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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8q22 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Vanadium-dependent haloperoxidase R425S mutant in complex with 1,3,5-trimethoxybenzene (A. marina) | ||||||
要素 | Vanadium-dependent bromoperoxidase, putative | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Vanadium / Enzyme Catalysis / Peroxidase / Halogenation / Mutant / Ligand-Complex | ||||||
機能・相同性 | Bromoperoxidase/chloroperoxidase C-terminal / : / Phosphatidic acid phosphatase type 2/haloperoxidase superfamily / peroxidase activity / : / PHOSPHATE ION / Vanadium-dependent bromoperoxidase, putative 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Acaryochloris marina (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å | ||||||
データ登録者 | Zeides, P. / Bellmannn-Sickert, K. / Zhang, R. / Seel, C.J. / Most, V. / Schroeder, C.T. / Groll, M. / Gulder, T. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: to be published タイトル: Unraveling the Molecular Basis of Substrate Specificity and Halogen Activation in Vanadium-Dependent Haloperoxidases 著者: Zeides, P. / Bellmannn-Sickert, K. / Zhang, R. / Seel, C.J. / Most, V. / Schroeder, C.T. / Groll, M. / Gulder, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8q22.cif.gz | 258.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8q22.ent.gz | 210.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8q22.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8q22_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8q22_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8q22_validation.xml.gz | 23 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8q22_validation.cif.gz | 31.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q2/8q22 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q2/8q22 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8q20C 8q21C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 12||||||||
単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 73040.531 Da / 分子数: 1 / 変異: R452S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Acaryochloris marina (バクテリア) 遺伝子: AM1_4975 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B0C4R0 | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-PO4 / | ||
#3: 化合物 | ChemComp-ILW / 分子量: 168.190 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H12O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION | ||
#4: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.84 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M TRIS, 1.25 M ammoniumdihydrogenphosphate, 0.5 mM potassium vanadate, 10 mM 1,3,5-trimethoxybenzene |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.3→30 Å / Num. obs: 17934 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 9.6 |
反射 シェル | 解像度: 3.3→3.4 Å / Rmerge(I) obs: 0.629 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 1528 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.3→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 46.631 / SU ML: 0.322 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.463 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 142.82 Å2 / Biso mean: 83.809 Å2 / Biso min: 70.71 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.3→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.3→3.385 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 19.3154 Å / Origin y: 4.7758 Å / Origin z: 44.4646 Å
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