)

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分子 #1: CRISPR-associated endoribonuclease Cas2

分子名称: CRISPR-associated endoribonuclease Cas2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
由来(天然)生物種: Streptococcus thermophilus DGCC 7710 (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
分子量理論値: 13.43156 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MSYRYMRMIL MFDMPTDTAE ERKAYRKFRK FLLSEGFIMH QFSVYSKLLL NHTANTAMVG RLKANNPKKG NITILTVTEK QFARMIYLY GDKNTSIANS EERLVFLGDN YCDED

UniProtKB: CRISPR-associated endoribonuclease Cas2

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分子 #2: CRISPR-associated endonuclease Cas1

分子名称: CRISPR-associated endonuclease Cas1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
由来(天然)生物種: Streptococcus thermophilus DGCC 7710 (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
分子量理論値: 35.363461 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MAGWRTVVVN IHSKLSYKNN HLIFRNSYKT EMIHLSEIDI LLLETTDIVL TTMLVKRLVD ENILVIFCDD KRLPTAFLTP YYARHDSSL QIARQIAWKE NVKCEVWTAI IAQKILNQSY YLGECSFFEK SQSIMELYHG LERFDPSNRE GHSARIYFNT L FGNDFTRE ...文字列:
MAGWRTVVVN IHSKLSYKNN HLIFRNSYKT EMIHLSEIDI LLLETTDIVL TTMLVKRLVD ENILVIFCDD KRLPTAFLTP YYARHDSSL QIARQIAWKE NVKCEVWTAI IAQKILNQSY YLGECSFFEK SQSIMELYHG LERFDPSNRE GHSARIYFNT L FGNDFTRE SDNDINAALD YGYTLLLSMF AREVVVCGCM TQIGLKHANQ FNQFNLASDI MEPFRPIIDR IVYQNRHNNF VK IKKELFS IFSETYLYNG KEMYLSNIVS DYTKKVIKAL NQLGEEIPEF RILESGWSHP QFEKA

UniProtKB: CRISPR-associated endonuclease Cas1

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分子 #3: Prespacer DNA, chain G

分子名称: Prespacer DNA, chain G / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 8.062258 KDa
配列文字列:
(DA)(DA)(DA)(DC)(DA)(DC)(DC)(DA)(DG)(DA) (DA)(DC)(DG)(DA)(DG)(DT)(DA)(DG)(DT)(DA) (DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)

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分子 #4: Prespacer DNA, chain H

分子名称: Prespacer DNA, chain H / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 7.917082 KDa
配列文字列:
(DT)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC) (DG)(DT)(DT)(DC)(DT)(DG)(DG)(DT)(DG)(DT) (DT)(DT)(DC)(DT)(DC)(DG)

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分子 #5: Integration target, chain I

分子名称: Integration target, chain I / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 14.729506 KDa
配列文字列:
(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DG)(DG)(DT)(DT)(DT) (DT)(DG)(DG)(DA)(DA)(DC)(DC)(DA)(DT)(DT) (DC)(DG)(DA)(DA)(DA)(DC)(DA)(DA)(DC) (DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DA) (DA) (DA)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)

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分子 #6: Integration target, chain J

分子名称: Integration target, chain J / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 14.835518 KDa
配列文字列:
(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DG)(DG)(DT)(DT)(DT) (DT)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DG) (DT)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT)(DC)(DG)(DA) (DA)(DT)(DG)(DG)(DT)(DT)(DC)(DC)(DA)(DA) (DA) (DA)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)

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分子 #7: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
100.0 mMNaCl
2.0 mMCa(OAc)2calcium acetate
10.0 mMTris-HCl
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3129 / 平均露光時間: 46.33 sec. / 平均電子線量: 29.7 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 92000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1557793 / 詳細: blob picking in cryoSPARC live session
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: ab-initio cryoSPARC
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.98 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1+230427) / 詳細: Non-uniform refinement in cryoSPARC / 使用した粒子像数: 82944
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
得られたモデル

PDB-8q2n:
Cas1-Cas2 CRISPR integrase bound to prespacer and target DNA, Streptococcus thermophilus DGCC 7710 CRISPR3 system

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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