PDB-8q2g: X-ray structure of LysECD7 endolysin against Gram-negative bacteria

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8q2g

タイトル

X-ray structure of LysECD7 endolysin against Gram-negative bacteria

要素

Peptidoglycan L-alanyl-D-glutamate endopeptidase

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / Endolysins / Bacteriophage lytic enzymes / Gram-negative bacteria / Antibacterial therapy / Antimicrobial agents / ANTIBIOTIC

機能・相同性

Peptidase M15C / D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase / Hedgehog signalling/DD-peptidase zinc-binding domain superfamily / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / peptidase activity / Peptidoglycan L-alanyl-D-glutamate endopeptidase

機能・相同性情報

生物種

Escherichia phage ECD7 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.49 Å

データ登録者

Prudnikova, T. / Grinkevich, P. / Vasina, D.V.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Biomed.Sci. / 年: 2024
タイトル: Development of novel antimicrobials with engineered endolysin LysECD7-SMAP to combat Gram-negative bacterial infections.
著者: Vasina, D.V. / Antonova, N.P. / Gushchin, V.A. / Aleshkin, A.V. / Fursov, M.V. / Fursova, A.D. / Gancheva, P.G. / Grigoriev, I.V. / Grinkevich, P. / Kondratev, A.V. / Kostarnoy, A.V. / ...

履歴

登録	2023年8月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年7月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年8月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8q2g.cif.gz	42.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8q2g.ent.gz	27.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8q2g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8q2g_validation.pdf.gz	420 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8q2g_full_validation.pdf.gz	423.7 KB	表示
XML形式データ	8q2g_validation.xml.gz	7.7 KB	表示
CIF形式データ	8q2g_validation.cif.gz	9.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q2/8q2g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q2/8q2g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#192 - 2015年12月バンコマイシン (Vancomycin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptidoglycan L-alanyl-D-glutamate endopeptidase

16.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.568, 82.334, 64.604
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	21
Space group name H-M	C222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-230- HOH
2	1	A-244- HOH
3	1	A-246- HOH

#1: タンパク質	Peptidoglycan L-alanyl-D-glutamate endopeptidase 分子量: 16117.479 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia phage ECD7 (ファージ) 遺伝子: cwlK / プラスミド: pET42b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A220NTE5
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.3 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.2 M Ammonium sulfate, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350 pH 6.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.49→42.174 Å / Num. obs: 10864 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 6 % / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 13.04
反射シェル	解像度: 2.49→2.56 Å / Num. unique obs: 3326 / CC_1/2: 0.81 / % possible all: 93.83

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
Arcimboldo		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.49→42.174 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.905 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.845 / WR_factor R_free: 0.337 / WR_factor R_work: 0.263 / SU B: 18.5 / SU ML: 0.384 / Average fsc free: 0.6957 / Average fsc work: 0.7566 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.497 / ESU R Free: 0.383 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.358	691	9.835 %
R_work	0.2675	6335	-
all	0.276	-	-
obs	-	7026	95.657 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 58.967 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.324 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.36 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.036 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.49→42.174 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1005	0	0	46	1051

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.012	1039
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.175	1.639	1401
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.56	5	125
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	24.991	21.154	52
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.957	15	189
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	25.294	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.102	0.2	123
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	781
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.244	0.2	535
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.312	0.2	682
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.201	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.392	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.303	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.873	5.743	503
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.023	8.61	627
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.045	6.075	536
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.229	8.908	774
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.418	76.109	1619

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.49-2.555	0.487	58	0.464	429	0.467	519	0.496	0.539	93.8343	0.402
2.555-2.625	0.416	58	0.426	451	0.425	518	0.492	0.49	98.2626	0.367
2.625-2.7	0.464	54	0.403	439	0.41	501	0.421	0.531	98.4032	0.318
2.7-2.783	0.392	45	0.376	442	0.378	492	0.601	0.518	98.9837	0.321
2.783-2.874	0.37	51	0.371	414	0.371	477	0.547	0.642	97.4843	0.306
2.874-2.974	0.386	43	0.309	401	0.317	456	0.732	0.741	97.3684	0.265
2.974-3.086	0.314	54	0.266	379	0.272	449	0.783	0.833	96.4365	0.237
3.086-3.211	0.394	29	0.282	379	0.288	428	0.707	0.822	95.3271	0.25
3.211-3.353	0.45	35	0.273	348	0.29	406	0.701	0.831	94.335	0.258
3.353-3.516	0.361	30	0.258	364	0.265	408	0.746	0.861	96.5686	0.241
3.516-3.705	0.351	36	0.3	324	0.304	381	0.821	0.869	94.4882	0.272
3.705-3.927	0.354	25	0.275	307	0.281	353	0.818	0.88	94.051	0.262
3.927-4.196	0.304	35	0.221	285	0.23	338	0.877	0.919	94.6746	0.228
4.196-4.528	0.227	24	0.181	278	0.184	317	0.922	0.941	95.2681	0.169
4.528-4.955	0.278	33	0.185	249	0.196	296	0.922	0.946	95.2703	0.181
4.955-5.53	0.471	28	0.186	228	0.21	272	0.852	0.943	94.1176	0.186
5.53-6.368	0.456	16	0.217	208	0.231	241	0.903	0.913	92.9461	0.215
6.368-7.755	0.337	19	0.21	174	0.221	208	0.87	0.915	92.7885	0.213
7.755-10.786	0.188	11	0.21	148	0.208	172	0.919	0.925	92.4419	0.229
10.786-42.174	0.434	7	0.408	88	0.41	109	0.89	0.846	87.156	0.914

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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