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万見
- PDB-8q22: Crystal structure of Vanadium-dependent haloperoxidase R425S muta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8q22
タイトルCrystal structure of Vanadium-dependent haloperoxidase R425S mutant in complex with 1,3,5-trimethoxybenzene (A. marina)
要素Vanadium-dependent bromoperoxidase, putative
キーワードOXIDOREDUCTASE / Vanadium / Enzyme Catalysis / Peroxidase / Halogenation / Mutant / Ligand-Complex
機能・相同性Bromoperoxidase/chloroperoxidase C-terminal / : / Phosphatidic acid phosphatase type 2/haloperoxidase superfamily / peroxidase activity / : / PHOSPHATE ION / Vanadium-dependent bromoperoxidase, putative
機能・相同性情報
生物種Acaryochloris marina (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Zeides, P. / Bellmannn-Sickert, K. / Zhang, R. / Seel, C.J. / Most, V. / Schroeder, C.T. / Groll, M. / Gulder, T.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Unraveling the molecular basis of substrate specificity and halogen activation in vanadium-dependent haloperoxidases.
著者: Zeides, P. / Bellmann-Sickert, K. / Zhang, R. / Seel, C.J. / Most, V. / Schoeder, C.T. / Groll, M. / Gulder, T.
履歴
登録2023年8月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22025年3月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vanadium-dependent bromoperoxidase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,3505
ポリマ－73,0411
非ポリマー3094
水00
1
A: Vanadium-dependent bromoperoxidase, putative
ヘテロ分子
x 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)880,19660
ポリマ－876,48612
非ポリマー3,71048
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation26_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation31_555-z,-x,y1
crystal symmetry operation36_555-y,-z,x1
crystal symmetry operation52_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation54_555z,-x,-y1
crystal symmetry operation59_555y,-z,-x1
crystal symmetry operation75_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation80_555-z,x,-y1
crystal symmetry operation82_555-y,z,-x1
Buried area107380 Å2
ΔGint-922 kcal/mol
Surface area200160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)305.800, 305.800, 305.800
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number210
Space group name H-MF4132

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要素

#1: タンパク質 Vanadium-dependent bromoperoxidase, putative


分子量: 73040.531 Da / 分子数: 1 / 変異: R452S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acaryochloris marina (バクテリア)
遺伝子: AM1_4975 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B0C4R0
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ILW / 1,3,5-trimethoxybenzene


分子量: 168.190 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H12O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M TRIS, 1.25 M ammoniumdihydrogenphosphate, 0.5 mM potassium vanadate, 10 mM 1,3,5-trimethoxybenzene

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→30 Å / Num. obs: 17934 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 3.3→3.4 Å / Rmerge(I) obs: 0.629 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 1528

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.3→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 46.631 / SU ML: 0.322 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.463 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2485 895 5 %RANDOM
Rwork0.2163 ---
obs0.218 17015 94.22 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 142.82 Å2 / Biso mean: 83.809 Å2 / Biso min: 70.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4931 0 19 0 4950
Biso mean--99.72 --
残基数----639
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.0135061
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174527
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1911.6456871
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0461.57910534
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0565638
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.65123.11283
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.08315801
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.9251531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0340.2636
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.025825
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021044
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.11939585
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.385 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.408 66 -
Rwork0.405 1252 -
all-1318 -
obs--95.44 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 19.3154 Å / Origin y: 4.7758 Å / Origin z: 44.4646 Å
111213212223313233
T0.0074 Å2-0.0042 Å2-0.0057 Å2-0.0033 Å20.0024 Å2--0.0056 Å2
L0.1676 °2-0.0226 °20.0068 °2-0.0535 °2-0.0234 °2--0.1239 °2
S0.0236 Å °-0.0145 Å °-0.0119 Å °0.0069 Å °-0.0074 Å °-0.007 Å °0.0086 Å °0.0052 Å °-0.0161 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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