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- PDB-8q2f: Cytochrome P450 BM3 aMOx-A heme domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8q2f
タイトルCytochrome P450 BM3 aMOx-A heme domain
要素Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Cytochrome P450 monooxygenase / Anti-Markovnikov oxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


aromatase activity / NADPH-hemoprotein reductase / NADPH-hemoprotein reductase activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / unspecific monooxygenase / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / iron ion binding / heme binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bifunctional cytochrome P450/NADPH--cytochrome P450 reductase / Sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component-like, FAD-binding / NADPH-cytochrome p450 reductase, FAD-binding, alpha-helical domain superfamily / FAD binding domain / Flavodoxin-like / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding ...Bifunctional cytochrome P450/NADPH--cytochrome P450 reductase / Sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component-like, FAD-binding / NADPH-cytochrome p450 reductase, FAD-binding, alpha-helical domain superfamily / FAD binding domain / Flavodoxin-like / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / Flavoprotein-like superfamily / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Priestia megaterium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.43 Å
データ登録者Klaus, C. / Kowal, J.L. / Hammer, S.C. / Niemann, H.H.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)420112577 ドイツ
引用
ジャーナル: Chemrxiv / 年: 2024
タイトル: Directed Evolution Enables Dynamic Control of Transient Intermediates for Anti-Markovnikov Wacker-Tsuji-Type Oxidation of Unactivated Alkenes
著者: Klaus, C. / Soler, J. / Kubik, G. / Gumulya, Y. / Hui, Y. / Watkins-Dulaney, E.J. / Heitland, ML. / Sommer, M. / Klein, A. / Kowal, J.L. / Niemann, H.H. / Arnold, F.H. / Garcia-Borras.M. / Hammer, S.C.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2012
タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine.
著者: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D.
履歴
登録2023年8月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
B: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
C: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
D: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
E: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
F: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)332,58653
ポリマ－325,5186
非ポリマー7,06847
水00
1
A: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
B: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,03020
ポリマ－108,5062
非ポリマー2,52418
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
D: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,68115
ポリマ－108,5062
非ポリマー2,17513
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
F: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,87518
ポリマ－108,5062
非ポリマー2,36916
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)167.440, 167.440, 364.743
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.0169568915392, 0.998936743713, -0.0428701048372), (-0.997837091677, 0.0196305774152, 0.0627357864674), (0.0635106471598, 0.0417135768039, 0.997109008688)47.9742252378, 52.2516590111, 6.85737131238
2given(0.0103370812904, -0.996726215393, 0.080187257709), (0.99978798146, 0.00887400193264, -0.018580748593), (0.0178083373444, 0.0803623272323, 0.996606622235)52.4253472076, -52.0322757751, -11.4383337624
3given(0.366333277622, -0.57431699316, 0.732092836377), (-0.677957536882, 0.374150033221, 0.632760089469), (-0.637317431027, -0.728128933643, -0.25229892608)74.4604189056, 34.5867860549, 60.6847175061
4given(-0.331842369184, 0.605006284479, -0.723773471298), (0.738797703766, -0.310394721878, -0.598191499054), (-0.586565081576, -0.733227462914, -0.343975133847)58.5790878394, -70.342111067, -25.6304052406
5given(0.302164837431, -0.623490231385, 0.72107998335), (0.724392046896, -0.341517984584, -0.598850255572), (0.619639067049, 0.703296095235, 0.348456638641)126.68832125, 15.4485829636, -47.1885036263

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要素

#1: タンパク質
Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase / Cytochrome P450(BM-3) / Cytochrome P450BM-3 / Fatty acid monooxygenase / Flavocytochrome P450 BM3


分子量: 54253.023 Da / 分子数: 6
変異: A44M, S72H, M77E, A78I, A82C, A87A, T88L, S89V, P142A, I174V, T175I, A184V, M212F, S226R, D232C, H236Q, E252G, Y256D, T269L, A290V, G315D, A328S, L353V, I366V, T372M, T436H
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Priestia megaterium (バクテリア)
遺伝子: cyp102A1, cyp102, BG04_163 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P14779, unspecific monooxygenase, NADPH-hemoprotein reductase
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.68 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: reservoir solution: 2.4 M ammonium sulfate, 0.1 M MES pH 5.5, 5 mM magnesium acetate; protein solution: 9 mg/ml in 20 mM Tris pH 7.5, 200 mM NaCl; drop size: 200 nl protein + 100 nl reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.43→123.34 Å / Num. obs: 69594 / % possible obs: 97.94 % / 冗長度: 25.3 % / Biso Wilson estimate: 100.32 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.5703 / Rpim(I) all: 0.1134 / Rrim(I) all: 0.5818 / Net I/σ(I): 10.25
反射 シェル解像度: 3.43→3.553 Å / 冗長度: 9.3 % / Rmerge(I) obs: 2.99 / Mean I/σ(I) obs: 0.71 / Num. unique obs: 6271 / CC1/2: 0.245 / Rrim(I) all: 3.153 / % possible all: 79.73

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.2_4158: ???)精密化
Cootモデル構築
PHENIX位相決定
XDSVERSION Jan 10, 2022 BUILT=20220220データ削減
XDSVERSION Jan 10, 2022 BUILT=20220220データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.43→123.34 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.32 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2257 3444 5.01 %
Rwork0.1749 --
obs0.1774 68782 97.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.43→123.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22228 0 462 0 22690
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00423219
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6631436
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.8298763
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0433328
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0054085
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.43-3.480.427710.40691314X-RAY DIFFRACTION50
3.48-3.530.42351370.34172584X-RAY DIFFRACTION99
3.53-3.580.33351380.28852625X-RAY DIFFRACTION100
3.58-3.640.29561390.26262651X-RAY DIFFRACTION100
3.64-3.690.32941380.24212610X-RAY DIFFRACTION100
3.7-3.760.27791380.22722629X-RAY DIFFRACTION100
3.76-3.830.2591380.21292622X-RAY DIFFRACTION100
3.83-3.90.2491390.19872646X-RAY DIFFRACTION100
3.9-3.980.20871380.18752619X-RAY DIFFRACTION100
3.98-4.070.23951390.18312640X-RAY DIFFRACTION100
4.07-4.160.24011390.18372643X-RAY DIFFRACTION100
4.16-4.270.24121390.17332641X-RAY DIFFRACTION100
4.27-4.380.20421400.1652647X-RAY DIFFRACTION100
4.38-4.510.231390.14572657X-RAY DIFFRACTION100
4.51-4.660.17061400.1362645X-RAY DIFFRACTION100
4.66-4.820.21011390.14782651X-RAY DIFFRACTION100
4.82-5.010.22221400.152656X-RAY DIFFRACTION100
5.02-5.240.22181410.15742677X-RAY DIFFRACTION100
5.24-5.520.21921400.16442670X-RAY DIFFRACTION100
5.52-5.860.21591410.15862675X-RAY DIFFRACTION100
5.87-6.320.23581420.16372696X-RAY DIFFRACTION100
6.32-6.950.20531440.15952726X-RAY DIFFRACTION100
6.95-7.960.21611440.15172733X-RAY DIFFRACTION100
7.96-10.030.16451450.12532770X-RAY DIFFRACTION100
10.03-123.340.19681560.17982911X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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