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- PDB-8q1z: Crystal Structure of Human Vaccinia-related kinase 2 (VRK-2) boun... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8q1z
タイトルCrystal Structure of Human Vaccinia-related kinase 2 (VRK-2) bound to JA-296
要素Serine/threonine-protein kinase VRK2
キーワードTRANSFERASE / inhibitor / kinase / VRK2
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of interleukin-1-mediated signaling pathway / Nuclear Envelope Breakdown / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / RHOD GTPase cycle / regulation of MAPK cascade / RHOG GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / RAC1 GTPase cycle / mitochondrial membrane ...regulation of interleukin-1-mediated signaling pathway / Nuclear Envelope Breakdown / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / RHOD GTPase cycle / regulation of MAPK cascade / RHOG GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / RAC1 GTPase cycle / mitochondrial membrane / nuclear envelope / cellular response to oxidative stress / protein autophosphorylation / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein phosphorylation / protein domain specific binding / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / DNA damage response / endoplasmic reticulum membrane / protein kinase binding / endoplasmic reticulum / signal transduction / protein-containing complex / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-IKD / Serine/threonine-protein kinase VRK2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Wang, G.Q. / Amrhein, J.A. / Knapp, S.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
The Structural Genomics Consortium (SGC) カナダ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Human Vaccinia-related kinase 2 (VRK-2) bound to JA-296
著者: Wang, G.Q. / Amrhein, J.A. / Knapp, S.
履歴
登録2023年8月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase VRK2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1362
ポリマ－36,7881
非ポリマー3471
水2,180121
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.732, 71.031, 158.030
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase VRK2 / Vaccinia-related kinase 2


分子量: 36788.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: LIG is the compound that reversibly binds to VRK2 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VRK2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q86Y07, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-IKD / 2-[4-[[4-[(3-~{tert}-butyl-1~{H}-pyrazol-5-yl)amino]pyrimidin-2-yl]amino]phenyl]ethanenitrile


分子量: 347.417 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C19H21N7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG3350 -- 0.2M potassium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.9183962 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9183962 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→44.37 Å / Num. obs: 27769 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.4 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 1.85→1.89 Å / Num. unique obs: 1677 / CC1/2: 0.551

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0405精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.85→44.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 4.359 / SU ML: 0.126 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.149 / ESU R Free: 0.147 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25075 1392 5 %RANDOM
Rwork0.19992 ---
obs0.20257 26375 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.814 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.06 Å20 Å20 Å2
2--2.1 Å2-0 Å2
3----2.04 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.85→44.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2396 0 26 121 2543
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0122486
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0162286
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3441.6473379
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4671.5685249
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8075311
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg7.452510
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.68810382
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2364
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022911
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02568
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.9613.4121244
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.9613.4121244
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.3256.1091552
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.3246.1111553
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.6343.6381242
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.6333.6391243
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.556.5661827
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.41533.222896
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.39933.032878
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.897 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.345 111 -
Rwork0.332 1911 -
obs--99.21 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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